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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10892 | |||||||||
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タイトル | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head | |||||||||
![]() | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head, post-processed map | |||||||||
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![]() | antibiotic / amikacin / translation / ribosome | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Nicholson D / Edwards TA | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the 70S Ribosome from the Human Pathogen Acinetobacter baumannii in Complex with Clinically Relevant Antibiotics. 著者: David Nicholson / Thomas A Edwards / Alex J O'Neill / Neil A Ranson / ![]() 要旨: Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and ...Acinetobacter baumannii is a Gram-negative bacterium primarily associated with hospital-acquired, often multidrug-resistant (MDR) infections. The ribosome-targeting antibiotics amikacin and tigecycline are among the limited arsenal of drugs available for treatment of such infections. We present high-resolution structures of the 70S ribosome from A. baumannii in complex with these antibiotics, as determined by cryoelectron microscopy. Comparison with the ribosomes of other bacteria reveals several unique structural features at functionally important sites, including around the exit of the polypeptide tunnel and the periphery of the subunit interface. The structures also reveal the mode and site of interaction of these drugs with the ribosome. This work paves the way for the design of new inhibitors of translation to address infections caused by MDR A. baumannii. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 14.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 29.2 KB 29.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.1 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 9.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 244.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 139.6 MB 137.6 MB 137.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 742.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 741.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 28.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ys5MC ![]() 6yhsC ![]() 6ypuC ![]() 6ysiC ![]() 6yt9C ![]() 6ytfC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 177.7 Data #1: Motion-corrected micrographs of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [micrographs - single frame] Data #2: Extracted particle images of the 70S ribosome from the human pathogen Acinetobacter baumannii in complex with amikacin [picked particles - multiframe - processed]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head, post-processed map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex, consensus map filtered by...
ファイル | emd_10892_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex, consensus map filtered by local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head,...
ファイル | emd_10892_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head, half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head,...
ファイル | emd_10892_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head, half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head
+超分子 #1: Acinetobacter baumannii ribosome-amikacin complex - 30S subunit head
+分子 #1: 16S ribosomal RNA
+分子 #2: E-site tRNA
+分子 #3: mRNA
+分子 #4: 30S ribosomal protein S3
+分子 #5: 30S ribosomal protein S7
+分子 #6: 30S ribosomal protein S9
+分子 #7: 30S ribosomal protein S10
+分子 #8: 30S ribosomal protein S13
+分子 #9: 30S ribosomal protein S14
+分子 #10: 30S ribosomal protein S19
+分子 #11: MAGNESIUM ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 58.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | ![]() PDB-6ys5: |