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万見
- EMDB-0981: Structure of Mycobacterium smegmatis succinate dehydrogenase 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0981
タイトルStructure of Mycobacterium smegmatis succinate dehydrogenase 2
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2
    • タンパク質・ペプチド: x 5種
  • リガンド: x 10種
キーワードelectron transfer chain / trimer / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-CH group of donors / : / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / steroid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding ...steroid dehydrogenase activity, acting on the CH-CH group of donors / : / succinate dehydrogenase (quinone) activity / succinate dehydrogenase / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / steroid metabolic process / tricarboxylic acid cycle / electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / oxidoreductase activity / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase membrane subunit SdhC, prokaryotes / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site ...Succinate dehydrogenase membrane subunit SdhC, prokaryotes / 4Fe-4S dicluster domain / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / : / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase, flavoprotein subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, FAD-binding site / Fumarate reductase / succinate dehydrogenase FAD-binding site. / FAD-dependent oxidoreductase SdhA/FrdA/AprA / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase iron-sulphur protein / Succinate dehydogenase/fumarate reductase N-terminal / 2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal / Fumarate reductase flavoprotein C-term / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like, C-terminal domain superfamily / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / Alpha-helical ferredoxin / FAD binding domain / Beta-grasp domain superfamily / 2Fe-2S ferredoxin-like superfamily / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Succinate dehydrogenase iron-sulfur subunit / Succinate dehydrogenase flavoprotein subunit / Succinate dehydrogenase hydrophobic membrane anchor protein SdhD / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.84 Å
データ登録者Gao Y / Gong H
資金援助 中国, 3件
OrganizationGrant number国
Chinese Academy of SciencesXDB08020200 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81520108019, 813300237 中国
Chinese Academy of Sciences2017YFC0840300 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structure of trimeric Mycobacterium smegmatis succinate dehydrogenase with a membrane-anchor SdhF.
著者: Hongri Gong / Yan Gao / Xiaoting Zhou / Yu Xiao / Weiwei Wang / Yanting Tang / Shan Zhou / Yuying Zhang / Wenxin Ji / Lu Yu / Changlin Tian / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Luke W Guddat / ...著者: Hongri Gong / Yan Gao / Xiaoting Zhou / Yu Xiao / Weiwei Wang / Yanting Tang / Shan Zhou / Yuying Zhang / Wenxin Ji / Lu Yu / Changlin Tian / Sin Man Lam / Guanghou Shui / Luke W Guddat / Luet-Lok Wong / Quan Wang / Zihe Rao /
要旨: Diheme-containing succinate:menaquinone oxidoreductases (Sdh) are widespread in Gram-positive bacteria but little is known about the catalytic mechanisms they employ for succinate oxidation by ...Diheme-containing succinate:menaquinone oxidoreductases (Sdh) are widespread in Gram-positive bacteria but little is known about the catalytic mechanisms they employ for succinate oxidation by menaquinone. Here, we present the 2.8 Å cryo-electron microscopy structure of a Mycobacterium smegmatis Sdh, which forms a trimer. We identified the membrane-anchored SdhF as a subunit of the complex. The 3 kDa SdhF forms a single transmembrane helix and this helix plays a role in blocking the canonically proximal quinone-binding site. We also identified two distal quinone-binding sites with bound quinones. One distal binding site is formed by neighboring subunits of the complex. Our structure further reveals the electron/proton transfer pathway for succinate oxidation by menaquinone. Moreover, this study provides further structural insights into the physiological significance of a trimeric respiratory complex II. The structure of the menaquinone binding site could provide a framework for the development of Sdh-selective anti-mycobacterial drugs.
履歴
登録2020年1月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年5月27日-
マップ公開2020年5月27日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lum
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0981.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0981.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å		0.82 Å/pix.
x 384 pix.
= 314.88 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-1.8452778 - 2.7443264
平均 (標準偏差)0.0005290698 (±0.056020573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 314.88 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z384384384
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z314.880314.880314.880
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS384384384
D min/max/mean-1.8452.7440.001

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0981_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_0981_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_0981_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2

全体名称: Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2
要素
  • 複合体: Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit C
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit D
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit F
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit A
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase subunit B
  • リガンド: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: MENAQUINONE-9
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL
  • リガンド: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: FE3-S4 CLUSTER

+
超分子 #1: Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2

超分子名称: Mycobaterium smegmatis Succinate dehydrogenase 2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: mc2 51
分子量理論値: 400 KDa

+
分子 #1: Succinate dehydrogenase subunit C

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: MC2 51
分子量理論値: 15.644627 KDa
配列文字列:
MSTQTEVPAP QPKKTRRRTL YRGDPGMWSW VLHRITGATI FFFLFVHVLD TALVRVSPQA YNEVIETYKT PIVGLMEIGL VAAVLFHAL NGIRVILIDF WAKGPRYQRQ MLAVIAGLFL VIFIAAVGVI GMHMVERFL

+
分子 #2: Succinate dehydrogenase subunit D

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit D / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: MC2 51
分子量理論値: 19.2804 KDa
配列文字列:
MSAPGAGESR LGRPAPVMER EHDRPAALDH PRAPRKPRGI PYFEKYAWLF MRFSGIALVF LALGHLFIML MWQDGVYRID FNYVAERWA SPFWQIWDMA LLWLAMIHGA NGMRTIIGDY ARKNVTKFWL NSLLLLATGF TLVLGSYVLV TFDANISHHH H HHHHHH

+
分子 #3: Succinate dehydrogenase subunit F

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: MC2 51
分子量理論値: 3.707443 KDa
配列文字列:
MVLFFEILLV AAVLVITWFA VYALYRLVTD ES

+
分子 #4: Succinate dehydrogenase subunit A

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: MC2 51
分子量理論値: 64.476754 KDa
配列文字列: MIQEHRYDVV IVGAGGAGMR AAVEAGPRAR TAVLTKLYPT RSHTGAAQGG MCAALANVEE DNWEWHTFDT VKGGDYLADQ DAVEIMCKE AIDAVLDLEK MGMPFNRTPE GRIDQRRFGG HTRDHGKAPV RRACYAADRT GHMILQTLYQ NCVKHDVEFF N EFYALDIA ...文字列:
MIQEHRYDVV IVGAGGAGMR AAVEAGPRAR TAVLTKLYPT RSHTGAAQGG MCAALANVEE DNWEWHTFDT VKGGDYLADQ DAVEIMCKE AIDAVLDLEK MGMPFNRTPE GRIDQRRFGG HTRDHGKAPV RRACYAADRT GHMILQTLYQ NCVKHDVEFF N EFYALDIA LTETPAGPVA TGVIAYELAT GDIHVFHAKA IVFATGGSGR MYKTTSNAHT LTGDGLGIVF RKGLPLEDME FH QFHPTGL AGLGILISEA VRGEGGRLLN GEGERFMERY APTIVDLAPR DIVARSMVLE VLEGRGAGPN KDYVYIDVRH LGE DVLEAK LPDITEFART YLGVDPVKEL VPVYPTCHYV MGGIPTTVNG QVLRDNTNVI PGLYAAGECA CVSVHGANRL GTNS LLDIN VFGRRAGIAA AEYAQNHNFV DMPENPAEMV VGWVGDILSE HGNERVADIR GALQQSMDNN AAVFRTEETL KQALT DIHA LKERYSRITV HDKGKRYNSD LLEAIELGFL LELAEVTVVG ALNRKESRGG HAREDYPNRD DTNYMRHTMA YKQGTD LLS DIRLDYKPVV QTRYEPMERK Y

+
分子 #5: Succinate dehydrogenase subunit B

分子名称: Succinate dehydrogenase subunit B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycolicibacterium smegmatis MC2 51 (バクテリア)
株: MC2 51
分子量理論値: 29.24576 KDa
配列文字列: MSAPVIDKPE AGDPELPPVP EGAVMVTLKI ARFNPENPDA AGWQSFRVPC LPSDRLLNLL HYVKWYLDGT LTFRRSCAHG VCGSDAMRI NGVNRLACKV LMRDMLPKNP NKQLTITIEP IRGLPVEKDL VVNMEPFFDA YRAVKPFLVT SGNPPTKERI Q SPTDRARY ...文字列:
MSAPVIDKPE AGDPELPPVP EGAVMVTLKI ARFNPENPDA AGWQSFRVPC LPSDRLLNLL HYVKWYLDGT LTFRRSCAHG VCGSDAMRI NGVNRLACKV LMRDMLPKNP NKQLTITIEP IRGLPVEKDL VVNMEPFFDA YRAVKPFLVT SGNPPTKERI Q SPTDRARY DDTTKCILCA CCTTSCPVYW SEGSYFGPAA IVNAHRFIFD SRDEAAAERL DILNEVDGVW RCRTTFNCTE AC PRGIQVT QAIQEVKRAL MFAR

+
分子 #6: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY...

分子名称: (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE
タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: PEV
分子量理論値: 720.012 Da
Chemical component information

ChemComp-PEV:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE / POPE, リン脂質*YM

+
分子 #7: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 6 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #8: MENAQUINONE-9

分子名称: MENAQUINONE-9 / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 6 / 式: MQ9
分子量理論値: 785.233 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ9:
MENAQUINONE-9

+
分子 #9: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 3 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #10: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE

分子名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
タイプ: ligand / ID: 10 / コピー数: 3 / 式: LPP
分子量理論値: 648.891 Da
Chemical component information

ChemComp-LPP:
2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE / ジパルミトイルホスファチジン酸 / リン脂質*YM

+
分子 #11: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL / タイプ: ligand / ID: 11 / コピー数: 3 / 式: PIE
分子量理論値: 836.061 Da
Chemical component information

ChemComp-PIE:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOINOSITOL

+
分子 #12: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

分子名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 3 / 式: FAD
分子量理論値: 785.55 Da
Chemical component information

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

+
分子 #13: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 3 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #14: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 3 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

+
分子 #15: FE3-S4 CLUSTER

分子名称: FE3-S4 CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 3 / 式: F3S
分子量理論値: 295.795 Da
Chemical component information

ChemComp-F3S:
FE3-S4 CLUSTER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMMOPSDVLFYONBTKHTER-UHFFFAOYSA-N
0.1 %(v/w)digitonin

詳細: Solutions were made fresh
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK II
詳細This sample was mono disperse.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.84 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: cryoSPARC software was used for the reconstruction. / 使用した粒子像数: 461385
初期 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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