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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10438 | ||||||||||||
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タイトル | SAGA bound to TBP - whole structure | ||||||||||||
マップデータ | SAGA-TBP structure refined in CryoSparc | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Transcriptional co-activator / Histone-acetylation / TRANSCRIPTION | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of cellular biosynthetic process / RNA polymerase I transcription regulator complex / RITS complex assembly / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / transcription factor TFIID complex ...regulation of cellular biosynthetic process / RNA polymerase I transcription regulator complex / RITS complex assembly / regulation of primary metabolic process / positive regulation of DNA-templated transcription initiation / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / SLIK (SAGA-like) complex / SAGA complex / transcription factor TFIID complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / promoter-specific chromatin binding / transcription coregulator activity / chromatin organization / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / molecular adaptor activity / transcription coactivator activity / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / structural molecule activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Komagataella phaffii GS115 (菌類) / Komagataella phaffii (strain GS115 / ATCC 20864) (菌類) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Papai G / Frechard A | ||||||||||||
資金援助 | フランス, 3件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structure of SAGA and mechanism of TBP deposition on gene promoters. 著者: Gabor Papai / Alexandre Frechard / Olga Kolesnikova / Corinne Crucifix / Patrick Schultz / Adam Ben-Shem / 要旨: SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to ...SAGA (Spt-Ada-Gcn5-acetyltransferase) is a 19-subunit complex that stimulates transcription via two chromatin-modifying enzymatic modules and by delivering the TATA box binding protein (TBP) to nucleate the pre-initiation complex on DNA, a pivotal event in the expression of protein-encoding genes. Here we present the structure of yeast SAGA with bound TBP. The core of the complex is resolved at 3.5 Å resolution (0.143 Fourier shell correlation). The structure reveals the intricate network of interactions that coordinate the different functional domains of SAGA and resolves an octamer of histone-fold domains at the core of SAGA. This deformed octamer deviates considerably from the symmetrical analogue in the nucleosome and is precisely tuned to establish a peripheral site for TBP, where steric hindrance represses binding of spurious DNA. Complementary biochemical analysis points to a mechanism for TBP delivery and release from SAGA that requires transcription factor IIA and whose efficiency correlates with the affinity of DNA to TBP. We provide the foundations for understanding the specific delivery of TBP to gene promoters and the multiple roles of SAGA in regulating gene expression. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10438.map.gz | 483.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10438-v30.xml emd-10438.xml | 39.6 KB 39.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10438.png | 148.4 KB | ||
マスクデータ | emd_10438_msk_1.map | 512 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10438.cif.gz | 12.6 KB | ||
その他 | emd_10438_half_map_1.map.gz emd_10438_half_map_2.map.gz | 474.7 MB 474.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10438 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10438_validation.pdf.gz | 366 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10438_full_validation.pdf.gz | 365.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10438_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10438_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10438 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10438 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10438.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | SAGA-TBP structure refined in CryoSparc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10438_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half B map obtained with CryoSparc
ファイル | emd_10438_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half B map obtained with CryoSparc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_10438_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : SAGA bound to TBP
+超分子 #1: SAGA bound to TBP
+超分子 #2: TATA-box Binding Protein (TBP)
+超分子 #3: SAGA complex
+分子 #1: TATA-box Binding Protein (TBP)
+分子 #2: Transcriptional coactivator HFI1/ADA1
+分子 #3: SAGA-associated factor 73 (Sgf73)
+分子 #4: Spt20
+分子 #5: Subunit of the SAGA and SAGA-like transcriptional regulatory comp...
+分子 #6: Subunit of the SAGA transcriptional regulatory complex, involved ...
+分子 #7: Transcription initiation factor TFIID subunit 10
+分子 #8: Subunit (61/68 kDa) of TFIID and SAGA complexes
+分子 #9: Subunit (90 kDa) of TFIID and SAGA complexes
+分子 #10: Subunit (60 kDa) of TFIID and SAGA complexes
+分子 #11: Subunit (17 kDa) of TFIID and SAGA complexes, involved in RNA pol...
+分子 #12: Transcription-associated protein
+分子 #13: Transcriptional adapter 3 (Ada3)
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 52.8 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm 最大 デフォーカス(補正後): 0.0045000000000000005 µm 最小 デフォーカス(補正後): 0.0008 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-6tb4: |