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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10816 | |||||||||
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タイトル | Focused refinement cryo-EM structure of the yeast mitochondrial complex I sub-stoichiometric sulfur transferase subunit | |||||||||
マップデータ | Focused refinement of sub-stoichiometric sulfur transferase | |||||||||
試料 |
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キーワード | NADH:Ubiquinone Oxidoreductase / sulfur transferase / sub-stoichiometric / complex I / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thiosulfate sulfurtransferase / thiosulfate sulfurtransferase activity / transsulfuration / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Yarrowia lipolytica (酵母) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Hirst J / Grba D | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Mitochondrial complex I structure reveals ordered water molecules for catalysis and proton translocation. 著者: Daniel N Grba / Judy Hirst / 要旨: Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. ...Mitochondrial complex I powers ATP synthesis by oxidative phosphorylation, exploiting the energy from ubiquinone reduction by NADH to drive protons across the energy-transducing inner membrane. Recent cryo-EM analyses of mammalian and yeast complex I have revolutionized structural and mechanistic knowledge and defined structures in different functional states. Here, we describe a 2.7-Å-resolution structure of the 42-subunit complex I from the yeast Yarrowia lipolytica containing 275 structured water molecules. We identify a proton-relay pathway for ubiquinone reduction and water molecules that connect mechanistically crucial elements and constitute proton-translocation pathways through the membrane. By comparison with known structures, we deconvolute structural changes governing the mammalian 'deactive transition' (relevant to ischemia-reperfusion injury) and their effects on the ubiquinone-binding site and a connected cavity in ND1. Our structure thus provides important insights into catalysis by this enigmatic respiratory machine. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10816.map.gz | 323.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10816-v30.xml emd-10816.xml | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10816_fsc.xml | 15.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10816.png | 78.6 KB | ||
マスクデータ | emd_10816_msk_1.map | 347.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10816.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_10816_half_map_1.map.gz emd_10816_half_map_2.map.gz | 276.5 MB 276.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10816 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10816_validation.pdf.gz | 942.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10816_full_validation.pdf.gz | 941.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10816_validation.xml.gz | 23.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10816_validation.cif.gz | 30.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10816 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10816 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6yj5MC 6skkC 6skmC 6sknC 6slqC 6sluC 6smuC 6y9vC 6y9wC 6y9xC 6y9yC 6y9zC 6zdjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10816.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Focused refinement of sub-stoichiometric sulfur transferase | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10816_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_10816_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_10816_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : ST1 (sulfur transferase)
全体 | 名称: ST1 (sulfur transferase) |
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要素 |
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-超分子 #1: ST1 (sulfur transferase)
超分子 | 名称: ST1 (sulfur transferase) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) |
-分子 #1: Rhodanese-like domain-containing protein
分子 | 名称: Rhodanese-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) |
分子量 | 理論値: 34.661117 KDa |
組換発現 | 生物種: Yarrowia lipolytica (酵母) |
配列 | 文字列: MSKLISPAEL AKRLSSKETK IFDATWYLPT PANVGKNAYD NYMKKRIPGA LYFDIDAVNT PSKFPHMLPS PQTFENELTK LGVSSDSPI VVYDTQGVFS GPRLVWTFKV FGHDNVQFLN GFEAYTQLPG IPSRPDAYTW GIWDTQVPGK IDPADPPYKV T KARPELVK ...文字列: MSKLISPAEL AKRLSSKETK IFDATWYLPT PANVGKNAYD NYMKKRIPGA LYFDIDAVNT PSKFPHMLPS PQTFENELTK LGVSSDSPI VVYDTQGVFS GPRLVWTFKV FGHDNVQFLN GFEAYTQLPG IPSRPDAYTW GIWDTQVPGK IDPADPPYKV T KARPELVK SFEDVLAIVE KHNGDGAKIR NEVTFIDARP NGRFTGKDAE PRAELSSGHV PGAYSIAFPE VVENGKFKSP EE LKALFAS KGIDGSKPII SMCGSGVTAC VIDLALEIAG IGSRDTNAVY DGSWTEWAQR APTKYIVKEE NLNEANRA UniProtKB: Rhodanese-like domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.45 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 詳細: Gold grids saturated with PEG thiol reagent |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2540 / 平均電子線量: 44.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): -2.7 µm / 最小 デフォーカス(補正後): -1.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率(公称値): 130000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |