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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-11367 | |||||||||
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タイトル | 16 helix bundle | |||||||||
マップデータ | 16 helix bundle | |||||||||
試料 |
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生物種 | Escherichia virus M13 (ウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Kube M / Kohler F / Feigl E | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Revealing the structures of megadalton-scale DNA complexes with nucleotide resolution. 著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W ...著者: Massimo Kube / Fabian Kohler / Elija Feigl / Baki Nagel-Yüksel / Elena M Willner / Jonas J Funke / Thomas Gerling / Pierre Stömmer / Maximilian N Honemann / Thomas G Martin / Sjors H W Scheres / Hendrik Dietz / 要旨: The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is ...The methods of DNA nanotechnology enable the rational design of custom shapes that self-assemble in solution from sets of DNA molecules. DNA origami, in which a long template DNA single strand is folded by many short DNA oligonucleotides, can be employed to make objects comprising hundreds of unique DNA strands and thousands of base pairs, thus in principle providing many degrees of freedom for modelling complex objects of defined 3D shapes and sizes. Here, we address the problem of accurate structural validation of DNA objects in solution with cryo-EM based methodologies. By taking into account structural fluctuations, we can determine structures with improved detail compared to previous work. To interpret the experimental cryo-EM maps, we present molecular-dynamics-based methods for building pseudo-atomic models in a semi-automated fashion. Among other features, our data allows discerning details such as helical grooves, single-strand versus double-strand crossovers, backbone phosphate positions, and single-strand breaks. Obtaining this higher level of detail is a step forward that now allows designers to inspect and refine their designs with base-pair level interventions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_11367.map.gz | 165.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-11367-v30.xml emd-11367.xml | 51.4 KB 51.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_11367_fsc.xml | 12.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_11367.png | 6.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11367 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-11367 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_11367_validation.pdf.gz | 301.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_11367_full_validation.pdf.gz | 300.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_11367_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11367 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-11367 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_11367.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 16 helix bundle | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.3 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : 16 helix bundle
+超分子 #1: 16 helix bundle
+超分子 #2: DNA
+超分子 #3: DNA Staple
+分子 #1: DNA Staple
+分子 #2: DNA Staple
+分子 #3: DNA Staple
+分子 #4: DNA Staple
+分子 #5: DNA Staple
+分子 #6: DNA Staple
+分子 #7: DNA Staple
+分子 #8: DNA Staple
+分子 #9: DNA Staple
+分子 #10: DNA Staple
+分子 #11: DNA Staple
+分子 #12: DNA Staple
+分子 #13: DNA Staple
+分子 #14: DNA Staple
+分子 #15: DNA Staple
+分子 #16: DNA Staple
+分子 #17: DNA Staple
+分子 #18: DNA Staple
+分子 #19: DNA Staple
+分子 #20: DNA Staple
+分子 #21: DNA Staple
+分子 #22: DNA Staple
+分子 #23: DNA Staple
+分子 #24: DNA Staple
+分子 #25: DNA Staple
+分子 #26: DNA Staple
+分子 #27: DNA Staple
+分子 #28: DNA Staple
+分子 #29: DNA Staple
+分子 #30: DNA Staple
+分子 #31: DNA Staple
+分子 #32: DNA Staple
+分子 #33: DNA Staple
+分子 #34: DNA Staple
+分子 #35: DNA Staple
+分子 #36: DNA Staple
+分子 #37: DNA Staple
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: C-flat / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Monodisperse, 20nM |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 44605 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER |
FSC曲線 (解像度の算出) |
-原子モデル構築 1
詳細 | Initial model generated by ENRG-MD. Then MDFF in combination with the ENRG-MD elastic network was used for flexible fitting. |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-7arq: |