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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10493 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Vip3Aa toxin structure | ||||||||||||||||||
![]() | sharpened cryo-EM map of the Vip3Aa toxin | ||||||||||||||||||
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![]() | Vip3Aa / toxin / beta prism / insecticidal protein / Vip3 | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | Vegetative insecticide protein 3 / Vegetative insecticide protein 3A N terminal / Carbohydrate-binding, CenC-like / Carbohydrate binding domain / hydrolase activity, acting on glycosyl bonds / Galactose-binding-like domain superfamily / Vegetative insecticidal protein![]() | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å | ||||||||||||||||||
![]() | Nunez-Ramirez R / Huesa J | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Molecular architecture and activation of the insecticidal protein Vip3Aa from Bacillus thuringiensis. 著者: Rafael Núñez-Ramírez / Juanjo Huesa / Yolanda Bel / Juan Ferré / Patricia Casino / Ernesto Arias-Palomo / ![]() 要旨: Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to ...Bacillus thuringiensis Vip3 (Vegetative Insecticidal Protein 3) toxins are widely used in biotech crops to control Lepidopteran pests. These proteins are produced as inactive protoxins that need to be activated by midgut proteases to trigger cell death. However, little is known about their three-dimensional organization and activation mechanism at the molecular level. Here, we have determined the structures of the protoxin and the protease-activated state of Vip3Aa at 2.9 Å using cryo-electron microscopy. The reconstructions show that the protoxin assembles into a pyramid-shaped tetramer with the C-terminal domains exposed to the solvent and the N-terminal region folded into a spring-loaded apex that, after protease activation, drastically remodels into an extended needle by a mechanism akin to that of influenza haemagglutinin. These results provide the molecular basis for Vip3 activation and function, and serves as a strong foundation for the development of more efficient insecticidal proteins. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 6.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.9 KB 21.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 136.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 70.2 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 50.4 MB 2.5 MB 50.5 MB 50.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened cryo-EM map of the Vip3Aa toxin | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened cryo-EM map of the Vip3Aa toxin
ファイル | emd_10493_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened cryo-EM map of the Vip3Aa toxin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Focused classification map of the C-terminal domains of the toxin
ファイル | emd_10493_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused classification map of the C-terminal domains of the toxin | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_10493_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_10493_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Vip3Aa toxin
全体 | 名称: Vip3Aa toxin |
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要素 |
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-超分子 #1: Vip3Aa toxin
超分子 | 名称: Vip3Aa toxin / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / 詳細: The protein was activated by trypsin digestion |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 350 KDa |
-分子 #1: Vegetative insecticidal protein
分子 | 名称: Vegetative insecticidal protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: The sample was activated by trypsin digestion / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 88.762805 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNKNNTKLST RALPSFIDYF NGIYGFATGI KDIMNMIFKT DTGGDLTLDE ILKNQQLLND ISGKLDGVNG SLNDLIAQGN LNTELSKEI LKIANEQNQV LNDVNNKLDA INTMLRVYLP KLTSMLSDVM KQNYALSLQI EYLSKQLQEI SDKLDIINVN V LINSTLTE ...文字列: MNKNNTKLST RALPSFIDYF NGIYGFATGI KDIMNMIFKT DTGGDLTLDE ILKNQQLLND ISGKLDGVNG SLNDLIAQGN LNTELSKEI LKIANEQNQV LNDVNNKLDA INTMLRVYLP KLTSMLSDVM KQNYALSLQI EYLSKQLQEI SDKLDIINVN V LINSTLTE ITPAYQRIKY VNEKFEELTF ATETSSKVKK DGSPADILDE LTELTELAKS VTKNDVDGFE FYLNTFHDVM VG NNLFGRS ALKTASELIT KENVKTSGSE VGNVYNFLIV LTALQAKAFL TLTTCRKLLG LADIDYTSIM NEHLNKEKEE FRV NILPTL SNTFSNPNYA KVKGSDEDAK MIVEAKPGHA LIGFEISNDS ITVLKVYEAK LKQNYQVDKD SLSEVIYGDM DKLL CPDQS EQIYYTNNIV FPNEYVITKI DFTKKMKTLR YEVTANFYDS STGEIDLNKK KVESSEAEYR TLSANDDGVY MPLGV ISET FLTPINGFGL QADENSRLIT LTCKSYLREL LLATDLSNKE TKLIVPPSGF ISNIVENGSI EEDNLEPWKA NNKNAY VDH TGGVNGTKAL YVHKDGGISQ FIGDKLKPKT EYVIQYTVKG KPSIHLKDEN TGYIHYEDTN NNLEDYQTIN KRFTTGT DL KGVYLILKSQ NGDEAWGDNF IILEISPSEK LLSPELINTN NWTSTGSTNI SGNTLTLYQG GRGILKQNLQ LDSFSTYR V YFSVSGDANV RIRNSREVLF EKRYMSGAKD VSEMFTTKFE KDNFYIELSQ GNNLYGGPIV HFYDVSIK UniProtKB: Vegetative insecticidal protein |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
詳細 | The atomic coordinates were manually modeled de novo in the cryo-EM map using Coot, and then subjected to iterative rounds of real space refinement using Phenix |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | ![]() PDB-6tfk: |