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- EMDB-10212: Cryo-EM structure of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10212
タイトルCryo-EM structure of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus
マップデータCryo-EM map of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus
試料
  • 複合体: 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silencing factor RsfS from Staphylococcus aureus
    • 複合体: Ribosomal silencing factor RsfS
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal subunit
      • RNA: x 2種
      • タンパク質・ペプチド: x 23種
  • リガンド: x 2種
キーワードStress / S.aureus / RsfS / Hibernation / RIBOSOME
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of ribosome biogenesis / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation ...negative regulation of ribosome biogenesis / ribosomal large subunit binding / cytosolic ribosome assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / : / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / : ...Protein Iojap/ribosomal silencing factor RsfS / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / : / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L17 superfamily / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L2 signature. / : / Ribosomal protein L2, conserved site / Ribosomal protein L15, conserved site / Ribosomal protein L15 signature. / Ribosomal protein L10e/L16 / Ribosomal protein L10e/L16 superfamily / Ribosomal protein L16p/L10e / Ribosomal protein L2, domain 3 / Ribosomal protein L13 signature. / Ribosomal protein L13, conserved site / Ribosomal protein L14P, conserved site / Ribosomal protein L14 signature. / Ribosomal protein L22/L17, conserved site / Ribosomal protein L22 signature. / Ribosomal L29 protein / Ribosomal protein L29/L35 / Ribosomal protein L29/L35 superfamily / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L2, C-terminal / Ribosomal Proteins L2, C-terminal domain / Ribosomal protein L24 signature. / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal Proteins L2, RNA binding domain / Ribosomal protein L24/L26, conserved site / Ribosomal protein L2 / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L13
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Ribosomal silencing factor RsfS
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌) / Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Khusainov I / Pellegrino S / Yusupova G / Yusupov M / Fatkhullin B
資金援助 フランス, 3件
OrganizationGrant number国
French National Research AgencyANR-15-CE11-0021-01 フランス
French National Research AgencyANR-16-CE11-0007-01 フランス
French National Research AgencyLabex: ANR-10-LABX- 0036_NETRNA フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Mechanism of ribosome shutdown by RsfS in Staphylococcus aureus revealed by integrative structural biology approach.
著者: Iskander Khusainov / Bulat Fatkhullin / Simone Pellegrino / Aydar Bikmullin / Wen-Ti Liu / Azat Gabdulkhakov / Amr Al Shebel / Alexander Golubev / Denis Zeyer / Natalie Trachtmann / Georg A ...著者: Iskander Khusainov / Bulat Fatkhullin / Simone Pellegrino / Aydar Bikmullin / Wen-Ti Liu / Azat Gabdulkhakov / Amr Al Shebel / Alexander Golubev / Denis Zeyer / Natalie Trachtmann / Georg A Sprenger / Shamil Validov / Konstantin Usachev / Gulnara Yusupova / Marat Yusupov /
要旨: For the sake of energy preservation, bacteria, upon transition to stationary phase, tone down their protein synthesis. This process is favored by the reversible binding of small stress-induced ...For the sake of energy preservation, bacteria, upon transition to stationary phase, tone down their protein synthesis. This process is favored by the reversible binding of small stress-induced proteins to the ribosome to prevent unnecessary translation. One example is the conserved bacterial ribosome silencing factor (RsfS) that binds to uL14 protein onto the large ribosomal subunit and prevents its association with the small subunit. Here we describe the binding mode of Staphylococcus aureus RsfS to the large ribosomal subunit and present a 3.2 Å resolution cryo-EM reconstruction of the 50S-RsfS complex together with the crystal structure of uL14-RsfS complex solved at 2.3 Å resolution. The understanding of the detailed landscape of RsfS-uL14 interactions within the ribosome shed light on the mechanism of ribosome shutdown in the human pathogen S. aureus and might deliver a novel target for pharmacological drug development and treatment of bacterial infections.
履歴
登録2019年8月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月8日-
マップ公開2020年4月8日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10212.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10212.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.858 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.10070784 - 0.16990301
平均 (標準偏差)0.0009123183 (±0.006633047)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ350350350
Spacing350350350
セルA=B=C: 300.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8580.8580.858
M x/y/z350350350
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.300300.300300.300
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS350350350
D min/max/mean-0.1010.1700.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silenc...

全体名称: 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silencing factor RsfS from Staphylococcus aureus
要素
  • 複合体: 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silencing factor RsfS from Staphylococcus aureus
    • 複合体: Ribosomal silencing factor RsfS
      • タンパク質・ペプチド: Ribosomal silencing factor RsfS
    • 細胞器官・細胞要素: 50S ribosomal subunit
      • RNA: 23S ribosomal RNA
      • RNA: 5S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION

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超分子 #1: 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silenc...

超分子名称: 50S ribosomal subunit complex with stress induced ribosome silencing factor RsfS from Staphylococcus aureus
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#26
分子量理論値: 1.35 MDa

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超分子 #3: Ribosomal silencing factor RsfS

超分子名称: Ribosomal silencing factor RsfS / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #26
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)

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超分子 #2: 50S ribosomal subunit

超分子名称: 50S ribosomal subunit / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#25
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 946.696625 KDa
配列文字列: GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA ...文字列:
GAUUAAGUUA UUAAGGGCGC ACGGUGGAUG CCUUGGCACU AGAAGCCGAU GAAGGACGUU ACUAACGACG AUAUGCUUUG GGGAGCUGU AAGUAAGCUU UGAUCCAGAG AUUUCCGAAU GGGGAAACCC AGCAUGAGUU AUGUCAUGUU AUCGAUAUGU G AAUACAUA GCAUAUCAGA AGGCACACCC GGAGAACUGA AACAUCUUAG UACCCGGAGG AAGAGAAAGA AAAUUCGAUU CC CUUAGUA GCGGCGAGCG AAACGGGAAG AGCCCAAACC AACAAGCUUG CUUGUUGGGG UUGUAGGACA CUCUAUACGG AGU UACAAA GGACGACAUU AGACGAAUCA UCUGGAAAGA UGAAUCAAAG AAGGUAAUAA UCCUGUAGUC GAAAAUGUUG UCUC UCUUG AGUGGAUCCU GAGUACGACG GAGCACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCUGGGA GGACCAUCUC CUAAGGCUAA AUACU CUCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAAUAGAAC CUGAAA CCG UGUGCUUACA AGUAGUCAGA GCCCGUUAAU GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUUUG AU GCAAGGUUAA GCAGUAAAUG UGGAGCCGUA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGUUUAGU AUUUGGUCGU AGACCCGA A ACCAGGUGAU CUACCCUUGG UCAGGUUGAA GUUCAGGUAA CACUGAAUGG AGGACCGAAC CGACUUACGU UGAAAAGUG AGCGGAUGAA CUGAGGGUAG CGGAGAAAUU CCAAUCGAAC CUGGAGAUAG CUGGUUCUCU CCGAAAUAGC UUUAGGGCUA GCCUCAAGU GAUGAUUAUU GGAGGUAGAG CACUGUUUGG ACGAGGGGCC CCUCUCGGGU UACCGAAUUC AGACAAACUC C GAAUGCCA AUUAAUUUAA CUUGGGAGUC AGAACAUGGG UGAUAAGGUC CGUGUUCGAA AGGGAAACAG CCCAGACCAC CA GCUAAGG UCCCAAAAUA UAUGUUAAGU GGAAAAGGAU GUGGCGUUGC CCAGACAACU AGGAUGUUGG CUUAGAAGCA GCC AUCAUU UAAAGAGUGC GUAAUAGCUC ACUAGUCGAG UGACACUGCG CCGAAAAUGU ACCGGGGCUA AACAUAUUAC CGAA GCUGU GGAUUGUCCU UUGGACAAUG GUAGGAGAGC GUUCUAAGGG CGUUGAAGCA UGAUCGUAAG GACAUGUGGA GCGCU UAGA AGUGAGAAUG CCGGUGUGAG UAGCGAAAGA CGGGUGAGAA UCCCGUCCAC CGAUUGACUA AGGUUUCCAG AGGAAG GCU CGUCCGCUCU GGGUUAGUCG GGUCCUAAGC UGAGGCCGAC AGGCGUAGGC GAUGGAUAAC AGGUUGAUAU UCCUGUA CC ACCUAUAAUC GUUUUAAUCG AUGGGGGGAC GCAGUAGGAU AGGCGAAGCG UGCGAUUGGA UUGCACGUCU AAGCAGUA A GGCUGAGUAU UAGGCAAAUC CGGUACUCGU UAAGGCUGAG CUGUGAUGGG GAGAAGACAU UGUGUCUUCG AGUCGUUGA UUUCACACUG CCGAGAAAAG CCUCUAGAUA GAAAAUAGGU GCCCGUACCG CAAACCGACA CAGGUAGUCA AGAUGAGAAU UCUAAGGUG AGCGAGCGAA CUCUCGUUAA GGAACUCGGC AAAAUGACCC CGUAACUUCG GGAGAAGGGG UGCUCUUUAG G GUUAACGC CCAGAAGAGC CGCAGUGAAU AGGCCCAAGC GACUGUUUAU CAAAAACACA GGUCUCUGCU AAACCGUAAG GU GAUGUAU AGGGGCUGAC GCCUGCCCGG UGCUGGAAGG UUAAGAGGAG UGGUUAGCUU CUGCGAAGCU ACGAAUCGAA GCC CCAGUA AACGGCGGCC GUAACUAUAA CGGUCCUAAG GUAGCGAAAU UCCUUGUCGG GUAAGUUCCG ACCCGCACGA AAGG CGUAA CGAUUUGGGC ACUGUCUCAA CGAGAGACUC GGUGAAAUCA UAGUACCUGU GAAGAUGCAG GUUACCCGCG ACAGG ACGG AAAGACCCCG UGGAGCUUUA CUGUAGCCUG AUAUUGAAAU UCGGCACAGC UUGUACAGGA UAGGUAGGAG CCUUUG AAA CGUGAGCGCU AGCUUACGUG GAGGCGCUGG UGGGAUACUA CCCUAGCUGU GUUGGCUUUC UAACCCGCAC CACUUAU CG UGGUGGGAGA CAGUGUCAGG CGGGCAGUUU GACUGGGGCG GUCGCCUCCU AAAAGGUAAC GGAGGCGCUC AAAGGUUC C CUCAGAAUGG UUGGAAAUCA UUCAUAGAGU GUAAAGGCAU AAGGGAGCUU GACUGCGAGA CCUACAAGUC GAGCAGGGU CGAAAGACGG ACUUAGUGAU CCGGUGGUUC CGCAUGGAAG GGCCAUCGCU CAACGGAUAA AAGCUACCCC GGGGAUAACA GGCUUAUCU CCCCCAAGAG UUCACAUCGA CGGGGAGGUU UGGCACCUCG AUGUCGGCUC AUCGCAUCCU GGGGCUGUAG U CGGUCCCA AGGGUUGGGC UGUUCGCCCA UUAAAGCGGU ACGCGAGCUG GGUUCAGAAC GUCGUGAGAC AGUUCGGUCC CU AUCCGUC GUGGGCGUAG GAAAUUUGAG AGGAGCUGUC CUUAGUACGA GAGGACCGGG AUGGACAUAC CUCUGGUGUA CCA GUUGUC GUGCCAACGG CAUAGCUGGG UAGCUAUGUG UGGACGGGAU AAGUGCUGAA AGCAUCUAAG CAUGAAGCCC CCCU CAAGA UGAGAUUUCC CAACUUCGGU UAUAAGAUCC CUCAAAGAUG AUGAGGUUAA UAGGUUCGAG GUGGAAGCAU GGUGA CAUG UGGAGCUGAC GAAUACUAAU CGAUCGAAGA CUUAAUCAA

GENBANK: GENBANK: CP039156.1

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.974945 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGUCG AUGGUAGUCG AACUUACGU UCCGCUAGAG UAGAACGUUG CCAGGC

GENBANK: GENBANK: CP035671.1

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 30.217164 KDa
配列文字列: MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE ...文字列:
MAIKKYKPIT NGRRNMTSLD FAEITKTTPE KSLLKPLPKK AGRNNQGKLT VRHHGGGHKR QYRVIDFKRN KDGINAKVDS IQYDPNRSA NIALVVYADG EKRYIIAPKG LEVGQIVESG AEADIKVGNA LPLQNIPVGT VVHNIELKPG KGGQIARSAG A SAQVLGKE GKYVLIRLRS GEVRMILSTC RATIGQVGNL QHELVNVGKA GRSRWKGIRP TVRGSVMNPN DHPHGGGEGR AP IGRPSPM SPWGKPTLGK KTRRGKKSSD KLIVRGRKKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.760256 KDa
配列文字列: MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK ...文字列:
MTKGILGRKI GMTQVFGENG ELIPVTVVEA KENVVLQKKT VEVDGYNAIQ VGFEDKKAYK KDAKSNKYAN KPAEGHAKKA DAAPKRFIR EFRNVDVDAY EVGQEVSVDT FVAGDVIDVT GVSKGKGFQG AIKRHGQSRG PMSHGSHFHR APGSVGMASD A SRVFKGQK MPGRMGGNTV TVQNLEVVQV DTENKVILVK GNVPGPKKGL VEIRTSIKKG NK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.495697 KDa
配列文字列: MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR ...文字列:
MANYDVLKLD GTKSGSIELS DAVFGIEPNN SVLFEAINLQ RASLRQGTHA VKNRSAVSGG GRKPWKQKGT GRARQGTIRA PQWRGGGIV FGPTPRSYAY KMPKKMRRLA LRSALSFKAQ ENGLTVVDAF NFEAPKTKEF KNVLSTLEQP KKVLVVTENE D VNVELSAR NIPGVQVTTA QGLNVLDITN ADSLVITEAA AKKVEEVLG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.359427 KDa
配列文字列:
MRQTFMANES NIERKWYVID AEGQTLGRLS SEVASILRGK NKVTYTPHVD TGDYVIVINA SKIEFTGNKE TDKVYYRHSN HPGGIKSIT AGELRRTNPE RLIENSIKGM LPSTRLGEKQ GKKLFVYGGA EHPHAAQQPE NYELRG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL13

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.157342 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EVL

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.62889 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRKERNRVG RGVATGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRPGF EGGQLPLFRR LPKRGFTNIN RKEYAIVNLD QLNKFEDGT EVTPALLVES GVVKNEKSGI KILGNGSLDK KLTVKAHKFS ASAAEAIDAK GGAHEVI

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.274049 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREELGG ETNES

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL16

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.771773 KDa
配列文字列:
MGYRKLGRTS DQRKAMLRDL ATSLIISERI ETTEARAKEV RSVVEKLITL GKKGDLASRR NAAKTLRNVE ILNEDETTQT ALQKLFGEI AERYTERQGG YTRILKQGPR RGDGAESVII ELV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL17

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.124093 KDa
配列文字列:
MISKIDKNKV RLKRHARVRT NLSGTAEKPR LNVYRSNKHI YAQIIDDNKG VTLAQASSKD SDIATTATKV ELATKVGEAI AKKAADKGI KEIVFDRGGY LYHGRVKALA EAARESGLEF

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL18

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.392771 KDa
配列文字列:
MTNHKLIEAV TKSQLRTDLP SFRPGDTLRV HVRIIEGTRE RIQVFEGVVI KRRGGGVSET FTVRKISSGV GVERTFPLHT PKIEKIEVK RRGKVRRAKL YYLRSLRGKA ARIQEIR

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL19

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.720295 KDa
配列文字列:
MPRVKGGTVT RARRKKTIKL AKGYFGSKHT LYKVAKQQVM KSGQYAFRDR RQRKRDFRKL WITRINAAAR QHEMSYSRLM NGLKKAGID INRKMLSEIA ISDEKAFAQL VTKAKDALK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL20

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.354081 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK INA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL21

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.857922 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPRA QGRASAINKR TSHITIVVSD GKEEAKEA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL22

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.625398 KDa
配列文字列:
MEARDILKRP VITEKSSEAM AEDKYTFDVD TRVNKTQVKM AVEEIFNVKV ASVNIMNYKP KKKRMGRYQG YTNKRRKAIV TLKEGSIDL FN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.561504 KDa
配列文字列:
MHIKKGDNVK VIAGKDKGKE GKVIATLPKK DRVVVEGVNI MKKHQKPTQL NPEGGILETE AAIHVSNVQL LDPKTNEPTR VGYKFVDGK KVRIAKKSGE EIKSNN

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL24

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.810609 KDa
配列文字列: MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE ...文字列:
MASLKSIIRQ GKQTRSDLKQ LRKSGKVPAV VYGYGTKNVS VKVDEVEFIK VIREVGRNGV IELGVGSKTI KVMVADYQFD PLKNQITHI DFLAINMSEE RTVEVPVQLV GEAVGAKEGG VVEQPLFNLE VTATPDNIPE AIEVDITELN INDSLTVADV K VTGDFKIE NDSAESVVTV VAPTEEPTEE EIEAMEGEQQ TEEPEVVGES KEDEEKTEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.334798 KDa
配列文字列:
MLKLNLQFFA SKKGVSSTKN GRDSESKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGVVKFERK GRDKKQVSV YAVAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.995289 KDa
配列文字列:
MGKQCFVTGR KASTGNRRSH ALNSTKRRWN ANLQKVRILV DGKPKKVWVS ARALKSGKVT RV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL28

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.105266 KDa
配列文字列:
MKAKEIRDLT TSEIEEQIKS SKEELFNLRF QLATGQLEET ARIRTVRKTI ARLKTVARER EIEQSKANQ

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.565683 KDa
配列文字列:
MAKLQITLTR SVIGRPETQR KTVEALGLKK TNSSVVVEDN PAIRGQINKV KHLVTVEEK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL30

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.657803 KDa
配列文字列:
MAVPKRRTSK TRKNKRRTHF KISVPGMTEC PNCGREYKLS HRVCKNCGSY NGEEVAAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.454642 KDa
配列文字列:
MVKRTYQPNK RKHSKVHGFR KRMSTKNGRK VLARRRRKGR KVLSA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.722368 KDa
配列文字列:
MPKMKTHRGA AKRVKRTASG QLKRSRAFTS HLFANKSTKQ KRQLRKARLV SKSDMKRVKQ LLAYKK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL35

+
分子 #26: Ribosomal silencing factor RsfS

分子名称: Ribosomal silencing factor RsfS / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (strain NCTC 8325) (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325
分子量理論値: 13.497068 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MNSQELLAIA VDAIDNKKGE DTISLEMKGI SDMTDYFVVT HGNNERQVQA IARAVKEVAN EQNIEVKRME GYNEARWILI DLADVVVHV FHKDERNYYN IEKLYQDAPL ESYSQVAY

UniProtKB: Ribosomal silencing factor RsfS

+
分子 #27: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 56 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #28: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 3 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.7 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4SHepes
50.0 mMKClpotassium chloride
10.0 mMNH4Clammonium chloride
10.0 mMMg(CH3OO)2magnesium acetate
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 1856 / 平均露光時間: 43.0 sec. / 平均電子線量: 24.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 172729
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6177

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 83885
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5li0


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6sj6:
Cryo-EM structure of 50S-RsfS complex from Staphylococcus aureus

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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