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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10735 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of trimeric human STEAP1 bound to three Fab120.545 fragments | |||||||||
![]() | Unsharpened cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. The constant region of the Fabs is masked out. | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() cell-cell junction / endosome membrane / endosome / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å | |||||||||
![]() | Oosterheert W / Gros P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-electron microscopy structure and potential enzymatic function of human six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 1 (STEAP1). 著者: Wout Oosterheert / Piet Gros / ![]() 要旨: Six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 1 (STEAP1) is an integral membrane protein that is highly up-regulated on the cell surface of several human cancers, making it a promising ...Six-transmembrane epithelial antigen of the prostate 1 (STEAP1) is an integral membrane protein that is highly up-regulated on the cell surface of several human cancers, making it a promising therapeutic target to manage these diseases. It shares sequence homology with three enzymes (STEAP2-STEAP4) that catalyze the NADPH-dependent reduction of iron(III). However, STEAP1 lacks an intracellular NADPH-binding domain and does not exhibit cellular ferric reductase activity. Thus, both the molecular function of STEAP1 and its role in cancer progression remain elusive. Here, we present a ∼3.0-Å cryo-EM structure of trimeric human STEAP1 bound to three antigen-binding fragments (Fabs) of the clinically used antibody mAb120.545. The structure revealed that STEAP1 adopts a reductase-like conformation and interacts with the Fabs through its extracellular helices. Enzymatic assays in human cells revealed that STEAP1 promotes iron(III) reduction when fused to the intracellular NADPH-binding domain of its family member STEAP4, suggesting that STEAP1 functions as a ferric reductase in STEAP heterotrimers. Our work provides a foundation for deciphering the molecular mechanisms of STEAP1 and may be useful in the design of new therapeutic strategies to target STEAP1 in cancer. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 32.2 KB 32.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 107.2 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 79.9 MB 5.7 MB 80.6 MB 80.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 382.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | Unsharpened cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. The constant region of the Fabs is masked out. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0285 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened, unmasked cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound...
ファイル | emd_10735_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened, unmasked cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound to...
ファイル | emd_10735_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened cryo-EM map of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. The constant region of the Fabs is masked out. The map is autosharpened (B = -69 Angstrom) in Relion. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1 of homotrimeric STEAP1 bound to...
ファイル | emd_10735_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2 of homotrimeric STEAP1 bound to...
ファイル | emd_10735_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 of homotrimeric STEAP1 bound to three Fab-fragments of antibody mAb120.545. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
+全体 : Trimeric human six-transmembrane epithelial antigen of the prosta...
+超分子 #1: Trimeric human six-transmembrane epithelial antigen of the prosta...
+超分子 #2: Fab-fragment 1 of antibody mAb120.545
+超分子 #3: Homo-trimeric STEAP1, chain a, b and c.
+超分子 #4: Fab Fragment 2 of antibody mAb120.545
+超分子 #5: Fab-fragment 3 of antibody mAb120.545
+分子 #1: Metalloreductase STEAP1
+分子 #2: Fab120.545 light chain
+分子 #3: Fab120.545 heavy chain
+分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
+分子 #5: 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHATE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5.0 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.8 構成要素:
詳細: Protein sample was subjected to size-exclusion chromatography in 20 mM Tris pH 7.8, 200 mM NaCl, 0.08% (w/v) digitonin. 1 mM FAD (final concentration) was added to the sample before vitrification. | |||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot 4 seconds, blotforce 0. | |||||||||||||||
詳細 | STEAP1-Fab120.545 complex purified in digitonin. The sample was monodisperse. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Data was collected on a 200 kV Talos Arctica, located at Utrecht University, the Netherlands. |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-26 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 5325 / 平均露光時間: 6.5 sec. / 平均電子線量: 49.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.4 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |