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- EMDB-11756: Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (head domain) -
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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11756 | |||||||||
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タイトル | Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (head domain) | |||||||||
![]() | Multibody refinement map for 30S ribosome (head domain) | |||||||||
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![]() | Cryo-EM / 30S biogenesis / ribosome assembly / RbfA / RsgA / YjeQ / RimP / KsgA / RsmA / RIBOSOME | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / translation / mRNA binding / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å | |||||||||
![]() | Schedlbauer A / Iturrioz I | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A conserved rRNA switch is central to decoding site maturation on the small ribosomal subunit. 著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de ...著者: Andreas Schedlbauer / Idoia Iturrioz / Borja Ochoa-Lizarralde / Tammo Diercks / Jorge Pedro López-Alonso / José Luis Lavin / Tatsuya Kaminishi / Retina Çapuni / Neha Dhimole / Elisa de Astigarraga / David Gil-Carton / Paola Fucini / Sean R Connell / ![]() ![]() 要旨: While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high- ...While a structural description of the molecular mechanisms guiding ribosome assembly in eukaryotic systems is emerging, bacteria use an unrelated core set of assembly factors for which high-resolution structural information is still missing. To address this, we used single-particle cryo-electron microscopy to visualize the effects of bacterial ribosome assembly factors RimP, RbfA, RsmA, and RsgA on the conformational landscape of the 30 ribosomal subunit and obtained eight snapshots representing late steps in the folding of the decoding center. Analysis of these structures identifies a conserved secondary structure switch in the 16 ribosomal RNA central to decoding site maturation and suggests both a sequential order of action and molecular mechanisms for the assembly factors in coordinating and controlling this switch. Structural and mechanistic parallels between bacterial and eukaryotic systems indicate common folding features inherent to all ribosomes. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 162.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 27.9 KB 27.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 130.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 24.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 162.6 MB 162.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7af8MC ![]() 7af3C ![]() 7af5C ![]() 7afaC ![]() 7afdC ![]() 7afhC ![]() 7afiC ![]() 7afkC ![]() 7aflC ![]() 7afnC ![]() 7afoC ![]() 7afqC ![]() 7afrC ![]() 7bodC ![]() 7boeC ![]() 7bofC ![]() 7bogC ![]() 7bohC ![]() 7boiC ![]() 7narC ![]() 7nasC ![]() 7natC ![]() 7nauC ![]() 7navC ![]() 7naxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Multibody refinement map for 30S ribosome (head domain) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.05 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Multibody refinement half map 2 for 30S ribosome (head domain)
ファイル | emd_11756_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody refinement half map 2 for 30S ribosome (head domain) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Multibody refinement half map 1 for 30S ribosome (head domain)
ファイル | emd_11756_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Multibody refinement half map 1 for 30S ribosome (head domain) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (head domain)
+超分子 #1: Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (head domain)
+分子 #1: 16SrRNA (head domain of the 30S ribosome
+分子 #2: 30S ribosomal protein S2
+分子 #3: 30S ribosomal protein S3
+分子 #4: 30S ribosomal protein S7
+分子 #5: 30S ribosomal protein S9
+分子 #6: 30S ribosomal protein S10
+分子 #7: 30S ribosomal protein S13
+分子 #8: 30S ribosomal protein S14
+分子 #9: 30S ribosomal protein S19
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 38.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |