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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10245 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of the RagAB peptide importer in the 'open-closed' state | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map filtered by local resolution in RELION | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) / Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | White JBR / Ranson NA / van den Berg B | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, ポーランド, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis. 著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / Neil A Ranson / Jan Potempa / Bert van den Berg / 要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how these peptides enter the cell is not clear. Here, we identify RagAB as the outer-membrane importer for these peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagAB complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a 'pedal bin' mechanism of nutrient uptake. Together with mutagenesis, peptide-binding studies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic, selective outer-membrane oligopeptide-acquisition machine that is essential for the efficient utilization of proteinaceous nutrients by P. gingivalis. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10245.map.gz | 24.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10245-v30.xml emd-10245.xml | 26.7 KB 26.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10245_fsc.xml | 7.8 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10245.png | 59.7 KB | ||
マスクデータ | emd_10245_msk_1.map | 38.4 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_10245_additional_1.map.gz emd_10245_additional_2.map.gz emd_10245_additional_3.map.gz | 29.4 MB 14.7 MB 14.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10245 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10245 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10245_validation.pdf.gz | 303.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10245_full_validation.pdf.gz | 302.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10245_validation.xml.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10245 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10245 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6smqMC 6sliC 6sljC 6slnC 6sm3C 6smlC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10543 (タイトル: Cryo electron microscopy of RagAB from P. gingivalis solubilised in DDM Data size: 9.0 TB Data #1: Raw micrograph movies of the RagAB complex solubilised in DDM [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map filtered by local resolution in RELION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10245_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map from 3D auto-refinement in RELION
ファイル | emd_10245_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map from 3D auto-refinement in RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 1 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION
ファイル | emd_10245_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Half map 2 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION
ファイル | emd_10245_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : RagAB with putative peptide substrate
全体 | 名称: RagAB with putative peptide substrate |
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要素 |
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-超分子 #1: RagAB with putative peptide substrate
超分子 | 名称: RagAB with putative peptide substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Putative peptide substrate co-purified with the complex |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) / 株: KRAB |
-分子 #1: Lipoprotein RagB
分子 | 名称: Lipoprotein RagB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 |
分子量 | 理論値: 54.430863 KDa |
配列 | 文字列: CELDRDPEGK DFQQPYTSFV QTKQNRDGLY ALLRNTENPR MHFYQELQSD MYCTTITDGN SLAPFVNWDL GILNDHGRAD EDEVSGIAG YYFVYNRLNQ QANAFVNNTE AALQNQVYKN STEIANAKSF LAEGKVLQAL AIWRLMDRFS FHESVTEVNS G AKDLGVIL ...文字列: CELDRDPEGK DFQQPYTSFV QTKQNRDGLY ALLRNTENPR MHFYQELQSD MYCTTITDGN SLAPFVNWDL GILNDHGRAD EDEVSGIAG YYFVYNRLNQ QANAFVNNTE AALQNQVYKN STEIANAKSF LAEGKVLQAL AIWRLMDRFS FHESVTEVNS G AKDLGVIL LKEYNPGYIG PRATKAQCYD YILSRLSEAI EVLPENRESV LYVSRDYAYA LRARIYLALG EYGKAAADAK MV VDKYPLI GAADASEFEN IYRSDANNPE IIFRGFASAT LGSFTATTLN GAAPAGKDIK YNPSAVPFQW VVDLYENEDF RKS VYIAKV VKKDKGYLVN KFLEDKAYRD VQDKPNLKVG ARYFSVAEVY LILVESALQT GDTPTAEKYL KALSKARGAE VSVV NMEAL QAERTRELIG EGSRLRDMVR WSIPNNHDAF ETQPGLEGFA NTTPLKAQAP VGFYAYTWEF PQRDRQTNPQ LIKNW PI |
-分子 #2: RagA protein
分子 | 名称: RagA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 |
分子量 | 理論値: 100.350977 KDa |
配列 | 文字列: LSTVSGSVAK VSSEKLAEKP VANIMDALQG QVAGMQVMTT SGDPTAVASV EIHGTGSLGA SSAPLYIVDG MQTSLDVVAT MNPNDFESM SVLKDASATS IYGARAANGV VFIQTKKGKM SERGRITFNA SYGISQILNT KPLDNMMTGD ELLDFQVKAG F WGNNQTVQ ...文字列: LSTVSGSVAK VSSEKLAEKP VANIMDALQG QVAGMQVMTT SGDPTAVASV EIHGTGSLGA SSAPLYIVDG MQTSLDVVAT MNPNDFESM SVLKDASATS IYGARAANGV VFIQTKKGKM SERGRITFNA SYGISQILNT KPLDNMMTGD ELLDFQVKAG F WGNNQTVQ KVKDMILAGA EDLYGNYDSL KDEYGKTLFP VDFNHDADWL KALFKTAPTS QGDISFSGGS QGTSYYASIG YF DQEGMAR EPANFKRYSG RLNFESRINE WLKVGANLSG AIANRRSADY FGKYYMGSGT FGVLTMPRYY NPFDVNGDLA DVY YMYGAT RPSMTEPYFA KMRPFSSESH QANVNGFAQI TPIKGLTLKA QAGVDITNTR TSSKRMPNNP YDSTPLGERR ERAY RDVSK SFTNTAEYKF SIDEKHDLTA LMGHEYIEYE GDVIGASSKG FESDKLMLLS QGKTGNSLSL PEHRVAEYAY LSFFS RFNY GFDKWMYIDF SVRNDQSSRF GSNNRSAWFY SVGGMFDIYN KFIQESNWLS DLRLKMSYGT TGNSEIGNYN HQALVT VNN YTEDAMGLSI STAGNPDLSW EKQSQFNFGL AAGAFNNRLS AEVDFYVRTT NDMLIDVPMP YISGFFSQYQ NVGSMKN TG VDLSLKGTIY QNKDWNVYAS ANFNYNRQEI TKLFFGLNKY MLPNTGTIWE IGYPNSFYMA EYAGIDKKTG KQLWYVPG Q VDADGNKVTT SQYSADLETR IDKSVTPPIT GGFSLGASWK GLSLDADFAY IVGKWMINND RYFTENGGGL MQLNKDKML LNAWTEDNKE TDVPKLGQSP QFDTHLLENA SFLRLKNLKL TYVLPNSLFA GQNVIGGARV YLMARNLLTV TKYKGFDPEA GGNVGKNQY PNSKQYVAGI QLSF |
-分子 #3: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER
分子 | 名称: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Putative peptide ligand / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア) / 株: KRAB |
分子量 | 理論値: 1.199182 KDa |
配列 | 文字列: SGATTATTTT SNS |
-分子 #4: RagA protein
分子 | 名称: RagA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (バクテリア) 株: ATCC BAA-308 / W83 |
分子量 | 理論値: 101.582398 KDa |
配列 | 文字列: QVVVLGYGTG QKLSTVSGSV AKVSSEKLAE KPVANIMDAL QGQVAGMQVM TTSGDPTAVA SVEIHGTGSL GASSAPLYIV DGMQTSLDV VATMNPNDFE SMSVLKDASA TSIYGARAAN GVVFIQTKKG KMSERGRITF NASYGISQIL NTKPLDNMMT G DELLDFQV ...文字列: QVVVLGYGTG QKLSTVSGSV AKVSSEKLAE KPVANIMDAL QGQVAGMQVM TTSGDPTAVA SVEIHGTGSL GASSAPLYIV DGMQTSLDV VATMNPNDFE SMSVLKDASA TSIYGARAAN GVVFIQTKKG KMSERGRITF NASYGISQIL NTKPLDNMMT G DELLDFQV KAGFWGNNQT VQKVKDMILA GAEDLYGNYD SLKDEYGKTL FPVDFNHDAD WLKALFKTAP TSQGDISFSG GS QGTSYYA SIGYFDQEGM AREPANFKRY SGRLNFESRI NEWLKVGANL SGAIANRRSA DYFGKYYMGS GTFGVLTMPR YYN PFDVNG DLADVYYMYG ATRPSMTEPY FAKMRPFSSE SHQANVNGFA QITPIKGLTL KAQAGVDITN TRTSSKRMPN NPYD STPLG ERRERAYRDV SKSFTNTAEY KFSIDEKHDL TALMGHEYIE YEGDVIGASS KGFESDKLML LSQGKTGNSL SLPEH RVAE YAYLSFFSRF NYGFDKWMYI DFSVRNDQSS RFGSNNRSAW FYSVGGMFDI YNKFIQESNW LSDLRLKMSY GTTGNS EIG NYNHQALVTV NNYTEDAMGL SISTAGNPDL SWEKQSQFNF GLAAGAFNNR LSAEVDFYVR TTNDMLIDVP MPYISGF FS QYQNVGSMKN TGVDLSLKGT IYQNKDWNVY ASANFNYNRQ EITKLFFGLN KYMLPNTGTI WEIGYPNSFY MAEYAGID K KTGKQLWYVP GQVDADGNKV TTSQYSADLE TRIDKSVTPP ITGGFSLGAS WKGLSLDADF AYIVGKWMIN NDRYFTENG GGLMQLNKDK MLLNAWTEDN KETDVPKLGQ SPQFDTHLLE NASFLRLKNL KLTYVLPNSL FAGQNVIGGA RVYLMARNLL TVTKYKGFD PEAGGNVGKN QYPNSKQYVA GIQLSF |
-分子 #5: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OX...
分子 | 名称: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 5PL |
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分子量 | 理論値: 1.233719 KDa |
Chemical component information | ChemComp-5PL: |
-分子 #6: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-分子 #7: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
分子 | 名称: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: C8E |
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分子量 | 理論値: 306.438 Da |
Chemical component information | ChemComp-C8E: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.75 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6 second blot time, blot force 6. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 77.88 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |