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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10995 | |||||||||
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タイトル | Dunaliella Minimal Photosystem I | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane complex / photosystem I / dunaliella / light harvesting / excitation transfer / PHOTOSYNTHESIS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity ...photosynthesis, light harvesting / photosystem I / photosystem I / photosynthetic electron transport in photosystem I / photosystem II / chloroplast thylakoid membrane / chlorophyll binding / photosynthesis / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / magnesium ion binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Dunaliella salina (しおひげむし) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Nelson N / Caspy I | |||||||||
資金援助 | イスラエル, ベルギー, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochim Biophys Acta Bioenerg / 年: 2020 タイトル: Structure and energy transfer pathways of the Dunaliella Salina photosystem I supercomplex. 著者: Ido Caspy / Tirupathi Malavath / Daniel Klaiman / Maria Fadeeva / Yoel Shkolnisky / Nathan Nelson / 要旨: Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained ...Oxygenic photosynthesis evolved more than 3 billion years ago in cyanobacteria. The increased complexity of photosystem I (PSI) became apparent from the high-resolution structures that were obtained for the complexes that were isolated from various organisms, ranging from cyanobacteria to plants. These complexes are all evolutionarily linked. In this paper, the researchers have uncovered the increased complexity of PSI in a single organism demonstrated by the coexistance of two distinct PSI compositions. The Large Dunaliella PSI contains eight additional subunits, six in PSI core and two light harvesting complexes. Two additional chlorophyll a molecules pertinent for efficient excitation energy transfer in state II transition were identified in PsaL and PsaO. Short distances between these newly identified chlorophylls correspond with fast excitation transfer rates previously reported during state II transition. The apparent PSI conformations could be a coping mechanism for the high salinity. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10995.map.gz | 166.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10995-v30.xml emd-10995.xml | 30.2 KB 30.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10995_fsc.xml | 12.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10995.png | 147.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-10995.cif.gz | 8.1 KB | ||
その他 | emd_10995_half_map_1.map.gz emd_10995_half_map_2.map.gz | 140.8 MB 140.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10995 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10995_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10995_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10995_validation.xml.gz | 19.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10995_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10995 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10995 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10995.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10995_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_10995_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
+超分子 #1: Large dunaliella salina photosystem I-LHC supercomplex
+分子 #1: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #2: Lhca2
+分子 #3: Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
+分子 #4: Lhca4
+分子 #5: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A1
+分子 #6: Photosystem I P700 chlorophyll a apoprotein A2
+分子 #7: Photosystem I iron-sulfur center
+分子 #8: PsaD
+分子 #9: PsaE
+分子 #10: PsaF
+分子 #11: Photosystem I reaction center subunit IX
+分子 #12: (3R,3'R,6S)-4,5-DIDEHYDRO-5,6-DIHYDRO-BETA,BETA-CAROTENE-3,3'-DIOL
+分子 #13: (3S,5R,6S,3'S,5'R,6'S)-5,6,5',6'-DIEPOXY-5,6,5',6'- TETRAHYDRO-BE...
+分子 #14: BETA-CAROTENE
+分子 #15: CHLOROPHYLL A
+分子 #16: CHLOROPHYLL B
+分子 #17: 1,2-DIPALMITOYL-PHOSPHATIDYL-GLYCEROLE
+分子 #18: 1,2-DISTEAROYL-MONOGALACTOSYL-DIGLYCERIDE
+分子 #19: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #20: CHLOROPHYLL A ISOMER
+分子 #21: PHYLLOQUINONE
+分子 #22: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #23: DIGALACTOSYL DIACYL GLYCEROL (DGDG)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: 2.5 sec blotting before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4306 / 平均電子線量: 42.68 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | PDB-6yxr: |