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万見
- EMDB-10789: Structure of ExbB pentamer from Serratia marcescens by single par... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10789
タイトルStructure of ExbB pentamer from Serratia marcescens by single particle cryo electron microscopy
マップデータ
試料
  • 複合体: Homopentamer of ExbB
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
キーワードmembrane protein / iron uptake / proton transfer / TonB complex / METAL TRANSPORT
機能・相同性TonB-system energizer ExbB type-1 / : / MotA/TolQ/ExbB proton channel / MotA/TolQ/ExbB proton channel family / protein import / transmembrane transporter activity / plasma membrane / Biopolymer transport protein ExbB
機能・相同性情報
生物種Serratia marcescens (霊菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Biou V / Delepelaire P
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-11-LABEX-0011-01 フランス
引用
ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2012
タイトル: RELION: implementation of a Bayesian approach to cryo-EM structure determination.
著者: Sjors H W Scheres /
要旨: RELION, for REgularized LIkelihood OptimizatioN, is an open-source computer program for the refinement of macromolecular structures by single-particle analysis of electron cryo-microscopy (cryo-EM) ...RELION, for REgularized LIkelihood OptimizatioN, is an open-source computer program for the refinement of macromolecular structures by single-particle analysis of electron cryo-microscopy (cryo-EM) data. Whereas alternative approaches often rely on user expertise for the tuning of parameters, RELION uses a Bayesian approach to infer parameters of a statistical model from the data. This paper describes developments that reduce the computational costs of the underlying maximum a posteriori (MAP) algorithm, as well as statistical considerations that yield new insights into the accuracy with which the relative orientations of individual particles may be determined. A so-called gold-standard Fourier shell correlation (FSC) procedure to prevent overfitting is also described. The resulting implementation yields high-quality reconstructions and reliable resolution estimates with minimal user intervention and at acceptable computational costs.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021
タイトル: Functional and structural characterization of Serratia marcescens ExbB: determinants of the interaction with HasB/TonB
著者: Biou V / Chami M / Coureux PD / Laurent B / Ntsogo Y / Izadi-Pruneyre N / Malosse C / Chamot-Rooke J / Stahlberg H / Delepelaire P
履歴
登録2020年3月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6ye4
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10789.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10789.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 184 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 301.028 Å		0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 301.028 Å		0.83 Å/pix.
x 364 pix.
= 301.028 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.012 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.07147077 - 0.11590917
平均 (標準偏差)0.00010691346 (±0.0022554384)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ364364364
Spacing364364364
セルA=B=C: 301.028 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8270.8270.827
M x/y/z364364364
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z301.028301.028301.028
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS364364364
D min/max/mean-0.0710.1160.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10789_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_10789_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_10789_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_10789_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homopentamer of ExbB

全体名称: Homopentamer of ExbB
要素
  • 複合体: Homopentamer of ExbB
    • タンパク質・ペプチド: Biopolymer transport protein ExbB
  • リガンド: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE

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超分子 #1: Homopentamer of ExbB

超分子名称: Homopentamer of ExbB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: the expressed sequence corresponds to the mature sequence after signal peptide cleavage.
由来(天然)生物種: Serratia marcescens (霊菌) / 株: Db11
分子量理論値: 174 KDa

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分子 #1: Biopolymer transport protein ExbB

分子名称: Biopolymer transport protein ExbB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: a 6-histidine tag is present at the C-terminus / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Serratia marcescens (霊菌)
分子量理論値: 30.413621 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: APAANPAVTE SVAPTTAPAP AAAAPESITP VNPAPTIQPP ETRGMDLSIW GMYQHADAVV KAVMIGLVLA SIVTWTILFA KGSELLRAK RRLRREQLAL AEARSLDEAS ELAQNFSPES VSAVLLNDAQ NELELSAESN DNNGIKERTG FRLERRVAAY S RNMGRGNG ...文字列:
APAANPAVTE SVAPTTAPAP AAAAPESITP VNPAPTIQPP ETRGMDLSIW GMYQHADAVV KAVMIGLVLA SIVTWTILFA KGSELLRAK RRLRREQLAL AEARSLDEAS ELAQNFSPES VSAVLLNDAQ NELELSAESN DNNGIKERTG FRLERRVAAY S RNMGRGNG FLATIGAISP FVGLFGTVWG IMNSFIGIAH SQTTNLAVVA PGIAEALLAT AMGLVAAIPA VVIYNIFARV IS GHRAQVG DVAAQVLLLQ GRDLDLAATA EAKRSQHAHQ LRAGHHHHHH

UniProtKB: Biopolymer transport protein ExbB

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分子 #2: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...

分子名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 5 / 式: PGT
分子量理論値: 751.023 Da
Chemical component information

ChemComp-PGT:
(1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMtris-HCl
100.0 mMNaClSodium chloride
0.0015 % w/vLMNGlauryl maltose neopentyl glycol

詳細: 20mM Tris-HCl pH 8,0 100mM NaCl 0,0015% LMNG
グリッドモデル: Quantifoil R2/4 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM CPC
詳細the sample was monodisperse as evidenced by gel filtration column

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 83.0 K / 最高: 93.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 3710 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3838 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-56 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3122 / 平均露光時間: 7.0 sec. / 平均電子線量: 55.95 e/Å2
詳細: frames were weighted according to electron dose and particle movement during Relion bayesian polishing procedure.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 165000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細images were processed with Motioncor2
粒子像選択選択した数: 1291382
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: used ab initio model on a subset of particles
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C5 (5回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 157111
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5sv0


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 10-234 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細the ExbB sequence from S. marcescens was modeled by homology from the 5SV0 monomer from E. coli using Phyre software and the pentamer was generated using the 5SV0 symmetry. real space refinement was carried out with rigid body, simulated annealing and morphing steps.
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 55.3 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6ye4:
Structure of ExbB pentamer from Serratia marcescens by single particle cryo electron microscopy

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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