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- EMDB-11383: three-protofilament amyloid structure of S20G variant of human am... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11383
タイトルthree-protofilament amyloid structure of S20G variant of human amylin (IAPP - Islet Amyloid Polypeptide)
マップデータ
試料
  • 複合体: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
    • 複合体: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
      • タンパク質・ペプチド: Islet amyloid polypeptide
機能・相同性
機能・相同性情報


: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly ...: / amylin receptor signaling pathway / Calcitonin-like ligand receptors / negative regulation of amyloid fibril formation / negative regulation of bone resorption / eating behavior / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of protein kinase A signaling / Regulation of gene expression in beta cells / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of calcium-mediated signaling / bone resorption / sensory perception of pain / osteoclast differentiation / hormone activity / cell-cell signaling / amyloid-beta binding / G alpha (s) signalling events / positive regulation of MAPK cascade / receptor ligand activity / positive regulation of apoptotic process / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / lipid binding / apoptotic process / signal transduction / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Islet amyloid polypeptide / Calcitonin-like / Calcitonin peptide-like / Calcitonin, conserved site / Calcitonin / CGRP / IAPP family signature. / calcitonin / Calcitonin/adrenomedullin / Calcitonin / CGRP / IAPP family
類似検索 - ドメイン・相同性
Islet amyloid polypeptide
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Gallardo RU / Iadanza MG / Ranson NA / Radford SE
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome TrustWT 204963 英国
Wellcome Trust108466/Z/15/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020
タイトル: Fibril structures of diabetes-related amylin variants reveal a basis for surface-templated assembly.
著者: Rodrigo Gallardo / Matthew G Iadanza / Yong Xu / George R Heath / Richard Foster / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
要旨: Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G ...Aggregation of the peptide hormone amylin into amyloid deposits is a pathological hallmark of type-2 diabetes (T2D). While no causal link between T2D and amyloid has been established, the S20G mutation in amylin is associated with early-onset T2D. Here we report cryo-EM structures of amyloid fibrils of wild-type human amylin and its S20G variant. The wild-type fibril structure, solved to 3.6-Å resolution, contains two protofilaments, each built from S-shaped subunits. S20G fibrils, by contrast, contain two major polymorphs. Their structures, solved at 3.9-Å and 4.0-Å resolution, respectively, share a common two-protofilament core that is distinct from the wild-type structure. Remarkably, one polymorph contains a third subunit with another, distinct, cross-β conformation. The presence of two different backbone conformations within the same fibril may explain the increased aggregation propensity of S20G, and illustrates a potential structural basis for surface-templated fibril assembly.
履歴
登録2020年7月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zrr
  • 表面レベル: 0.04
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11383.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11383.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.04 / ムービー #1: 0.04
最小 - 最大-0.06643765 - 0.11420823
平均 (標準偏差)0.0000857914 (±0.0017751564)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 319.50003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z319.500319.500319.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0660.1140.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_11383_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: 3D-autorefine map

ファイルemd_11383_additional_1.map
注釈3D-autorefine map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D-autorefine half2 map

ファイルemd_11383_half_map_1.map
注釈3D-autorefine half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D-autorefine half1 map

ファイルemd_11383_half_map_2.map
注釈3D-autorefine half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin

全体名称: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
要素
  • 複合体: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
    • 複合体: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
      • タンパク質・ペプチド: Islet amyloid polypeptide

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超分子 #1: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin

超分子名称: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin

超分子名称: three-protofilament amyloid fibril of S20G variant of amylin
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

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分子 #1: Islet amyloid polypeptide

分子名称: Islet amyloid polypeptide / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: TYC = C-terminally amidated Tyr / コピー数: 18 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 3.878293 KDa
配列文字列:
KCNTATCATQ RLANFLVHSG NNFGAILSST NVGSNT(TYC)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 6.8 / 構成要素 - 濃度: 20.0 mM / 構成要素 - 式: NH4CH3CO / 構成要素 - 名称: ammonium acetate
グリッドモデル: Homemade / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 85 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Synthetically produced, oxidised and C-terminally amidated

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 13.0 sec. / 平均電子線量: 54.73 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用したクラス数: 1
想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.81 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -1.9 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 6447
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.18)
Segment selection選択した数: 64274 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: model generated with relion v3.1 based on 2D class averages
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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