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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0904 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Heteromeric amino acid transporter b0,+AT-rBAT complex | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Cryo EM map of b0, AT-rBAT complex | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport ...basic amino acid transmembrane transporter activity / broad specificity neutral L-amino acid:basic L-amino acid antiporter activity / Defective SLC3A1 causes cystinuria (CSNU) / Defective SLC7A9 causes cystinuria (CSNU) / basic amino acid transport / L-cystine transmembrane transporter activity / L-cystine transport / amino acid transmembrane transport / L-glutamate transmembrane transport / aspartate transmembrane transport / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / antiporter activity / Basigin interactions / vacuolar membrane / amino acid transport / brush border membrane / peptide antigen binding / gene expression / protein-containing complex assembly / carbohydrate metabolic process / apical plasma membrane / protein heterodimerization activity / protein-containing complex binding / extracellular exosome / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Yan RH / Li YN / Lei JL / Zhou Q | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 7件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structure of the human heteromeric amino acid transporter bAT-rBAT. 著者: Renhong Yan / Yaning Li / Yi Shi / Jiayao Zhou / Jianlin Lei / Jing Huang / Qiang Zhou / 要旨: Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) ...Heteromeric amino acid transporters (HATs) catalyze the transmembrane movement of amino acids, comprising two subunits, a heavy chain and a light chain, linked by a disulfide bridge. The bAT (SLC7A9) is a representative light chain of HATs, forming heterodimer with rBAT, a heavy chain which mediates the membrane trafficking of bAT. The bAT-rBAT complex is an obligatory exchanger, which mediates the influx of cystine and cationic amino acids and the efflux of neutral amino acids in kidney and small intestine. Here, we report the cryo-EM structure of the human bAT-rBAT complex alone and in complex with arginine substrate at resolution of 2.7 and 2.3 Å, respectively. The overall structure of bAT-rBAT exists as a dimer of heterodimer consistent with the previous study. A ligand molecule is bound to the substrate binding pocket, near which an occluded pocket is identified, to which we found that it is important for substrate transport. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0904.map.gz | 116.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0904-v30.xml emd-0904.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0904.png | 44.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0904 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0904_validation.pdf.gz | 503.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0904_full_validation.pdf.gz | 502.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0904_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0904_validation.cif.gz | 7.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0904 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0904 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo EM map of b0, AT-rBAT complex | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : b0,+AT-rBAT complex
全体 | 名称: b0,+AT-rBAT complex |
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要素 |
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-超分子 #1: b0,+AT-rBAT complex
超分子 | 名称: b0,+AT-rBAT complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 120 KDa |
-分子 #1: Neutral and basic amino acid transport protein rBAT
分子 | 名称: Neutral and basic amino acid transport protein rBAT / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 80.691586 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHHH HHSGRAEDKS KRDSIEMSMK GCQTNNGFVH NEDILEQTPD PGSSTDNLKH STRGILGSQE PDFKGVQPYA GMPKEVLFQ FSGQARYRIP REILFWLTVA SVLVLIAATI AIIALSPKCL DWWQEGPMYQ IYPRSFKDSN KDGNGDLKGI Q DKLDYITA ...文字列: MAHHHHHHHH HHSGRAEDKS KRDSIEMSMK GCQTNNGFVH NEDILEQTPD PGSSTDNLKH STRGILGSQE PDFKGVQPYA GMPKEVLFQ FSGQARYRIP REILFWLTVA SVLVLIAATI AIIALSPKCL DWWQEGPMYQ IYPRSFKDSN KDGNGDLKGI Q DKLDYITA LNIKTVWITS FYKSSLKDFR YGVEDFREVD PIFGTMEDFE NLVAAIHDKG LKLIIDFIPN HTSDKHIWFQ LS RTRTGKY TDYYIWHDCT HENGKTIPPN NWLSVYGNSS WHFDEVRNQC YFHQFMKEQP DLNFRNPDVQ EEIKEILRFW LTK GVDGFS LDAVKFLLEA KHLRDEIQVN KTQIPDTVTQ YSELYHDFTT TQVGMHDIVR SFRQTMDQYS TEPGRYRFMG TEAY AESID RTVMYYGLPF IQEADFPFNN YLSMLDTVSG NSVYEVITSW MENMPEGKWP NWMIGGPDSS RLTSRLGNQY VNVMN MLLF TLPGTPITYY GEEIGMGNIV AANLNESYDI NTLRSKSPMQ WDNSSNAGFS EASNTWLPTN SDYHTVNVDV QKTQPR SAL KLYQDLSLLH ANELLLNRGW FCHLRNDSHY VVYTRELDGI DRIFIVVLNF GESTLLNLHN MISGLPAKMR IRLSTNS AD KGSKVDTSGI FLDKGEGLIF EHNTKNLLHR QTAFRDRCFV SNRACYSSVL NILYTSC |
-分子 #2: b(0,+)-type amino acid transporter 1
分子 | 名称: b(0,+)-type amino acid transporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 55.656105 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RGDTGLRKRR EDEKSIQSQE PKTTSLQKEL GLISGISIIV GTIIGSGIFV SPKSVLSNTE AVGPCLIIW AACGVLATLG ALCFAELGTM ITKSGGEYPY LMEAYGPIPA YLFSWASLIV IKPTSFAIIC LSFSEYVCAP F YVGCKPPQ ...文字列: MADYKDDDDK SGPDEVDASG RGDTGLRKRR EDEKSIQSQE PKTTSLQKEL GLISGISIIV GTIIGSGIFV SPKSVLSNTE AVGPCLIIW AACGVLATLG ALCFAELGTM ITKSGGEYPY LMEAYGPIPA YLFSWASLIV IKPTSFAIIC LSFSEYVCAP F YVGCKPPQ IVVKCLAAAA ILFISTVNSL SVRLGSYVQN IFTAAKLVIV AIIIISGLVL LAQGNTKNFD NSFEGAQLSV GA ISLAFYN GLWAYDGWNQ LNYITEELRN PYRNLPLAII IGIPLVTACY ILMNVSYFTV MTATELLQSQ AVAVTFGDRV LYP ASWIVP LFVAFSTIGA ANGTCFTAGR LIYVAGREGH MLKVLSYISV RRLTPAPAII FYGIIATIYI IPGDINSLVN YFSF AAWLF YGLTILGLIV MRFTRKELER PIKVPVVIPV LMTLISVFLV LAPIISKPTW EYLYCVLFIL SGLLFYFLFV HYKFG WAQK ISKPITMHLQ MLMEVVPPEE DPE |
-分子 #4: CALCIUM ION
分子 | 名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: CA |
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分子量 | 理論値: 40.078 Da |
-分子 #5: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
分子 | 名称: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: 3PH |
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分子量 | 理論値: 704.998 Da |
Chemical component information | ChemComp-3PH: |
-分子 #6: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 246 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: NITROGEN |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 127377 |
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初期 角度割当 | タイプ: OTHER |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |