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- EMDB-11210: Structure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dos... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11210
タイトルStructure of DPS determined by movement-free cryoEM with zero dose extrapolation
マップデータMasked map obtained suing zero-dose extrapolation thru exponential firs to amplitudes and linear fit to phases. The map is sharpened by a B factor of -55 Angstrom^2.
試料
  • 複合体: DNA protection during starvation protein (DPS)
    • タンパク質・ペプチド: DNA protection during starvation protein
  • リガンド: water
キーワードDNA-BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding ...DnaA-Dps complex / 酸化還元酵素; 金属イオンを酸化する / oxidoreductase activity, acting on metal ions / nucleoid / chromosome condensation / response to starvation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / ferric iron binding / intracellular iron ion homeostasis / DNA binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA protection during starvation protein, gammaproteobacteria / Dps protein family signature 2. / Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA protection during starvation protein / DNA protection during starvation protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Naydenova K / Russo CJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC UP 120117 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM with sub-1 Å specimen movement.
著者: Katerina Naydenova / Peipei Jia / Christopher J Russo /
要旨: Most information loss in cryogenic electron microscopy (cryo-EM) stems from particle movement during imaging, which remains poorly understood. We show that this movement is caused by buckling and ...Most information loss in cryogenic electron microscopy (cryo-EM) stems from particle movement during imaging, which remains poorly understood. We show that this movement is caused by buckling and subsequent deformation of the suspended ice, with a threshold that depends directly on the shape of the frozen water layer set by the support foil. We describe a specimen support design that eliminates buckling and reduces electron beam-induced particle movement to less than 1 angstrom. The design allows precise foil tracking during imaging with high-speed detectors, thereby lessening demands on cryostage precision and stability. It includes a maximal density of holes, which increases throughput in automated cryo-EM without degrading data quality. Movement-free imaging allows extrapolation to a three-dimensional map of the specimen at zero electron exposure, before the onset of radiation damage.
履歴
登録2020年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2024年5月1日-
現状2024年5月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6zgl
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6zgl
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_11210.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11210.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Masked map obtained suing zero-dose extrapolation thru exponential firs to amplitudes and linear fit to phases. The map is sharpened by a B factor of -55 Angstrom^2.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.646 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.041407477 - 0.077251725
平均 (標準偏差)0.000040034603 (±0.002644516)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 193.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.6460.6460.646
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z193.800193.800193.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9482110
NX/NY/NZ11313776
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0410.0770.000

-
添付データ

+
マスク #1

ファイルemd_11210_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 6 map

ファイルemd_11210_additional_1.map
注釈Frame 6 map
投影像・断面図
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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 11 map

ファイルemd_11210_additional_10.map
注釈Frame 11 map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 23 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_100.map
注釈Frame 23 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 23 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_101.map
注釈Frame 23 - half map 2
投影像・断面図
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追加マップ: Frame 22 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_102.map
注釈Frame 22 - half map 1
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 22 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_103.map
注釈Frame 22 - half map 2
投影像・断面図
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断面 (1/2)
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追加マップ: Frame 25 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_104.map
注釈Frame 25 - half map 1
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 10 map

ファイルemd_11210_additional_11.map
注釈Frame 10 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 7 map

ファイルemd_11210_additional_12.map
注釈Frame 7 map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 5 map

ファイルemd_11210_additional_13.map
注釈Frame 5 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 9 map

ファイルemd_11210_additional_14.map
注釈Frame 9 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 8 map

ファイルemd_11210_additional_15.map
注釈Frame 8 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 1 map

ファイルemd_11210_additional_16.map
注釈Frame 1 map
投影像・断面図
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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 2 map

ファイルemd_11210_additional_17.map
注釈Frame 2 map
投影像・断面図
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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 4 map

ファイルemd_11210_additional_18.map
注釈Frame 4 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 3 map

ファイルemd_11210_additional_19.map
注釈Frame 3 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 19 map

ファイルemd_11210_additional_2.map
注釈Frame 19 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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追加マップ: Frame 20 map

ファイルemd_11210_additional_20.map
注釈Frame 20 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ファイルemd_11210_additional_21.map
注釈Frame 21 map
投影像・断面図
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追加マップ: Frame 22 map

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注釈Frame 22 map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 23 map

ファイルemd_11210_additional_23.map
注釈Frame 23 map
投影像・断面図
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投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 24 map

ファイルemd_11210_additional_24.map
注釈Frame 24 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 25 map

ファイルemd_11210_additional_25.map
注釈Frame 25 map
投影像・断面図
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投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 26 map

ファイルemd_11210_additional_26.map
注釈Frame 26 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 27 map

ファイルemd_11210_additional_27.map
注釈Frame 27 map
投影像・断面図
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投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 28 map

ファイルemd_11210_additional_28.map
注釈Frame 28 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 29 map

ファイルemd_11210_additional_29.map
注釈Frame 29 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 18 map

ファイルemd_11210_additional_3.map
注釈Frame 18 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 30 map

ファイルemd_11210_additional_30.map
注釈Frame 30 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 31 map

ファイルemd_11210_additional_31.map
注釈Frame 31 map
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Frame 32 map

ファイルemd_11210_additional_32.map
注釈Frame 32 map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

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ファイルemd_11210_additional_33.map
注釈Frame 33 map
投影像・断面図
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ヒストグラム

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ファイルemd_11210_additional_34.map
注釈Frame 34 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Same as main map, but sharpened with a...

ファイルemd_11210_additional_35.map
注釈Same as main map, but sharpened with a different B-factor (-75 Angstrom^2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Same as main map, but sharpened with a...

ファイルemd_11210_additional_36.map
注釈Same as main map, but sharpened with a different B-factor (-35 Angstrom^2)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 1 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_37.map
注釈Frame 1 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 27 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_38.map
注釈Frame 27 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 27 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_39.map
注釈Frame 27 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 12 map

ファイルemd_11210_additional_4.map
注釈Frame 12 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 15 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_40.map
注釈Frame 15 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 16 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_41.map
注釈Frame 16 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 14 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_42.map
注釈Frame 14 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 15 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_43.map
注釈Frame 15 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 13 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_44.map
注釈Frame 13 - half map 2
投影像・断面図
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投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Frame 14 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_45.map
注釈Frame 14 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 12 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_46.map
注釈Frame 12 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 34 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_47.map
注釈Frame 34 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 11 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_48.map
注釈Frame 11 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 12 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_49.map
注釈Frame 12 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 17 map

ファイルemd_11210_additional_5.map
注釈Frame 17 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 32 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_50.map
注釈Frame 32 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 31 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_51.map
注釈Frame 31 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 33 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_52.map
注釈Frame 33 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 32 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_53.map
注釈Frame 32 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 30 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_54.map
注釈Frame 30 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 29 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_55.map
注釈Frame 29 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 31 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_56.map
注釈Frame 31 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 30 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_57.map
注釈Frame 30 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 28 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_58.map
注釈Frame 28 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 28 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_59.map
注釈Frame 28 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 16 map

ファイルemd_11210_additional_6.map
注釈Frame 16 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 2 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_60.map
注釈Frame 2 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 3 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_61.map
注釈Frame 3 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 2 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_62.map
注釈Frame 2 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 33 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_63.map
注釈Frame 33 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 4 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_64.map
注釈Frame 4 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 5 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_65.map
注釈Frame 5 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 5 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_66.map
注釈Frame 5 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 6 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_67.map
注釈Frame 6 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 17 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_68.map
注釈Frame 17 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 24 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_69.map
注釈Frame 24 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 15 map

ファイルemd_11210_additional_7.map
注釈Frame 15 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 21 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_70.map
注釈Frame 21 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 21 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_71.map
注釈Frame 21 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 20 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_72.map
注釈Frame 20 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 20 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_73.map
注釈Frame 20 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 19 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_74.map
注釈Frame 19 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 19 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_75.map
注釈Frame 19 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 29 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_76.map
注釈Frame 29 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 26 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_77.map
注釈Frame 26 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 17 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_78.map
注釈Frame 17 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 11 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_79.map
注釈Frame 11 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 14 map

ファイルemd_11210_additional_8.map
注釈Frame 14 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 7 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_80.map
注釈Frame 7 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 8 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_81.map
注釈Frame 8 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 6 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_82.map
注釈Frame 6 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 7 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_83.map
注釈Frame 7 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 9 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_84.map
注釈Frame 9 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 10 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_85.map
注釈Frame 10 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 8 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_86.map
注釈Frame 8 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 9 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_87.map
注釈Frame 9 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 3 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_88.map
注釈Frame 3 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 4 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_89.map
注釈Frame 4 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 13 map

ファイルemd_11210_additional_9.map
注釈Frame 13 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 34 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_90.map
注釈Frame 34 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 26 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_91.map
注釈Frame 26 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 10 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_92.map
注釈Frame 10 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 1 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_93.map
注釈Frame 1 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 24 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_94.map
注釈Frame 24 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 13 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_95.map
注釈Frame 13 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 25 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_96.map
注釈Frame 25 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 16 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_97.map
注釈Frame 16 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 18 - half map 2

ファイルemd_11210_additional_98.map
注釈Frame 18 - half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Frame 18 - half map 1

ファイルemd_11210_additional_99.map
注釈Frame 18 - half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : DNA protection during starvation protein (DPS)

全体名称: DNA protection during starvation protein (DPS)
要素
  • 複合体: DNA protection during starvation protein (DPS)
    • タンパク質・ペプチド: DNA protection during starvation protein
  • リガンド: water

-
超分子 #1: DNA protection during starvation protein (DPS)

超分子名称: DNA protection during starvation protein (DPS) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

-
分子 #1: DNA protection during starvation protein

分子名称: DNA protection during starvation protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.720295 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MSTAKLVKSK ATNLLYTRND VSDSEKKATV ELLNRQVIQF IDLSLITKQA HWNMRGANFI AVHEMLDGFR TALIDHLDTM AERAVQLGG VALGTTQVIN SKTPLKSYPL DIHNVQDHLK ELADRYAIVA NDVRKAIGEA KDDDTADILT AASRDLDKFL W FIESNIE

UniProtKB: DNA protection during starvation protein

-
分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 964 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.7
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 275623
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る