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万見
- EMDB-0935: Cryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0935
タイトルCryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast
マップデータ
試料
  • 複合体: TIM22 complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
キーワードmitochondrial import / Tim22 / protein translocation / membrane protein insertion / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Glycerophospholipid biosynthesis / Citric acid cycle (TCA cycle) / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transporter activity ...Glycerophospholipid biosynthesis / Citric acid cycle (TCA cycle) / mitochondrial intermembrane space protein transporter complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / TIM22 mitochondrial import inner membrane insertion complex / Mitochondrial protein import / mitochondrion targeting sequence binding / : / mitochondrial electron transport, succinate to ubiquinone / protein transporter activity / protein transmembrane transport / protein insertion into mitochondrial inner membrane / response to arsenic-containing substance / cellular respiration / response to osmotic stress / protein transmembrane transporter activity / quinone binding / tricarboxylic acid cycle / phospholipid binding / mitochondrial intermembrane space / unfolded protein binding / cellular response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / electron transfer activity / intracellular membrane-bounded organelle / apoptotic process / structural molecule activity / mitochondrion / membrane / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim54 / Inner membrane protein import complex subunit Tim54 / : / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site ...Mitochondrial import inner membrane translocase subunit Tim54 / Inner membrane protein import complex subunit Tim54 / : / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22 / Tim10-like / Tim10-like domain superfamily / Tim10/DDP family zinc finger / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b small subunit, CybS / CybS, succinate dehydrogenase cytochrome B small subunit / Succinate dehydrogenase, cytochrome b subunit, conserved site / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 1. / Succinate dehydrogenase cytochrome b subunit signature 2. / Succinate dehydrogenase, cytochrome b556 subunit / Succinate dehydrogenase/fumarate reductase type B, transmembrane subunit / Succinate dehydrogenase/Fumarate reductase transmembrane subunit / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase, transmembrane subunit / Tim17/Tim22/Tim23/Pmp24 family
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12 / Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18 / Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.83 Å
データ登録者Zhang Y / Zhou X
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2021
タイトル: Structure of the mitochondrial TIM22 complex from yeast.
著者: Yutong Zhang / Xiaomin Ou / Xuezheng Wang / Dongjie Sun / Xueyin Zhou / Xiaofei Wu / Qing Li / Long Li /
履歴
登録2020年1月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月30日-
マップ公開2020年9月30日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lo8
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0935.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0935.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.6 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.6 Å		1.06 Å/pix.
x 320 pix.
= 337.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.055 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.041294344 - 0.09148557
平均 (標準偏差)0.00018763824 (±0.0018313394)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 337.59998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0551.0551.055
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z337.600337.600337.600
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.0410.0910.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : TIM22 complex

全体名称: TIM22 complex
要素
  • 複合体: TIM22 complex
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54
    • タンパク質・ペプチド: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
    • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12
  • タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10

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超分子 #1: TIM22 complex

超分子名称: TIM22 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.75174 KDa
配列文字列: MVYTGFGLEQ ISPAQKKPYN ELTPEEQGER GAEMIMNFMT SCPGKSVVSG VTGFALGGVL GLFMASMAYD TPLHTPTPAN TAATATAGN IGVGGISRTV QQISDLPFRQ QMKLQFTDMG KKSYSSAKNF GYIGMIYAGV ECVIESLRAK NDIYNGVTAG F FTGAGLAY ...文字列:
MVYTGFGLEQ ISPAQKKPYN ELTPEEQGER GAEMIMNFMT SCPGKSVVSG VTGFALGGVL GLFMASMAYD TPLHTPTPAN TAATATAGN IGVGGISRTV QQISDLPFRQ QMKLQFTDMG KKSYSSAKNF GYIGMIYAGV ECVIESLRAK NDIYNGVTAG F FTGAGLAY KAGPQAALMG GAGFAAFSAA IDLYMKSEDG RPPQNDFK

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM22

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分子 #2: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 54.252637 KDa
配列文字列: MSSESGKPIA KPIRKPGYTN PALKALGIPA LRLPSRNWMI FWSVLTVSIG GIAYDKYKQR QILSHATDLV KPLAEESMEV DKVPRKITV FIAPPPNDYL ESSLKVWRRY VKPVLYYAGL DYELVQEDRQ GIIRTNVANR IRELRKEILA STDGQPVKEP N QTVAKPSG ...文字列:
MSSESGKPIA KPIRKPGYTN PALKALGIPA LRLPSRNWMI FWSVLTVSIG GIAYDKYKQR QILSHATDLV KPLAEESMEV DKVPRKITV FIAPPPNDYL ESSLKVWRRY VKPVLYYAGL DYELVQEDRQ GIIRTNVANR IRELRKEILA STDGQPVKEP N QTVAKPSG SSTSKISSLL PFNKIIQDPA EEDDSFDPEI GKKFKENFDW RNVIGIFYTM PKPKHIISED ALTKDPILSG GV ICLGRGA YKEYIAGIHE GLLGPIEKTE KTGSTEPKMT GVVEANQIES KVSESGATEL VDAEKETALE EAKVQDDLKV DEE NSSEDS QKFLKPFISS DQYPDLQIAS ELQTPNGEFI RNPNTNIPLL INQPLLVIPI PNLIGFTTIP RRIHRFYQKR FYVE DVCSS VVNCVRQTRI RPFDIAKDID LAKDEEKDWP QNWVKQGKEK NSEWTQELVC DPRITKHMFV YEKPPKEEPE SDI

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM54

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分子 #3: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitoch...

分子名称: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 22.094963 KDa
配列文字列: MSAMMVKLGL NKSALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRAKRPISPH LTIYQPQLT WYLSSLHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT ...文字列:
MSAMMVKLGL NKSALLLKPS AFSRAAALSS SRRLLFNTAR TNFLSTSPLK NVASEMNTKA AIAEEQILNK QRAKRPISPH LTIYQPQLT WYLSSLHRIS LVLMGLGFYL FTILFGVSGL LGLGLTTEKV SNWYHQKFSK ITEWSIKGSF AYLFAIHYGG A IRHLIWDT AKELTLKGVY RTGYALIGFT AVLGTYLLTL

UniProtKB: Succinate dehydrogenase [ubiquinone] cytochrome b subunit, mitochondrial

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分子 #4: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.994391 KDa
配列文字列: MLLFPGLKPV LNASTVIVNP VRAVFPGLVL STKRSFYSIN RLNAENKIND IANTSKEASS SVQMFKPPEF SQFKDSYQKD YERIAKYTL IPLTMVPFYA SFTGGVINPL LDASLSSIFL IYLQYGFTSC IIDYIPKEKY PRWHKLALYC LYGGSMLSLY G IYELETKN ...文字列:
MLLFPGLKPV LNASTVIVNP VRAVFPGLVL STKRSFYSIN RLNAENKIND IANTSKEASS SVQMFKPPEF SQFKDSYQKD YERIAKYTL IPLTMVPFYA SFTGGVINPL LDASLSSIFL IYLQYGFTSC IIDYIPKEKY PRWHKLALYC LYGGSMLSLY G IYELETKN NGFVDLVKKL WNENDDHLYI FGRN

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM18

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分子 #5: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.216649 KDa
配列文字列:
MDALNSKEQQ EFQKVVEQKQ MKDFMRLYSN LVERCFTDCV NDFTTSKLTN KEQTCIMKCS EKFLKHSERV GQRFQEQNAA LGQGLGR

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM9

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分子 #6: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 12.299962 KDa
配列文字列:
MSFFLNSLRG NQEVSQEKLD VAGVQFDAMC STFNNILSTC LEKCIPHEGF GEPDLTKGEQ CCIDRCVAKM HYSNRLIGGF VQTRGFGPE NQLRHYSRFV AKEIADDSKK

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM12

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分子 #7: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10

分子名称: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 10.313589 KDa
配列文字列:
MSFLGFGGGQ PQLSSQQKIQ AAEAELDLVT DMFNKLVNNC YKKCINTSYS EGELNKNESS CLDRCVAKYF ETNVQVGENM QKMGQSFNA AGKF

UniProtKB: Mitochondrial import inner membrane translocase subunit TIM10

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 297 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 57.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3663107
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 251984
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 8 / ソフトウェア - 名称: RELION

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-6lo8:
Cryo-EM structure of the TIM22 complex from yeast

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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