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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0680 | |||||||||
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タイトル | Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | resistosome / PLANT PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase ...positive regulation of defense response to bacterium / Tat protein binding / response to temperature stimulus / regulation of immune response / ADP binding / defense response / kinase activity / defense response to Gram-negative bacterium / cell surface receptor signaling pathway / non-specific serine/threonine protein kinase / defense response to bacterium / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Arabidopsis (植物) / Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang JZ / Wang J | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Science / 年: 2019 タイトル: Reconstitution and structure of a plant NLR resistosome conferring immunity. 著者: Jizong Wang / Meijuan Hu / Jia Wang / Jinfeng Qi / Zhifu Han / Guoxun Wang / Yijun Qi / Hong-Wei Wang / Jian-Min Zhou / Jijie Chai / 要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. Biochemical mechanisms underlying plant NLR activation have until now remained poorly understood. We reconstituted an active complex containing the coiled-coil NLR ZAR1, the pseudokinase RKS1, uridylated protein kinase PBL2, and 2'-deoxyadenosine 5'-triphosphate (dATP), demonstrating the oligomerization of the complex during immune activation. The cryo-electron microscopy structure reveals a wheel-like pentameric ZAR1 resistosome. Besides the nucleotide-binding domain, the coiled-coil domain of ZAR1 also contributes to resistosome pentamerization by forming an α-helical barrel that interacts with the leucine-rich repeat and winged-helix domains. Structural remodeling and fold switching during activation release the very N-terminal amphipathic α helix of ZAR1 to form a funnel-shaped structure that is required for the plasma membrane association, cell death triggering, and disease resistance, offering clues to the biochemical function of a plant resistosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0680.map.gz | 15.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0680-v30.xml emd-0680.xml | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0680.png | 88.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0680.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_0680_additional.map.gz | 12.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0680 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0680_validation.pdf.gz | 388.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0680_full_validation.pdf.gz | 387.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0680_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0680_validation.cif.gz | 7.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0680 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0680 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.091 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_0680_additional.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : resistosome
全体 | 名称: resistosome |
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要素 |
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-超分子 #1: resistosome
超分子 | 名称: resistosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis (植物) |
分子量 | 理論値: 130 KDa |
-分子 #1: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2
分子 | 名称: Probable serine/threonine-protein kinase PBL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 46.35643 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV ...文字列: MGNCLDSSAK VDNSNHSPHA NSASSGSKVS SKTSRSTGPS GLSTTSYSTD SSFGPLPTLR TEGEILSSPN LKAFTFNELK NATKNFRQD NLLGEGGFGC VFKGWIDQTS LTASRPGSGI VVAVKQLKPE GFQGHKEWLT EVNYLGQLSH PNLVLLVGYC A EGENRLLV YEFMPKGSLE NHLFRRGAQP LTWAIRMKVA VGAAKGLTFL HEAKSQVIYR DFKAANILLD ADFNAKLSDF GL AKAGPTG DNTHVSTKVI GTHGYAAPEY VATGRLTAKS DVYSFGVVLL ELISGRRAMD NSNGGNEYSL VDWATPYLGD KRK LFRIMD TKLGGQYPQK GAFTAANLAL QCLNPDAKLR PKMSEVLVTL EQLESVAKPG TKHTQMESPR FHHSSVMQKS PVRY SHDRP LLHMTPGASP LPSYTQSPRV R |
-分子 #2: Protein kinase superfamily protein
分子 | 名称: Protein kinase superfamily protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 40.142375 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI ...文字列: MKKQYLKSGS GTRKEKDKAK RWFLDNGSIF LRELVADCNG KSIPIRSFSP EQILKATNNF DSSCFVSQDV YYKWYRGEIE DRSYMIKRF SEDEITGKRH RVKEVYNDIV LSARMSNHSN FLQLLGCCLE FPFPVLVFEF AEHGAMNQRG GVIVNGEESL L PWSVRLKI GKEIANAVTY LHTAFPKIII HRDVKPMHVF LDKNWTAKLS DLSFSISLPE GKSRIEAEWV LGTFGYIDPL YH KTCFVTE YTDVYSFGIC LLVIITGKPA IMTISDGDLQ GILSLVRELC ENGKLDEVID PRLMKDITSG QRLQVEACVV LAL RCCKER DEDRPKMIQV AKELKQIEAS LKNSS UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase ZRK1 |
-分子 #3: Disease resistance RPP13-like protein 4
分子 | 名称: Disease resistance RPP13-like protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) |
分子量 | 理論値: 97.163977 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) |
配列 | 文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR ...文字列: MVDAVVTVFL EKTLNILEEK GRTVSDYRKQ LEDLQSELKY MQSFLKDAER QKRTNETLRT LVADLRELVY EAEDILVDCQ LADGDDGNE QRSSNAWLSR LHPARVPLQY KKSKRLQEIN ERITKIKSQV EPYFEFITPS NVGRDNGTDR WSSPVYDHTQ V VGLEGDKR KIKEWLFRSN DSQLLIMAFV GMGGLGKTTI AQEVFNDKEI EHRFERRIWV SVSQTFTEEQ IMRSILRNLG DA SVGDDIG TLLRKIQQYL LGKRYLIVMD DVWDKNLSWW DKIYQGLPRG QGGSVIVTTR SESVAKRVQA RDDKTHRPEL LSP DNSWLL FCNVAFAAND GTCERPELED VGKEIVTKCK GLPLTIKAVG GLLLCKDHVY HEWRRIAEHF QDELRGNTSE TDNV MSSLQ LSYDELPSHL KSCILTLSLY PEDCVIPKQQ LVHGWIGEGF VMWRNGRSAT ESGEDCFSGL TNRCLIEVVD KTYSG TIIT CKIHDMVRDL VIDIAKKDSF SNPEGLNCRH LGISGNFDEK QIKVNHKLRG VVSTTKTGEV NKLNSDLAKK FTDCKY LRV LDISKSIFDA PLSEILDEIA SLQHLACLSL SNTHPLIQFP RSMEDLHNLQ ILDASYCQNL KQLQPCIVLF KKLLVLD MT NCGSLECFPK GIGSLVKLEV LLGFKPARSN NGCKLSEVKN LTNLRKLGLS LTRGDQIEEE ELDSLINLSK LMSISINC Y DSYGDDLITK IDALTPPHQL HELSLQFYPG KSSPSWLSPH KLPMLRYMSI CSGNLVKMQE PFWGNENTHW RIEGLMLSS LSDLDMDWEV LQQSMPYLRT VTANWCPELE SFAIEDVGFR GGVWMKTPLH RT UniProtKB: Disease resistance RPP13-like protein 4 |
-分子 #4: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 10 / 式: U5P |
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分子量 | 理論値: 324.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-U: |
-分子 #5: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: DTP |
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分子量 | 理論値: 491.182 Da |
Chemical component information | ChemComp-DTP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.01 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 0.9 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |