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- EMDB-11608: Structure of a crosslinked yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11608
タイトルStructure of a crosslinked yeast ABCE1-bound 43S pre-initiation complex
マップデータ
試料
  • 複合体: ABCE1-bound 43S PIC
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 35種
  • リガンド: x 4種
キーワードTranslation / Initiation / Ribosome Recycling / ABC Proteins / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / ribosome disassembly / positive regulation of translational fidelity ...eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, LSU-rRNA,5S) / formation of cytoplasmic translation initiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / negative regulation of glucose mediated signaling pathway / negative regulation of translational frameshifting / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / ribosome disassembly / positive regulation of translational fidelity / Protein methylation / RMTs methylate histone arginines / mTORC1-mediated signalling / Protein hydroxylation / ribosome-associated ubiquitin-dependent protein catabolic process / GDP-dissociation inhibitor activity / positive regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / preribosome, small subunit precursor / mRNA destabilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Formation of a pool of free 40S subunits / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / G-protein alpha-subunit binding / positive regulation of protein kinase activity / regulation of translational fidelity / Ub-specific processing proteases / ribosomal small subunit export from nucleus / translation regulator activity / ribosomal subunit export from nucleus / translational termination / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / translational initiation / translation initiation factor activity / cellular response to amino acid starvation / ribosome assembly / rescue of stalled ribosome / 90S preribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / ribosomal large subunit biogenesis / maturation of SSU-rRNA / positive regulation of translation / small-subunit processome / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein kinase C binding / maintenance of translational fidelity / cytoplasmic stress granule / modification-dependent protein catabolic process / rRNA processing / protein tag activity / ribosome biogenesis / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / iron ion binding / translation / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of gene expression / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / : / Ribosomal protein S26e signature. ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Eukaryotic translation initiation factor 3-like domain superfamily / Translation initiation factor eIF3 subunit / RLI, domain 1 / RLI1 / RNase L inhibitor RLI-like, possible metal-binding domain / Possible Fer4-like domain in RNase L inhibitor, RLI / 4Fe-4S binding domain / : / Ribosomal protein S26e signature. / : / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / 40S Ribosomal protein S10 / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / : / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S6, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e signature. / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A ...Small ribosomal subunit protein uS4A / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / Small ribosomal subunit protein eS19A / Small ribosomal subunit protein eS21A / Small ribosomal subunit protein uS8A / Small ribosomal subunit protein uS12A / Small ribosomal subunit protein eS24A / Small ribosomal subunit protein eS30A / Small ribosomal subunit protein eS4A / Small ribosomal subunit protein eS6A / Small ribosomal subunit protein eS8A / Small ribosomal subunit protein uS17A / Small ribosomal subunit protein uS9A / Small ribosomal subunit protein uS13A / Small ribosomal subunit protein eS17B / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein eS7A / Small ribosomal subunit protein uS2A / Small ribosomal subunit protein eS1A / Small ribosomal subunit protein eS27A / Small ribosomal subunit protein RACK1 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS11B / Small ribosomal subunit protein eS26B / Small ribosomal subunit protein uS14A / Small ribosomal subunit protein eS12 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Translation initiation factor RLI1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J / Small ribosomal subunit protein eS10A / Small ribosomal subunit protein eS25A / Small ribosomal subunit protein eS28A
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Mackens-Kiani T / Kratzat H
資金援助 ドイツ, フランス, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) フランス
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2021
タイトル: A structural inventory of native ribosomal ABCE1-43S pre-initiation complexes.
著者: Hanna Kratzat / Timur Mackens-Kiani / Michael Ameismeier / Mia Potocnjak / Jingdong Cheng / Estelle Dacheux / Abdelkader Namane / Otto Berninghausen / Franz Herzog / Micheline Fromont-Racine ...著者: Hanna Kratzat / Timur Mackens-Kiani / Michael Ameismeier / Mia Potocnjak / Jingdong Cheng / Estelle Dacheux / Abdelkader Namane / Otto Berninghausen / Franz Herzog / Micheline Fromont-Racine / Thomas Becker / Roland Beckmann /
要旨: In eukaryotic translation, termination and ribosome recycling phases are linked to subsequent initiation of a new round of translation by persistence of several factors at ribosomal sub-complexes. ...In eukaryotic translation, termination and ribosome recycling phases are linked to subsequent initiation of a new round of translation by persistence of several factors at ribosomal sub-complexes. These comprise/include the large eIF3 complex, eIF3j (Hcr1 in yeast) and the ATP-binding cassette protein ABCE1 (Rli1 in yeast). The ATPase is mainly active as a recycling factor, but it can remain bound to the dissociated 40S subunit until formation of the next 43S pre-initiation complexes. However, its functional role and native architectural context remains largely enigmatic. Here, we present an architectural inventory of native yeast and human ABCE1-containing pre-initiation complexes by cryo-EM. We found that ABCE1 was mostly associated with early 43S, but also with later 48S phases of initiation. It adopted a novel hybrid conformation of its nucleotide-binding domains, while interacting with the N-terminus of eIF3j. Further, eIF3j occupied the mRNA entry channel via its ultimate C-terminus providing a structural explanation for its antagonistic role with respect to mRNA binding. Overall, the native human samples provide a near-complete molecular picture of the architecture and sophisticated interaction network of the 43S-bound eIF3 complex and the eIF2 ternary complex containing the initiator tRNA.
履歴
登録2020年8月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月14日-
マップ公開2020年10月14日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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  • 原子モデル: PDB-7a1g
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7a1g
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11608.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11608.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.03182269 - 0.13003638
平均 (標準偏差)-0.000109540495 (±0.004068555)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 476.55002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z450450450
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z476.550476.550476.550
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ161186271
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS450450450
D min/max/mean-0.0320.130-0.000

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添付データ

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追加マップ: post-processed map

ファイルemd_11608_additional_1.map
注釈post-processed map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: local resolution filtered map

ファイルemd_11608_additional_2.map
注釈local resolution filtered map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_11608_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_11608_half_map_2.map
投影像・断面図
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ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ABCE1-bound 43S PIC

全体名称: ABCE1-bound 43S PIC
要素
  • 複合体: ABCE1-bound 43S PIC
    • RNA: 18S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S0-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S1-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S6-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S9-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S11-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S14-B
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S22-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S23-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26-B
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S10-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S16-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S17-B
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S18-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S19-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25-A
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S29-A
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
    • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S28-A
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
    • タンパク質・ペプチド: Translation initiation factor RLI1
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

+
超分子 #1: ABCE1-bound 43S PIC

超分子名称: ABCE1-bound 43S PIC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#36
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
分子 #1: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 570.58525 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA UUUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGUAUAAC UGUGGUAAUU C UAGAGCUA AUACAUGCUU AAAAUCUCGA CCCUUUGGAA GAGAUGUAUU UAUUAGAUAA AAAAUCAAUG UCUUCGGACU CU UUGAUGA UUCAUAAUAA CUUUUCGAAU CGCAUGGCCU UGUGCUGGCG AUGGUUCAUU CAAAUUUCUG CCCUAUCAAC UUU CGAUGG UAGGAUAGUG GCCUACCAUG GUUUCAACGG GUAACGGGGA AUAAGGGUUC GAUUCCGGAG AGGGAGCCUG AGAA ACGGC UACCACAUCC AAGGAAGGCA GCAGGCGCGC AAAUUACCCA AUCCUAAUUC AGGGAGGUAG UGACAAUAAA UAACG AUAC AGGGCCCAUU CGGGUCUUGU AAUUGGAAUG AGUACAAUGU AAAUACCUUA ACGAGGAACA AUUGGAGGGC AAGUCU GGU GCCAGCAGCC GCGGUAAUUC CAGCUCCAAU AGCGUAUAUU AAAGUUGUUG CAGUUAAAAA GCUCGUAGUU GAACUUU GG GCCCGGUUGG CCGGUCGGAU UUCCAACGGG GCCUUUCCUU CUGGCUAACC UUGAGCUUGG CGAACCAGGA CUUUUACU U UGAAAAAAUU AGAGUGUUCA AAGCAGGCGU AUUGCUCGAA UAUAUUAGCA UGGAAUAAUA GAAUAGGACG UUUGGUUCU AUUUUGUUGG UUUCUAGGAC CAUCGUAAUG AUUAAUAGGG ACGGUCGGGG GCAUCAGUAU UCAAUUGUCA GAGGUGAAAU UCUUGGAUU UAUUGAAGAC UAACUACUGC GAAAGCAUUU GCCAAGGACG UUUUCAUUAA UCAAGAACGA AAGUUAGGGG A UCGAAGAU GAUCAGAUAC CGUCGUAGUC UUAACCAUAA ACUAUGCCGA CUAGGGAUCG GGUGGUGUUU UUUUAAUGAC CC ACUCGGC ACCUUACGAG AAAUCAAAGU CUUUGGGUUC UGGGGGGAGU AUGGUCGCAA GGCUGAAACU UAAAGGAAUU GAC GGAAGG GCACCACCAG GAGUGGAGCC UGCGGCUUAA UUUGACUCAA CACGGGGAAA CUCACCAGGU CCAGACACAA UAAG GAUUG ACAGAUUGAG AGCUCUUUCU UGAUUUUGUG GGUGGUGGUG CAUGGCCGUU CUUAGUUGGU GGAGUGAUUU GUCUG CUUA AUUGCGAUAA CGAACGAGAC CUUAACCUAC UAAAUAGUGG UGCUAGCAUU UGCUGGUUAU CCACUUCUUA GAGGGA CUA UCGGUUUCAA GCCGAUGGAA GUUUGAGGCA AUAACAGGUC UGUGAUGCCC UUAGACGUUC UGGGCCGCAC GCGCGCU AC ACUGACGGAG CCAGCGAGUC UAACCUUGGC CGAGAGGUCU UGGUAAUCUU GUGAAACUCC GUCGUGCUGG GGAUAGAG C AUUGUAAUUA UUGCUCUUCA ACGAGGAAUU CCUAGUAAGC GCAAGUCAUC AGCUUGCGUU GAUUACGUCC CUGCCCUUU GUACACACCG CCCGUCGCUA GUACCGAUUG AAUGGCUUAG UGAGGCCUCA GGAUCUGCUU AGAGAAGGGG GCAACUCCAU CUCAGAGCG GAGAAUUUGG ACAAACUUGG UCAUUUAGAG GAACUAAAAG UCGUAACAAG GUUUCCGUAG GUGAACCUGC G GAAGGAUC AUU

+
分子 #2: 40S ribosomal protein S0-A

分子名称: 40S ribosomal protein S0-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.811074 KDa
配列文字列: SLPATFDLTP EDAQLLLAAN THLGARNVQV HQEPYVFNAR PDGVHVINVG KTWEKLVLAA RIIAAIPNPE DVVAISSRTF GQRAVLKFA AHTGATPIAG RFTPGSFTNY ITRSFKEPRL VIVTDPRSDA QAIKEASYVN IPVIALTDLD SPSEFVDVAI P CNNRGKHS ...文字列:
SLPATFDLTP EDAQLLLAAN THLGARNVQV HQEPYVFNAR PDGVHVINVG KTWEKLVLAA RIIAAIPNPE DVVAISSRTF GQRAVLKFA AHTGATPIAG RFTPGSFTNY ITRSFKEPRL VIVTDPRSDA QAIKEASYVN IPVIALTDLD SPSEFVDVAI P CNNRGKHS IGLIWYLLAR EVLRLRGALV DRTQPWSIMP DLYFYRDP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2A

+
分子 #3: 40S ribosomal protein S1-A

分子名称: 40S ribosomal protein S1-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.314684 KDa
配列文字列: AVGKNKRLSK GKKGQKKRVV DPFTRKEWFD IKAPSTFENR NVGKTLVNKS TGLKSASDAL KGRVVEVCLA DLQGSEDHSF RKIKLRVDE VQGKNLLTNF HGMDFTTDKL RSMVRKWQTL IEANVTVKTS DDYVLRIFAI AFTRKQANQV KRHSYAQSSH I RAIRKVIS ...文字列:
AVGKNKRLSK GKKGQKKRVV DPFTRKEWFD IKAPSTFENR NVGKTLVNKS TGLKSASDAL KGRVVEVCLA DLQGSEDHSF RKIKLRVDE VQGKNLLTNF HGMDFTTDKL RSMVRKWQTL IEANVTVKTS DDYVLRIFAI AFTRKQANQV KRHSYAQSSH I RAIRKVIS EILTKEVQGS TLAQLTSKLI PEVINKEIEN ATKDIFPLQN IHVRKVKLLK QPKFDVGALM ALHG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1A

+
分子 #4: 40S ribosomal protein S2

分子名称: 40S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 23.08485 KDa
配列文字列: GWVPVTKLGR LVKAGKITTI EEIFLHSLPV KEFQIIDTLL PGLQDEVMNI KPVQKQTRAG QRTRFKAVVV VGDSNGHVGL GIKTAKEVA GAIRAGIIIA KLSVIPIRRG YWGTNLGQPH SLATKTTGKC GSVTVRLIPA PRGSGIVASP AVKKLLQLAG V EDVYTQSN ...文字列:
GWVPVTKLGR LVKAGKITTI EEIFLHSLPV KEFQIIDTLL PGLQDEVMNI KPVQKQTRAG QRTRFKAVVV VGDSNGHVGL GIKTAKEVA GAIRAGIIIA KLSVIPIRRG YWGTNLGQPH SLATKTTGKC GSVTVRLIPA PRGSGIVASP AVKKLLQLAG V EDVYTQSN GKTRTLENTL KAAFVAIGNT YGFLTPNLWA EQPLPVSPLD IYSDEASA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS5

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S4-A

分子名称: 40S ribosomal protein S4-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 29.167926 KDa
配列文字列: ARGPKKHLKR LAAPHHWLLD KLSGCYAPRP SAGPHKLRES LPLIVFLRNR LKYALNGREV KAILMQRHVK VDGKVRTDTT YPAGFMDVI TLDATNENFR LVYDVKGRFA VHRITDEEAS YKLGKVKKVQ LGKKGVPYVV THDGRTIRYP DPNIKVNDTV K IDLASGKI ...文字列:
ARGPKKHLKR LAAPHHWLLD KLSGCYAPRP SAGPHKLRES LPLIVFLRNR LKYALNGREV KAILMQRHVK VDGKVRTDTT YPAGFMDVI TLDATNENFR LVYDVKGRFA VHRITDEEAS YKLGKVKKVQ LGKKGVPYVV THDGRTIRYP DPNIKVNDTV K IDLASGKI TDFIKFDAGK LVYVTGGRNL GRIGTIVHKE RHDGGFDLVH IKDSLDNTFV TRLNNVFVIG EQGKPYISLP KG KGIKLSI AEERDRRRAQ Q

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS4A

+
分子 #6: 40S ribosomal protein S6-A

分子名称: 40S ribosomal protein S6-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 26.181445 KDa
配列文字列: MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT ...文字列:
MKLNISYPVN GSQKTFEIDD EHRIRVFFDK RIGQEVDGEA VGDEFKGYVF KISGGNDKQG FPMKQGVLLP TRIKLLLTKN VSCYRPRRD GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALVIVKKGEQ ELEGLTDTTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLSK EDDVRDFVIR R EVTKGEKT YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR HQRALKVRNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEIRK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6A

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S7-A

分子名称: 40S ribosomal protein S7-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.000492 KDa
配列文字列:
PQAKILSQAP TELELQVAQA FVELENSSPE LKAELRPLQF KSIREIDVAG GKKALAIFVP VPSLAGFHKV QTKLTRELEK KFQDRHVIF LAERRILPKP SRTSRQVQKR PRSRTLTAVH DKILEDLVFP TEIVGKRVRY LVGGNKIQKV LLDSKDVQQI D YKLESFQA VYNKLTGKQI VFEIPS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS7A

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8-A

分子名称: 40S ribosomal protein S8-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.537803 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ...文字列:
MGISRDSRHK RSATGAKRAQ FRKKRKFELG RQPANTKIGA KRIHSVRTRG GNKKYRALRI ETGNFSWASE GISKKTRIAG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWFEAHYGQ TLGKKKNVKE EETVAKSKNA ERKWAARAAS AKIESSVESQ F SAGRLYAC ISSRPGQSGR CDGYILEGEE LAFYLRRLTA KK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS8A

+
分子 #9: 40S ribosomal protein S9-A

分子名称: 40S ribosomal protein S9-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.081549 KDa
配列文字列:
PRAPRTYSKT YSTPKRPYES SRLDAELKLA GEFGLKNKKE IYRISFQLSK IRRAARDLLT RDEKDPKRLF EGNALIRRLV RVGVLSEDK KKLDYVLALK VEDFLERRLQ TQVYKLGLAK SVHHARVLIT QRHIAVGKQI VNIPSFMVRL DSEKHIDFAP T SPFGGARP GRVARRNAAR KAEASG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS4A

+
分子 #10: 40S ribosomal protein S11-A

分子名称: 40S ribosomal protein S11-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.272149 KDa
配列文字列:
ELTVQSERAF QKQPHIFNNP KVKTSKRTKR WYKNAGLGFK TPKTAIEGSY IDKKCPFTGL VSIRGKILTG TVVSTKMHRT IVIRRAYLH YIPKYNRYEK RHKNVPVHVS PAFRVQVGDI VTVGQCRPIS KTVRFNVVKV SAA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS17A

+
分子 #11: 40S ribosomal protein S13

分子名称: 40S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.928748 KDa
配列文字列:
GRMHSAGKGI SSSAIPYSRN APAWFKLSSE SVIEQIVKYA RKGLTPSQIG VLLRDAHGVT QARVITGNKI MRILKSNGLA PEIPEDLYY LIKKAVSVRK HLERNRKDKD AKFRLILIES RIHRLARYYR TVAVLPPNWK YESATASALV N

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS15

+
分子 #12: 40S ribosomal protein S14-B

分子名称: 40S ribosomal protein S14-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.446426 KDa
配列文字列:
SQVFGVARIY ASFNDTFVHV TDLSGKETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH VKIRATGGTR TKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11B

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S21-A

分子名称: 40S ribosomal protein S21-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.758829 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKADDHA SVQINVAKVD EEGRAIPGEY VTYALSGYVR SRGESDDSLN RLAQNDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21A

+
分子 #14: 40S ribosomal protein S22-A

分子名称: 40S ribosomal protein S22-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.518867 KDa
配列文字列:
TRSSVLADAL NAINNAEKTG KRQVLIRPSS KVIIKFLQVM QKHGYIGEFE YIDDHRSGKI VVQLNGRLNK CGVISPRFNV KIGDIEKWT ANLLPARQFG YVILTTSAGI MDHEEARRKH VSGKILGFVY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8A

+
分子 #15: 40S ribosomal protein S23-A

分子名称: 40S ribosomal protein S23-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.942699 KDa
配列文字列:
GKGKPRGLNS ARKLRVHRRN NRWAENNYKK RLLGTAFKSS PFGGSSHAKG IVLEKLGIES KQPNSAIRKC VRVQLIKNGK KVTAFVPND GCLNFVDEND EVLLAGFGRK GKAKGDIPGV RFKVVKVSGV SLLALWKEKK EKPRS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS12A

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S24-A

分子名称: 40S ribosomal protein S24-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.23165 KDa
配列文字列:
SDAVTIRTRK VISNPLLARK QFVVDVLHPN RANVSKDELR EKLAEVYKAE KDAVSVFGFR TQFGGGKSVG FGLVYNSVAE AKKFEPTYR LVRYGLAEKV EKASRQQRKQ KKNRDKKIFG TGKRLAKKVA RRNAD

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS24A

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S26-B

分子名称: 40S ribosomal protein S26-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.022989 KDa
配列文字列:
PKKRASNGRN KKGRGHVKPV RCVNCSKSIP KDKAIKRMAI RNIVEAAAVR DLSEASVYPE YALPKTYNKL HYCVSCAIHA RIVRVRSRE DRKNRAPP

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS26B

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S27-A

分子名称: 40S ribosomal protein S27-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.762195 KDa
配列文字列:
VLVQDLLHPT AASEARKHKL KTLVQGPRSY FLDVKCPGCL NITTVFSHAQ TAVTCESCST ILCTPTGGKA KLSEGTSFRR K

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS27A

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S30-A

分子名称: 40S ribosomal protein S30-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.779086 KDa
配列文字列:
AKVHGSLARA GKVKSQTPKV EKTEKPKKPK GRAYKRLLYT RRFVNVTLVN GKRRMNPGPS

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS30A

+
分子 #20: 40S ribosomal protein S15

分子名称: 40S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.265591 KDa
配列文字列:
KTHSYRGVDL EKLLEMSTED FVKLAPARVR RRFARGMTSK PAGFMKKLRA AKLAAPENEK PAPVRTHMRN MIIVPEMIGS VVGIYNGKA FNQVEIRPEM LGHYLGEFSI TYTPVRHG

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS19

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.631713 KDa
配列文字列: LISKKRKLVA DGVFYAELNE FFTRELAEEG YSGVEVRVTP TKTEVIIRAT RTQDVLGENG RRINELTLLV QKRFKYAPGT IVLYAERVQ DRGLSAVAQA ESMKFKLLNG LAIRRAAYGV VRYVMESGAK GCEVVVSGKL RAARAKAMKF ADGFLIHSGQ P VNDFIDTA ...文字列:
LISKKRKLVA DGVFYAELNE FFTRELAEEG YSGVEVRVTP TKTEVIIRAT RTQDVLGENG RRINELTLLV QKRFKYAPGT IVLYAERVQ DRGLSAVAQA ESMKFKLLNG LAIRRAAYGV VRYVMESGAK GCEVVVSGKL RAARAKAMKF ADGFLIHSGQ P VNDFIDTA TRHVLMRQGV LGIKVKIMRD PAKSRTGPKA LPDAVTIIEP KEEEPILAPS VKDY

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS3

+
分子 #22: 40S ribosomal protein S5

分子名称: 40S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.908338 KDa
配列文字列: FTPVVLATPI PEEVQQAQTE IKLFNKWSFE EVEVKDASLV DYVQVRQPIF VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIIKHTL DIINVLTDQN PIQVVVDAIT NTGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQAIALLTIG A REAAFRNI ...文字列:
FTPVVLATPI PEEVQQAQTE IKLFNKWSFE EVEVKDASLV DYVQVRQPIF VAHTAGRYAN KRFRKAQCPI IERLTNSLMM NGRNNGKKL KAVRIIKHTL DIINVLTDQN PIQVVVDAIT NTGPREDTTR VGGGGAARRQ AVDVSPLRRV NQAIALLTIG A REAAFRNI KTIAETLAEE LINAAKGSST SYAIKKKDEL ERVAKSNR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS7

+
分子 #23: 40S ribosomal protein S10-A

分子名称: 40S ribosomal protein S10-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.042562 KDa
配列文字列:
MLMPKEDRNK IHQYLFQEGV VVAKKDFNQA KHEEIDTKNL YVIKALQSLT SKGYVKTQFS WQYYYYTLTE EGVEYLREYL NLPEHIVPG TYI

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS10A

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 13.028008 KDa
配列文字列:
TIEDALKVVL RTALVHDGLA RGLRESTKAL TRGEALLVVL VSSVTEANII KLVEGLANDP ENKVPLIKVA DAKQLGEWAG LGKIDREGN ARKVVGASVV VVKNWGAETD ELSMIMEHFS QQ

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS12

+
分子 #25: 40S ribosomal protein S16-A

分子名称: 40S ribosomal protein S16-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.659216 KDa
配列文字列:
AVPSVQTFGK KKSATAVAHV KAGKGLIKVN GSPITLVEPE ILRFKVYEPL LLVGLDKFSN IDIRVRVTGG GHVSQVYAIR QAIAKGLVA YHQKYVDEQS KNELKKAFTS YDRTLLIADS RRPEPKKFGG KGARSRFQKS YR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9A

+
分子 #26: 40S ribosomal protein S17-B

分子名称: 40S ribosomal protein S17-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 14.268545 KDa
配列文字列:
GRVRTKTVKR ASKALIERYY PKLTLDFQTN KRLCDEIATI QSKRLRNKIA GYTTHLMKRI QKGPVRGISF KLQEEERERK DQYVPEVSA LDLSRSNGVL NVDNQTSDLV KSLGLKLPLS VINVSA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS17B

+
分子 #27: 40S ribosomal protein S18-A

分子名称: 40S ribosomal protein S18-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 16.940443 KDa
配列文字列:
SLVVQEQGSF QHILRLLNTN VDGNIKIVYA LTTIKGVGRR YSNLVCKKAD VDLHKRAGEL TQEELERIVQ IMQNPTHYKI PAWFLNRQN DITDGKDYHT LANNVESKLR DDLERLKKIR AHRGIRHFWG LRVRGQHTKT TGRRRA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS13A

+
分子 #28: 40S ribosomal protein S19-A

分子名称: 40S ribosomal protein S19-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 15.81093 KDa
配列文字列:
PGVSVRDVAA QDFINAYASF LQRQGKLEVP GYVDIVKTSS GNEMPPQDAE GWFYKRAASV ARHIYMRKQV GVGKLNKLYG GAKSRGVRP YKHIDASGSI NRKVLQALEK IGIVEISPKG GRRISENGQR DLDRIAAQTL EEDE

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS19A

+
分子 #29: 40S ribosomal protein S20

分子名称: 40S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 11.363321 KDa
配列文字列:
IKIRITLTST KVKQLENVSS NIVKNAEQHN LVKKGPVRLP TKVLKISTRK TPNGEGSKTW ETYEMRIHKR YIDLEAPVQI VKRITQITI EPGVDVEVVV A

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS10

+
分子 #30: 40S ribosomal protein S25-A

分子名称: 40S ribosomal protein S25-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 9.540301 KDa
配列文字列:
KKKWSKKSMK DRAQHAVILD QEKYDRILKE VPTYRYVSVS VLVDRLKIGG SLARIALRHL EKEGIIKPIS KHSKQAIYTR AT

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS25A

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S29-A

分子名称: 40S ribosomal protein S29-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 6.335303 KDa
配列文字列:
ENVWFSHPRR YGKGSRQCRV CSSHTGLIRK YGLNICRQCF REKANDIGFN KFR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14A

+
分子 #32: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31

分子名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.388049 KDa
配列文字列:
RKKKVYTTPK KIKHKHKKVK LAVLSYYKVD AEGKVTKLRR ECSNPTCGAG VFLANHKDRL YCGKCHSVYK VNA

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #33: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 34.151484 KDa
配列文字列: EVLVLRGTLE GHNGWVTSLA TSAGQPNLLL SASRDKTLIS WKLTGDDQKF GVPVRSFKGH SHIVQDCTLT ADGAYALSAS WDKTLRLWD VATGETYQRF VGHKSDVMSV DIDKKASMII SGSRDKTIKV WTIKGQCLAT LLGHNDWVSQ VRVVPNEKAD D DSVTIISA ...文字列:
EVLVLRGTLE GHNGWVTSLA TSAGQPNLLL SASRDKTLIS WKLTGDDQKF GVPVRSFKGH SHIVQDCTLT ADGAYALSAS WDKTLRLWD VATGETYQRF VGHKSDVMSV DIDKKASMII SGSRDKTIKV WTIKGQCLAT LLGHNDWVSQ VRVVPNEKAD D DSVTIISA GNDKMVKAWN LNQFQIEADF IGHNSNINTL TASPDGTLIA SAGKDGEIML WNLAAKKAMY TLSAQDEVFS LA FSPNRYW LAAATATGIK VFSLDPQYLV DDLRPEFAGY SKAAEPHAVS LAWSADGQTL FAGYTDNVIR VWQVM

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein RACK1

+
分子 #34: 40S ribosomal protein S28-A

分子名称: 40S ribosomal protein S28-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 7.116281 KDa
配列文字列:
TPVTLAKVIK VLGRTGSRGG VTQVRVEFLE DTSRTIVRNV KGPVRENDIL VLMESEREAR RLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28A

+
分子 #35: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J
タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 29.611225 KDa
配列文字列: MSWDDEAING SMGNDDAVLM DSWDAEIGDD EPVMQSWDAE EEEKKPAPKP KKEQPKKVKK GKESSADRAL LDIDTLDEKT RKELIKKAE MESDLNNAAD LFAGLGVAEE HPRARALQKE QEEQALKRPA FTKDTPIETH PLFNAETKRE YQDLRKALTA A ITPMNKKS ...文字列:
MSWDDEAING SMGNDDAVLM DSWDAEIGDD EPVMQSWDAE EEEKKPAPKP KKEQPKKVKK GKESSADRAL LDIDTLDEKT RKELIKKAE MESDLNNAAD LFAGLGVAEE HPRARALQKE QEEQALKRPA FTKDTPIETH PLFNAETKRE YQDLRKALTA A ITPMNKKS PLNYSSSLAI DLIRDVAKPM SIESIRQTVA TLNVLIKDKE REERQARLAR VRGGTATGGA GKKKVKGKTN LG GAFKKDQ DFDLDGPDDF EFGDDDFM

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit J

+
分子 #36: Translation initiation factor RLI1

分子名称: Translation initiation factor RLI1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 67.714469 KDa
配列文字列: KNSRIAIVSA DKCKPKKCRQ ECKRSCPVVK TGKLCIEVTP TSKIAFISEI LCIGCGICVK KCPFDAIQII NLPTNLEAHV THRYSANSF KLHRLPTPRP GQVLGLVGTN GIGKSTALKI LAGKQKPNLG RFDDPPEWQE IIKYFRGSEL QNYFTKMLED D IKAIIKPQ ...文字列:
KNSRIAIVSA DKCKPKKCRQ ECKRSCPVVK TGKLCIEVTP TSKIAFISEI LCIGCGICVK KCPFDAIQII NLPTNLEAHV THRYSANSF KLHRLPTPRP GQVLGLVGTN GIGKSTALKI LAGKQKPNLG RFDDPPEWQE IIKYFRGSEL QNYFTKMLED D IKAIIKPQ YVDNIPRAIK GPVQKVGELL KLRMEKSPED VKRYIKILQL ENVLKRDIEK LSGGELQRFA IGMSCVQEAD VY MFDEPSS YLDVKQRLNA AQIIRSLLAP TKYVICVEHD LSVLDYLSDF VCIIYGVPSV YGVVTLPASV REGINIFLDG HIP AENLRF RTEALQFRIA DATEDLQNDS ASRAFSYPSL KKTQGDFVLN VEEGEFSDSE ILVMMGENGT GKTTLIKLLA GALK PDEGQ DIPKLNVSMK PQKIAPKFPG TVRQLFFKKI RGQFLNPQFQ TDVVKPLRID DIIDQEVQHL SGGELQRVAI VLALG IPAD IYLIDEPSAY LDSEQRIICS KVIRRFILHN KKTAFIVEHD FIMATYLADK VIVFEGIPSK NAHARAPESL LTGCNR FLK NLNVTFRRDP NSFRPRINKL DSQMDKEQKS SGNYFFLD

UniProtKB: Translation initiation factor RLI1

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分子 #37: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 80 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #38: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 38 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #39: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 39 / コピー数: 2 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #40: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 40 / コピー数: 1 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 44.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 25245
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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