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- EMDB-10401: Cryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA processive complex f... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10401
タイトルCryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi
マップデータPost processed and masked map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
試料
  • 複合体: DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi
    • 複合体: PolD-PCNA processive complex
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
      • タンパク質・ペプチド: DP2 subunit of D-family DNA-polymerase
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA primer
      • DNA: DNA template
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: ZINC ION
機能・相同性
機能・相同性情報


exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis ...exodeoxyribonuclease I / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / intein-mediated protein splicing / DNA catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / DNA polymerase processivity factor activity / leading strand elongation / regulation of DNA replication / mismatch repair / translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. ...DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II large subunit DP2, N-terminal / DNA polymerase II large subunit DP2 / DNA polymerase II small subunit, archaeal / DNA polymerase delta/II small subunit family / Intein splicing domain / Intein C-terminal splicing region / Intein C-terminal splicing motif profile. / Intein N-terminal splicing region / Intein N-terminal splicing motif profile. / Hint domain N-terminal / Hint (Hedgehog/Intein) domain N-terminal region / Hint domain superfamily / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, conserved site / Proliferating cell nuclear antigen signature 1. / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, N-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, PCNA, C-terminal / Proliferating cell nuclear antigen, N-terminal domain / Proliferating cell nuclear antigen, C-terminal domain / : / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA polymerase sliding clamp / DNA polymerase II small subunit / DNA polymerase II large subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌) / synthetic construct (人工物) / Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.77 Å
データ登録者Madru C / Raia P / Hugonneau Beaufet I / Pehau-Arnaudet G / England P / Lindhal E / Delarue M / Carroni M / Sauguet L
資金援助 フランス, スウェーデン, 3件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-17-CE11-0005-01 フランス
Swedish Research Council2017-04641 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2015.0234 スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the increased processivity of D-family DNA polymerases in complex with PCNA.
著者: Clément Madru / Ghislaine Henneke / Pierre Raia / Inès Hugonneau-Beaufet / Gérard Pehau-Arnaudet / Patrick England / Erik Lindahl / Marc Delarue / Marta Carroni / Ludovic Sauguet /
要旨: Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced ...Replicative DNA polymerases (DNAPs) have evolved the ability to copy the genome with high processivity and fidelity. In Eukarya and Archaea, the processivity of replicative DNAPs is greatly enhanced by its binding to the proliferative cell nuclear antigen (PCNA) that encircles the DNA. We determined the cryo-EM structure of the DNA-bound PolD-PCNA complex from Pyrococcus abyssi at 3.77 Å. Using an integrative structural biology approach - combining cryo-EM, X-ray crystallography, protein-protein interaction measurements, and activity assays - we describe the molecular basis for the interaction and cooperativity between a replicative DNAP and PCNA. PolD recruits PCNA via a complex mechanism, which requires two different PIP-boxes. We infer that the second PIP-box, which is shared with the eukaryotic Polα replicative DNAP, plays a dual role in binding either PCNA or primase, and could be a master switch between an initiation and a processive phase during replication.
履歴
登録2019年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年3月4日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t8h
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10401.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10401.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Post processed and masked map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014 / ムービー #1: 0.014
最小 - 最大-0.061317734 - 0.10814589
平均 (標準偏差)0.00027422933 (±0.0027429883)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 249.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z249.000249.000249.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.0610.1080.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10401_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Post processed unmasked map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi

ファイルemd_10401_additional_1.map
注釈Post processed unmasked map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unfiltered map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi

ファイルemd_10401_additional_2.map
注釈Unfiltered map of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi

ファイルemd_10401_half_map_1.map
注釈Half map 2 of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi

ファイルemd_10401_half_map_2.map
注釈Half map 1 of the PolD-PCNA-DNA from P. abyssi
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi

全体名称: DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi
要素
  • 複合体: DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi
    • 複合体: PolD-PCNA processive complex
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase sliding clamp
      • タンパク質・ペプチド: DNA polymerase II small subunit
      • タンパク質・ペプチド: DP2 subunit of D-family DNA-polymerase
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA primer
      • DNA: DNA template
  • リガンド: FE (III) ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi

超分子名称: DNA-bound PolD-PCNA processive complex from P. abyssi
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #4-#5
分子量実験値: 310 kDa/nm

+
超分子 #2: PolD-PCNA processive complex

超分子名称: PolD-PCNA processive complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4-#5
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)

+
分子 #1: DNA polymerase sliding clamp

分子名称: DNA polymerase sliding clamp / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 29.471764 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSMPFEIVFE GAKEFAQLIE TASRLIDEAA FKVTEEGISM RAMDPSRVVL IDLNLPASIF SKYEVDGEET IGVNMDHLK KVLKRGKAKE TLILRKGEEN FLEISLQGTA TRTFKLPLID VEEIEVDLPE LPFTAKVVIL GDVIKEAVKD A SLVSDSMK ...文字列:
MRGSHHHHHH GSMPFEIVFE GAKEFAQLIE TASRLIDEAA FKVTEEGISM RAMDPSRVVL IDLNLPASIF SKYEVDGEET IGVNMDHLK KVLKRGKAKE TLILRKGEEN FLEISLQGTA TRTFKLPLID VEEIEVDLPE LPFTAKVVIL GDVIKEAVKD A SLVSDSMK FIAKENEFTM RAEGETQEVE VKLTLEDEGL LDIEVQEETK SAYGISYLSD MVKGLGKADE VTIKFGNEMP MQ MEYYIRD EGRLIFLLAP RVEE

+
分子 #2: DNA polymerase II small subunit

分子名称: DNA polymerase II small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
株: GE5 / Orsay
分子量理論値: 69.408008 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MDELVKALER AGYLLTPSAY YLLVDHFKEG KFSLVELVKF AKSKGVFIID GDLAYEFLQF LGLGVPQEIK ESYISTGEEA EKTVESQET RASELEEGGV SQVSSGELQE LKEESPEIST TEEEIGGLEL VQSSISTGSE VEYNNGENGE SVVVLDKYGY P ILYAPEEI ...文字列:
MDELVKALER AGYLLTPSAY YLLVDHFKEG KFSLVELVKF AKSKGVFIID GDLAYEFLQF LGLGVPQEIK ESYISTGEEA EKTVESQET RASELEEGGV SQVSSGELQE LKEESPEIST TEEEIGGLEL VQSSISTGSE VEYNNGENGE SVVVLDKYGY P ILYAPEEI GEEKEYSKYE DVVIEWNPSV TPVQIEKNYE VKFDVRQVKL RPPKVKNGSG KEGEIIVEAY ASLFKSRLSK LK RILRENP EISNVVDIGK LNYVSGDEEV TIIGLVNSKR ETNRGLIFEV EDKTGIVKVF LPKDSEDYRE AFKVLPDAVV AFK GFYSKK GIFFANKFYL PDVPLYRKQK PPLEEKVYAI LISDIHVGSR EFCEKAFLKF LEWLNGHVES KEEEEIVSRV KYLI IAGDV VDGIGIYPGQ YSDLVIPDIF DQYEALANLL ANVPEHITMF IGPGNADAAR PAIPQPEFYK EYAKPIYKLK NAIII SNPA VIRLHGRDFL IAHGRGIEDV VSFVPGLTHH KPGLPMVELL KMRHLAPTFG GKVPIAPDPE DLLVIEEVPD LVQMGH VHV YDAVVYRGVQ LVNSATWQAQ TEFQKMVNIV PTPAKVPVVD VESARVVKVL DFSGWC

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分子 #3: DP2 subunit of D-family DNA-polymerase

分子名称: DP2 subunit of D-family DNA-polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase
由来(天然)生物種: Pyrococcus abyssi (古細菌)
分子量理論値: 144.762188 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GTGDGSELPK EMEEYFEMLQ REIDKAYEIA KKARAQGKDP SLDVEIPQAT DMAGRVESLV GPPGVAKRIR ELVKEYGKEI AALKIVDEI IEGKFGDLGS REKYAEQAVR TALAILTEGI VSAPIEGIAN VKIKRNTWAD NSEYLALYYA GPIRSSGGTA Q ALSVLVGD ...文字列:
GTGDGSELPK EMEEYFEMLQ REIDKAYEIA KKARAQGKDP SLDVEIPQAT DMAGRVESLV GPPGVAKRIR ELVKEYGKEI AALKIVDEI IEGKFGDLGS REKYAEQAVR TALAILTEGI VSAPIEGIAN VKIKRNTWAD NSEYLALYYA GPIRSSGGTA Q ALSVLVGD YVRRKLGLDR FKPSEKHIER MVEEVDLYHR AVTRLQYHPS PEEVRLAMRN IPIEITGEAT DDVEVSHRDV PG VETNQLR GGAILVLAEG VLQKAKKLVK YIDKMGIEGW EWLKEFVEAK EKGEPKEEGK EESLAESTLE ETKVEVDMGF YYS LYQKFK EEIAPSDKYA KEVIGGRPLF SDPSKPGGFR LRYGRSRASG FATWGINPAT MILVDEFLAI GTQLKTERPG KGAV VTPVT TIEGPIVKLK DGSVLRVDDY NLALKVREDV EEILYLGDAV IAFGDFVENN QTLLPANYCE EWWILEFVKA LKEIY EVHL EPFTENEEES IEEASDYLEI DPEFLKEMLR DPLRVKPPVE LAIHFSEVLG IPLHPYYTLY WNSVEPKDVE KLWRLL KNY AEIEWSNFRG IKFAKKIVIS QEKLGDSKRT LELLGLPHTV RDGNVIVDYP WAAALLTPLG NLNWEFMAKP LYATIDI IN ENNEIKLRDR GISWIGARMG RPEKAKERKM KPPVQVLFPI GLAGGSSRDI KKAAEEGKVA EVEIAFFKCP KCGHVGPE H LCPNCGTRKE LLWVCPRCNA EYPESQAEGY NYTCPKCNVK LRPYAKRKIR PSELLNRAME NVKVYGVDKL KGVMGMTSG WKMPEPLEKG LLRAKNDVYV FKDGTIRFDA TDAPITHFRP REIGVSVEKL RELGYTHDFE GKPLVSEDQI VELKPQDIIL SKEAGRYLL KVAKFVDDLL EKFYGLPRFY NAEKMEDLIG HLVIGLAPHT SAGIVGRIIG FVDALVGYAH PYFHAAKRRN C DGDEDAVM LLLDALLNFS RYYLPEKRGG KMDAPLVITT RLDPREVDSE VHNMDIVRYY PLEFYEATYE LKSPKELVGV IE RVEDRLG KPEMYYGLKF THDTDDIALG PKMSLYKQLG DMEEKVRRQL EVAKRIRAVD EHGVAEKILN SHLIPDLRGN LRS FTRQEF RCVKCNTKFR RPPLNGKCPV CGGKIVLTVS KGAIEKYLGT AKMLVTEYNV KNYTRQRICL TERDIDSLFE NVFP ETQLT LIVNPNDICQ RLVMARTGEV NKSGLLENLS NGSKKTEKAE KAEKPRKKSD EKPKKKRVIS LEEFFSRKSK

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分子 #4: DNA primer

分子名称: DNA primer / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 5.519542 KDa
配列文字列:
(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG) (DA)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)

+
分子 #5: DNA template

分子名称: DNA template / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 7.717934 KDa
配列文字列:
(DA)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DC)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC) (DC)(DG)(DG)(DC)(DG)

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分子 #6: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

+
分子 #7: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/2 4C / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 5mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4602 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.5 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Indicated in the M&M
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio model generated using SGD
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.77 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 149200
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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