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万見
- EMDB-10504: Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in th... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10504
タイトルMultiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E
マップデータBEV1 I2 cryoEM map at 2.23A resolution
試料
  • ウイルス: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water
キーワードBEV1 / enterovirus / picornavirus / RNA / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Chandler-Bostock R / Mata CP / Bingham R / Dykeman EC / Meng B / Tuthill TJ / Rowlands DJ / Ranson NA / Twarock R / Stockley PG
資金援助 英国, 7件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust110145 英国
Wellcome Trust110146 英国
Wellcome Trust089311/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust090932/Z/09/Z 英国
Wellcome Trust106692 英国
Royal SocietyLT130088 英国
Royal SocietyRSWF/R1/180009 英国
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2020
タイトル: Assembly of infectious enteroviruses depends on multiple, conserved genomic RNA-coat protein contacts.
著者: Rebecca Chandler-Bostock / Carlos P Mata / Richard J Bingham / Eric C Dykeman / Bo Meng / Tobias J Tuthill / David J Rowlands / Neil A Ranson / Reidun Twarock / Peter G Stockley /
要旨: Picornaviruses are important viral pathogens, but despite extensive study, the assembly process of their infectious virions is still incompletely understood, preventing the development of anti-viral ...Picornaviruses are important viral pathogens, but despite extensive study, the assembly process of their infectious virions is still incompletely understood, preventing the development of anti-viral strategies targeting this essential part of the life cycle. We report the identification, via RNA SELEX and bioinformatics, of multiple RNA sites across the genome of a typical enterovirus, enterovirus-E (EV-E), that each have affinity for the cognate viral capsid protein (CP) capsomer. Many of these sites are evolutionarily conserved across known EV-E variants, suggesting they play essential functional roles. Cryo-electron microscopy was used to reconstruct the EV-E particle at ~2.2 Å resolution, revealing extensive density for the genomic RNA. Relaxing the imposed symmetry within the reconstructed particles reveals multiple RNA-CP contacts, a first for any picornavirus. Conservative mutagenesis of the individual RNA-contacting amino acid side chains in EV-E, many of which are conserved across the enterovirus family including poliovirus, is lethal but does not interfere with replication or translation. Anti-EV-E and anti-poliovirus aptamers share sequence similarities with sites distributed across the poliovirus genome. These data are consistent with the hypothesis that these RNA-CP contacts are RNA Packaging Signals (PSs) that play vital roles in assembly and suggest that the RNA PSs are evolutionarily conserved between pathogens within the family, augmenting the current protein-only assembly paradigm for this family of viruses.
履歴
登録2019年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6thd
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6thd
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10504.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10504.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 391 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈BEV1 I2 cryoEM map at 2.23A resolution
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.065 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.36726612 - 0.5326416
平均 (標準偏差)0.0000072316925 (±0.029814651)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-234-234-234
サイズ468468468
Spacing468468468
セルA=B=C: 498.42 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0651.0651.065
M x/y/z468468468
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z498.420498.420498.420
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-234-234-234
NC/NR/NS468468468
D min/max/mean-0.3670.5330.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bovine enterovirus (strain VG-5-27)

全体名称: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
要素
  • ウイルス: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
    • タンパク質・ペプチド: Genome polyprotein
  • リガンド: MYRISTIC ACID
  • リガンド: SULFATE ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Bovine enterovirus (strain VG-5-27)

超分子名称: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 / NCBI-ID: 12065 / 生物種: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
分子量理論値: 31.280955 KDa
配列文字列: NDPGKMLKDA IDKQVAGALV AGTTTSTHSV ATDSTPALQA AETGATSTAR DESMIETRTI VPTHGIHETS VESFFGRSSL VGMPLLATG TSITHWRIDF REFVQLRAKM SWFTYMRFDV EFTIIATSST GQNVTTEQHT TYQVMYVPPG APVPSNQDSF Q WQSGCNPS ...文字列:
NDPGKMLKDA IDKQVAGALV AGTTTSTHSV ATDSTPALQA AETGATSTAR DESMIETRTI VPTHGIHETS VESFFGRSSL VGMPLLATG TSITHWRIDF REFVQLRAKM SWFTYMRFDV EFTIIATSST GQNVTTEQHT TYQVMYVPPG APVPSNQDSF Q WQSGCNPS VFADTDGPPA QFSVPFMSSA NAYSTVYDGY ARFMDTDPDR YGILPSNFLG FMYFRTLEDA AHQVRFRIYA KI KHTSCWI PRAPRQAPYK KRYNLVFSGD SDRICSNRAS LTSY

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
分子量理論値: 27.325604 KDa
配列文字列: SPSAEACGYS DRVAQLTLGN STITTQEAAN ICVAYGCWPA KLSDTDATSV DKPTEPGVSA DRFYTLRSKP WQADSKGWYW KLPDALNNT GMFGQNAQFH YIYRGGWAVH VQCNATKFHQ GTLLVLAIPE HQIATQEQPA FDRTMPGSEG GTFQEPFWLE D GTSLGNSL ...文字列:
SPSAEACGYS DRVAQLTLGN STITTQEAAN ICVAYGCWPA KLSDTDATSV DKPTEPGVSA DRFYTLRSKP WQADSKGWYW KLPDALNNT GMFGQNAQFH YIYRGGWAVH VQCNATKFHQ GTLLVLAIPE HQIATQEQPA FDRTMPGSEG GTFQEPFWLE D GTSLGNSL IYPHQWINLR TNNSATLILP YVNAIPMDSA IRHSNWTLAI IPVAPLKYAA ETTPLVPITV TIAPMETEYN GL RRAIASN Q

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #3: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
分子量理論値: 26.627221 KDa
配列文字列: GLPTKPGPGS YQFMTTDEDC SPCILPDFQP TPEIFIPGKV NNLLEIAQVE SILEANNREG VEGVERYVIP VSVQDALDAQ IYALRLELG GSGPLSSSLL GTLAKHYTQW SGSVEITCMF TGTFMTTGKV LLAYTPPGGD MPRNREEAML GTHVIWDFGL Q SSITLVIP ...文字列:
GLPTKPGPGS YQFMTTDEDC SPCILPDFQP TPEIFIPGKV NNLLEIAQVE SILEANNREG VEGVERYVIP VSVQDALDAQ IYALRLELG GSGPLSSSLL GTLAKHYTQW SGSVEITCMF TGTFMTTGKV LLAYTPPGGD MPRNREEAML GTHVIWDFGL Q SSITLVIP WISASHFRGV SNDDVLNYQY YAAGHVTIWY QTNMVIPPGF PNTAGIIMMI AAQPNFSFRI QKDREDMTQT AI LQ

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #4: Genome polyprotein

分子名称: Genome polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: picornain 2A
由来(天然)生物種: Bovine enterovirus (strain VG-5-27) (エンテロウイルス)
分子量理論値: 5.619105 KDa
配列文字列:
GAQGGSTINY NNINYYSHAA SAAQNKQDFT QDPSKFTQPI ADVIKETAVP LK

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #5: MYRISTIC ACID

分子名称: MYRISTIC ACID / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MYR
分子量理論値: 228.371 Da
Chemical component information

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

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分子 #6: SULFATE ION

分子名称: SULFATE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: SO4
分子量理論値: 96.063 Da
Chemical component information

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 97 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4 / 構成要素 - 式: PBS / 詳細: PBS
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 実像数: 8785 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 49.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 260348
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 105723
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1bev


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-6thd:
Multiple Genomic RNA-Coat Protein Contacts Play Vital Roles in the Assembly of Infectious Enterovirus-E

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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