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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10076 | |||||||||
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タイトル | Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin. | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.425 Å | |||||||||
データ登録者 | Halfon Y / Matozv D / Eyal Z / Bashan A / Zimmerman E / Kjeldgaard J / Ingmer H / Yonath A | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019 タイトル: Exit tunnel modulation as resistance mechanism of S. aureus erythromycin resistant mutant. 著者: Yehuda Halfon / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Jette Kjeldgaard / Hanne Ingmer / Ada Yonath / 要旨: The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit ...The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit tunnel. Additional effective resistance mechanisms include deletion or insertion mutations in ribosomal protein uL22, which lead to alterations of the exit tunnel shape, located 16 Å away from the drug's binding site. We determined the cryo-EM structures of the Staphylococcus aureus 70S ribosome, and its ery bound complex with a two amino acid deletion mutation in its ß hairpin loop, which grants the bacteria resistance to ery. The structures reveal that, although the binding of ery is stable, the movement of the flexible shorter uL22 loop towards the tunnel wall creates a wider path for nascent proteins, thus enabling bypass of the barrier formed by the drug. Moreover, upon drug binding, the tunnel widens further. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10076.map.gz | 31.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-10076-v30.xml emd-10076.xml | 58.6 KB 58.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_10076.png | 85.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10076 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10076_validation.pdf.gz | 240.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_10076_full_validation.pdf.gz | 239.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10076_validation.xml.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10076 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10076 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta ...
+超分子 #1: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta ...
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #31: 16S ribosomal RNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L13
+分子 #9: 50S ribosomal protein L14
+分子 #10: 50S ribosomal protein L15
+分子 #11: 50S ribosomal protein L16
+分子 #12: 50S ribosomal protein L17
+分子 #13: 50S ribosomal protein L18
+分子 #14: 50S ribosomal protein L19
+分子 #15: 50S ribosomal protein L20
+分子 #16: 50S ribosomal protein L21
+分子 #17: 50S ribosomal protein L22
+分子 #18: 50S ribosomal protein L23
+分子 #19: 50S ribosomal protein L24
+分子 #20: 50S ribosomal protein L25
+分子 #21: 50S ribosomal protein L27
+分子 #22: 50S ribosomal protein L28
+分子 #23: 50S ribosomal protein L29
+分子 #24: 50S ribosomal protein L30
+分子 #25: 50S ribosomal protein L31 type B
+分子 #26: 50S ribosomal protein L32
+分子 #27: 50S ribosomal protein L33
+分子 #28: 50S ribosomal protein L34
+分子 #29: 50S ribosomal protein L35
+分子 #30: 50S ribosomal protein L36
+分子 #32: 30S ribosomal protein S2
+分子 #33: 30S ribosomal protein S3
+分子 #34: 30S ribosomal protein S4
+分子 #35: 30S ribosomal protein S5
+分子 #36: 30S ribosomal protein S6
+分子 #37: 30S ribosomal protein S7
+分子 #38: 30S ribosomal protein S8
+分子 #39: 30S ribosomal protein S9
+分子 #40: 30S ribosomal protein S10
+分子 #41: 30S ribosomal protein S11
+分子 #42: 30S ribosomal protein S12
+分子 #43: 30S ribosomal protein S13
+分子 #44: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #45: 30S ribosomal protein S15
+分子 #46: 30S ribosomal protein S16
+分子 #47: 30S ribosomal protein S17
+分子 #48: 30S ribosomal protein S18
+分子 #49: 30S ribosomal protein S19
+分子 #50: 30S ribosomal protein S20
+分子 #51: 30S ribosomal protein S21
+分子 #52: Ribosome hibernation promoting factor
+分子 #53: ERYTHROMYCIN A
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 1.076 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.425 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 378309 |
初期 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |
最終 角度割当 | タイプ: RANDOM ASSIGNMENT |