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万見
- EMDB-10245: Structure of the RagAB peptide importer in the 'open-closed' state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10245
タイトルStructure of the RagAB peptide importer in the 'open-closed' state
マップデータSharpened map filtered by local resolution in RELION
試料
  • 複合体: RagAB with putative peptide substrate
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein RagB
    • タンパク質・ペプチド: RagA proteinラーガ
    • タンパク質・ペプチド: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER
    • タンパク質・ペプチド: RagA proteinラーガ
  • リガンド: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
  • リガンド: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane / 生体膜
類似検索 - 分子機能
TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / CarboxypepD_reg-like domain / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor ...TonB-dependent outer membrane protein, SusC/RagA / TonB-dependent outer membrane protein SusC/RagA, conserved site / CarboxypepD_reg-like domain / SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Carboxypeptidase-like, regulatory domain superfamily / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel / TonB dependent receptor / TonB-dependent receptor, plug domain superfamily / TonB-dependent receptor, plug domain / TonB-dependent receptor-like, beta-barrel domain superfamily / TonB-dependent Receptor Plug Domain / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Lipoprotein RagB / RagA protein
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (ポルフィロモナス・ジンジバリス) / Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者White JBR / Ranson NA / van den Berg B
資金援助 英国, ポーランド, 7件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust214222/Z/18/Z 英国
Polish National Science CentreUMO-2015/19/N/NZ1/00322 ポーランド
Wellcome Trust215064/Z/18/Z 英国
Polish National Science CentreUMO-2016/23/N/NZ1/01513 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2018/28/T/NZ1/00348 to MM ポーランド
Polish National Science CentreNIDCR/DE 022597 ポーランド
Polish National Science CentreUMO-2018/31/B/NZ1/03968 ポーランド
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020
タイトル: Structural and functional insights into oligopeptide acquisition by the RagAB transporter from Porphyromonas gingivalis.
著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / ...著者: Mariusz Madej / Joshua B R White / Zuzanna Nowakowska / Shaun Rawson / Carsten Scavenius / Jan J Enghild / Grzegorz P Bereta / Karunakar Pothula / Ulrich Kleinekathoefer / Arnaud Baslé / Neil A Ranson / Jan Potempa / Bert van den Berg /
要旨: Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory ...Porphyromonas gingivalis, an asaccharolytic member of the Bacteroidetes, is a keystone pathogen in human periodontitis that may also contribute to the development of other chronic inflammatory diseases. P. gingivalis utilizes protease-generated peptides derived from extracellular proteins for growth, but how these peptides enter the cell is not clear. Here, we identify RagAB as the outer-membrane importer for these peptides. X-ray crystal structures show that the transporter forms a dimeric RagAB complex, with the RagB substrate-binding surface-anchored lipoprotein forming a closed lid on the RagA TonB-dependent transporter. Cryo-electron microscopy structures reveal the opening of the RagB lid and thus provide direct evidence for a 'pedal bin' mechanism of nutrient uptake. Together with mutagenesis, peptide-binding studies and RagAB peptidomics, our work identifies RagAB as a dynamic, selective outer-membrane oligopeptide-acquisition machine that is essential for the efficient utilization of proteinaceous nutrients by P. gingivalis.
履歴
登録2019年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月4日-
マップ公開2020年5月20日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6smq
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10245.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10245.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened map filtered by local resolution in RELION
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.06 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-0.3826556 - 0.5361876
平均 (標準偏差)0.0005051065 (±0.019097699)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 231.12001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.071.071.07
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z231.120231.120231.120
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.3830.5360.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_10245_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Unsharpened map from 3D auto-refinement in RELION

ファイルemd_10245_additional_1.map
注釈Unsharpened map from 3D auto-refinement in RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 1 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION

ファイルemd_10245_additional_2.map
注釈Half map 1 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half map 2 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION

ファイルemd_10245_additional_3.map
注釈Half map 2 from final iteration of 3D auto-refinement in RELION
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : RagAB with putative peptide substrate

全体名称: RagAB with putative peptide substrate
要素
  • 複合体: RagAB with putative peptide substrate
    • タンパク質・ペプチド: Lipoprotein RagB
    • タンパク質・ペプチド: RagA proteinラーガ
    • タンパク質・ペプチド: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER
    • タンパク質・ペプチド: RagA proteinラーガ
  • リガンド: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE
  • リガンド: PALMITIC ACIDパルミチン酸
  • リガンド: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE

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超分子 #1: RagAB with putative peptide substrate

超分子名称: RagAB with putative peptide substrate / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Putative peptide substrate co-purified with the complex
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis W83 (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: KRAB

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分子 #1: Lipoprotein RagB

分子名称: Lipoprotein RagB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: ATCC BAA-308 / W83
分子量理論値: 54.430863 KDa
配列文字列: CELDRDPEGK DFQQPYTSFV QTKQNRDGLY ALLRNTENPR MHFYQELQSD MYCTTITDGN SLAPFVNWDL GILNDHGRAD EDEVSGIAG YYFVYNRLNQ QANAFVNNTE AALQNQVYKN STEIANAKSF LAEGKVLQAL AIWRLMDRFS FHESVTEVNS G AKDLGVIL ...文字列:
CELDRDPEGK DFQQPYTSFV QTKQNRDGLY ALLRNTENPR MHFYQELQSD MYCTTITDGN SLAPFVNWDL GILNDHGRAD EDEVSGIAG YYFVYNRLNQ QANAFVNNTE AALQNQVYKN STEIANAKSF LAEGKVLQAL AIWRLMDRFS FHESVTEVNS G AKDLGVIL LKEYNPGYIG PRATKAQCYD YILSRLSEAI EVLPENRESV LYVSRDYAYA LRARIYLALG EYGKAAADAK MV VDKYPLI GAADASEFEN IYRSDANNPE IIFRGFASAT LGSFTATTLN GAAPAGKDIK YNPSAVPFQW VVDLYENEDF RKS VYIAKV VKKDKGYLVN KFLEDKAYRD VQDKPNLKVG ARYFSVAEVY LILVESALQT GDTPTAEKYL KALSKARGAE VSVV NMEAL QAERTRELIG EGSRLRDMVR WSIPNNHDAF ETQPGLEGFA NTTPLKAQAP VGFYAYTWEF PQRDRQTNPQ LIKNW PI

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分子 #2: RagA protein

分子名称: RagA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: ATCC BAA-308 / W83
分子量理論値: 100.350977 KDa
配列文字列: LSTVSGSVAK VSSEKLAEKP VANIMDALQG QVAGMQVMTT SGDPTAVASV EIHGTGSLGA SSAPLYIVDG MQTSLDVVAT MNPNDFESM SVLKDASATS IYGARAANGV VFIQTKKGKM SERGRITFNA SYGISQILNT KPLDNMMTGD ELLDFQVKAG F WGNNQTVQ ...文字列:
LSTVSGSVAK VSSEKLAEKP VANIMDALQG QVAGMQVMTT SGDPTAVASV EIHGTGSLGA SSAPLYIVDG MQTSLDVVAT MNPNDFESM SVLKDASATS IYGARAANGV VFIQTKKGKM SERGRITFNA SYGISQILNT KPLDNMMTGD ELLDFQVKAG F WGNNQTVQ KVKDMILAGA EDLYGNYDSL KDEYGKTLFP VDFNHDADWL KALFKTAPTS QGDISFSGGS QGTSYYASIG YF DQEGMAR EPANFKRYSG RLNFESRINE WLKVGANLSG AIANRRSADY FGKYYMGSGT FGVLTMPRYY NPFDVNGDLA DVY YMYGAT RPSMTEPYFA KMRPFSSESH QANVNGFAQI TPIKGLTLKA QAGVDITNTR TSSKRMPNNP YDSTPLGERR ERAY RDVSK SFTNTAEYKF SIDEKHDLTA LMGHEYIEYE GDVIGASSKG FESDKLMLLS QGKTGNSLSL PEHRVAEYAY LSFFS RFNY GFDKWMYIDF SVRNDQSSRF GSNNRSAWFY SVGGMFDIYN KFIQESNWLS DLRLKMSYGT TGNSEIGNYN HQALVT VNN YTEDAMGLSI STAGNPDLSW EKQSQFNFGL AAGAFNNRLS AEVDFYVRTT NDMLIDVPMP YISGFFSQYQ NVGSMKN TG VDLSLKGTIY QNKDWNVYAS ANFNYNRQEI TKLFFGLNKY MLPNTGTIWE IGYPNSFYMA EYAGIDKKTG KQLWYVPG Q VDADGNKVTT SQYSADLETR IDKSVTPPIT GGFSLGASWK GLSLDADFAY IVGKWMINND RYFTENGGGL MQLNKDKML LNAWTEDNKE TDVPKLGQSP QFDTHLLENA SFLRLKNLKL TYVLPNSLFA GQNVIGGARV YLMARNLLTV TKYKGFDPEA GGNVGKNQY PNSKQYVAGI QLSF

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分子 #3: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER

分子名称: SER-GLY-ALA-THR-THR-ALA-THR-THR-THR-THR-SER-ASN-SER / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Putative peptide ligand / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis W83 (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: KRAB
分子量理論値: 1.199182 KDa
配列文字列:
SGATTATTTT SNS

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分子 #4: RagA protein

分子名称: RagA protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Porphyromonas gingivalis (strain ATCC BAA-308 / W83) (ポルフィロモナス・ジンジバリス)
株: ATCC BAA-308 / W83
分子量理論値: 101.582398 KDa
配列文字列: QVVVLGYGTG QKLSTVSGSV AKVSSEKLAE KPVANIMDAL QGQVAGMQVM TTSGDPTAVA SVEIHGTGSL GASSAPLYIV DGMQTSLDV VATMNPNDFE SMSVLKDASA TSIYGARAAN GVVFIQTKKG KMSERGRITF NASYGISQIL NTKPLDNMMT G DELLDFQV ...文字列:
QVVVLGYGTG QKLSTVSGSV AKVSSEKLAE KPVANIMDAL QGQVAGMQVM TTSGDPTAVA SVEIHGTGSL GASSAPLYIV DGMQTSLDV VATMNPNDFE SMSVLKDASA TSIYGARAAN GVVFIQTKKG KMSERGRITF NASYGISQIL NTKPLDNMMT G DELLDFQV KAGFWGNNQT VQKVKDMILA GAEDLYGNYD SLKDEYGKTL FPVDFNHDAD WLKALFKTAP TSQGDISFSG GS QGTSYYA SIGYFDQEGM AREPANFKRY SGRLNFESRI NEWLKVGANL SGAIANRRSA DYFGKYYMGS GTFGVLTMPR YYN PFDVNG DLADVYYMYG ATRPSMTEPY FAKMRPFSSE SHQANVNGFA QITPIKGLTL KAQAGVDITN TRTSSKRMPN NPYD STPLG ERRERAYRDV SKSFTNTAEY KFSIDEKHDL TALMGHEYIE YEGDVIGASS KGFESDKLML LSQGKTGNSL SLPEH RVAE YAYLSFFSRF NYGFDKWMYI DFSVRNDQSS RFGSNNRSAW FYSVGGMFDI YNKFIQESNW LSDLRLKMSY GTTGNS EIG NYNHQALVTV NNYTEDAMGL SISTAGNPDL SWEKQSQFNF GLAAGAFNNR LSAEVDFYVR TTNDMLIDVP MPYISGF FS QYQNVGSMKN TGVDLSLKGT IYQNKDWNVY ASANFNYNRQ EITKLFFGLN KYMLPNTGTI WEIGYPNSFY MAEYAGID K KTGKQLWYVP GQVDADGNKV TTSQYSADLE TRIDKSVTPP ITGGFSLGAS WKGLSLDADF AYIVGKWMIN NDRYFTENG GGLMQLNKDK MLLNAWTEDN KETDVPKLGQ SPQFDTHLLE NASFLRLKNL KLTYVLPNSL FAGQNVIGGA RVYLMARNLL TVTKYKGFD PEAGGNVGKN QYPNSKQYVA GIQLSF

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分子 #5: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OX...

分子名称: (1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: 5PL
分子量理論値: 1.233719 KDa
Chemical component information

ChemComp-5PL:
(1R,4S,6R)-6-({[2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]OXY}METHYL)-4-HYDROXY-1-{[(15-METHYLHEXADECANOYL)OXY]METHYL}-4-OXIDO-7-OXO-3,5-DIOXA-8-AZA-4-PHOSPHAHEPTACOS-1-YL 15-METHYLHEXADECANOATE

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分子 #6: PALMITIC ACID

分子名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PLM
分子量理論値: 256.424 Da
Chemical component information

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸 / パルミチン酸

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分子 #7: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE

分子名称: (HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 5 / 式: C8E
分子量理論値: 306.438 Da
Chemical component information

ChemComp-C8E:
(HYDROXYETHYLOXY)TRI(ETHYLOXY)OCTANE / テトラエチレングリコ-ルモノオクチルエ-テル / C8E, 可溶化剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.75 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHEPES
100.0 mMNaCl塩化ナトリウムSodium chloride塩化ナトリウム
0.03 % w/vC24H46O11DDM
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 279.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 6 second blot time, blot force 6.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 77.88 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Initial model generation in RELION
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 213143
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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