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- EMDB-0336: Cryo-EM structure of the yeast Sec complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0336
タイトルCryo-EM structure of the yeast Sec complex
マップデータSharpened full map
試料
  • 複合体: Posttranslational Sec protein-translocation channel complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72
キーワードSec61 / Sec63 / Sec71 / Sec72 / Sec66 / protein translocation / translocon / endoplasmic reticulum / secretion / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane ...misfolded protein transport / Sec62/Sec63 complex / translocon complex / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / cytosol to endoplasmic reticulum transport / rough endoplasmic reticulum membrane / Ssh1 translocon complex / Sec61 translocon complex / protein-transporting ATPase activity / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / filamentous growth / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / signal sequence binding / post-translational protein targeting to membrane, translocation / peptide transmembrane transporter activity / nuclear inner membrane / retrograde protein transport, ER to cytosol / protein transmembrane transporter activity / ERAD pathway / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cell periphery / ribosome binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. ...Translocation protein Sec66 / Preprotein translocase subunit Sec66 / Protein transport Sec61-beta/Sbh / Protein transport protein SecG/Sec61-beta/Sbh / Sec61beta family / Protein translocase SEC61 complex, gamma subunit / Protein translocase SecE domain superfamily / Translocon Sec61/SecY, plug domain / Plug domain of Sec61p / Nt-dnaJ domain signature. / DnaJ domain, conserved site / Protein secE/sec61-gamma signature. / Protein secY signature 1. / Protein secY signature 2. / SecE/Sec61-gamma subunits of protein translocation complex / Protein translocase complex, SecE/Sec61-gamma subunit / SecY/SEC61-alpha family / SecY domain superfamily / SecY conserved site / SecY / DnaJ domain / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / DnaJ molecular chaperone homology domain / dnaJ domain profile. / Chaperone J-domain superfamily / DnaJ domain / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Immunoglobulin E-set
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein translocation protein SEC63 / Protein transport protein SEC61 / Translocation protein SEC66 / Protein transport protein SSS1 / Translocation protein SEC72 / Protein transport protein SBH1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.68 Å
データ登録者Park E / Itskanov S
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Structure of the posttranslational Sec protein-translocation channel complex from yeast.
著者: Samuel Itskanov / Eunyong Park /
要旨: The Sec61 protein-conducting channel mediates transport of many proteins, such as secretory proteins, across the endoplasmic reticulum (ER) membrane during or after translation. Posttranslational ...The Sec61 protein-conducting channel mediates transport of many proteins, such as secretory proteins, across the endoplasmic reticulum (ER) membrane during or after translation. Posttranslational transport is enabled by two additional membrane proteins associated with the channel, Sec63 and Sec62, but its mechanism is poorly understood. We determined a structure of the Sec complex (Sec61-Sec63-Sec71-Sec72) from by cryo-electron microscopy (cryo-EM). The structure shows that Sec63 tightly associates with Sec61 through interactions in cytosolic, transmembrane, and ER-luminal domains, prying open Sec61's lateral gate and translocation pore and thus activating the channel for substrate engagement. Furthermore, Sec63 optimally positions binding sites for cytosolic and luminal chaperones in the complex to enable efficient polypeptide translocation. Our study provides mechanistic insights into eukaryotic posttranslational protein translocation.
履歴
登録2018年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年12月12日-
マップ公開2018年12月19日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6n3q
  • 表面レベル: 0.42
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0336.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened full map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å		1.16 Å/pix.
x 256 pix.
= 296.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.16 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.42 / ムービー #1: 0.42
最小 - 最大-1.1991107 - 3.022722
平均 (標準偏差)0.009868922 (±0.06600453)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 296.96 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.161.161.16
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z296.960296.960296.960
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-1.1993.0230.010

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添付データ

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追加マップ: Unfiltered full map

ファイルemd_0336_additional.map
注釈Unfiltered full map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Posttranslational Sec protein-translocation channel complex

全体名称: Posttranslational Sec protein-translocation channel complex
要素
  • 複合体: Posttranslational Sec protein-translocation channel complex
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SEC61
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SSS1
    • タンパク質・ペプチド: Protein transport protein SBH1
    • タンパク質・ペプチド: Protein translocation protein SEC63
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC66
    • タンパク質・ペプチド: Translocation protein SEC72

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超分子 #1: Posttranslational Sec protein-translocation channel complex

超分子名称: Posttranslational Sec protein-translocation channel complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

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分子 #1: Protein transport protein SEC61

分子名称: Protein transport protein SEC61 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.978148 KDa
配列文字列: MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ...文字列:
MSSNRVLDLF KPFESFLPEV IAPERKVPYN QKLIWTGVSL LIFLILGQIP LYGIVSSETS DPLYWLRAML ASNRGTLLEL GVSPIITSS MIFQFLQGTQ LLQIRPESKQ DRELFQIAQK VCAIILILGQ ALVVVMTGNY GAPSDLGLPI CLLLIFQLMF A SLIVMLLD ELLSKGYGLG SGISLFTATN IAEQIFWRAF APTTVNSGRG KEFEGAVIAF FHLLAVRKDK KRALVEAFYR TN LPNMFQV LMTVAIFLFV LYLQGFRYEL PIRSTKVRGQ IGIYPIKLFY TSNTPIMLQS ALTSNIFLIS QILFQKYPTN PLI RLIGVW GIRPGTQGPQ MALSGLAYYI QPLMSLSEAL LDPIKTIVYI TFVLGSCAVF SKTWIEISGT SPRDIAKQFK DQGM VINGK RETSIYRELK KIIPTAAAFG GATIGALSVG SDLLGTLGSG ASILMATTTI YGYYEAAAKE GGFTKNLVPG FSDLM

UniProtKB: Protein transport protein SEC61

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分子 #2: Protein transport protein SSS1

分子名称: Protein transport protein SSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.958641 KDa
配列文字列:
MARASEKGEE KKQSNNQVEK LVEAPVEFVR EGTQFLAKCK KPDLKEYTKI VKAVGIGFIA VGIIGYAIKL IHIPIRYVIV

UniProtKB: Protein transport protein SSS1

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分子 #3: Protein transport protein SBH1

分子名称: Protein transport protein SBH1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.723155 KDa
配列文字列:
MSSPTPPGGQ RTLQKRKQGS SQKVAASAPK KNTNSNNSIL KIYSDEATGL RVDPLVVLFL AVGFIFSVVA LHVISKVAGK LF

UniProtKB: Protein transport protein SBH1

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分子 #4: Protein translocation protein SEC63

分子名称: Protein translocation protein SEC63 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 75.432258 KDa
配列文字列: MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV ...文字列:
MPTNYEYDEA SETWPSFILT GLLMVVGPMT LLQIYQIFFG ANAEDGNSGK SKEFNEEVFK NLNEEYTSDE IKQFRRKFDK NSNKKSKIW SRRNIIIIVG WILVAILLQR INSNDAIKDA ATKLFDPYEI LGISTSASDR DIKSAYRKLS VKFHPDKLAK G LTPDEKSV MEETYVQITK AYESLTDELV RQNYLKYGHP DGPQSTSHGI ALPRFLVDGS ASPLLVVCYV ALLGLILPYF VS RWWARTQ SYTKKGIHNV TASNFVSNLV NYKPSEIVTT DLILHWLSFA HEFKQFFPDL QPTDFEKLLQ DHINRRDSGK LNN AKFRIV AKCHSLLHGL LDIACGFRNL DIALGAINTF KCIVQAVPLT PNCQILQLPN VDKEHFITKT GDIHTLGKLF TLED AKIGE VLGIKDQAKL NETLRVASHI PNLKIIKADF LVPGENQVTP SSTPYISLKV LVRSAKQPLI PTSLIPEENL TEPQD FESQ RDPFAMMSKQ PLVPYSFAPF FPTKRRGSWC CLVSSQKDGK ILQTPIIIEK LSYKNLNDDK DFFDKRIKMD LTKHEK FDI NDWEIGTIKI PLGQPAPETV GDFFFRVIVK STDYFTTDLD ITMNMKVRDS PAVEQVEVYS EEDDEYSTDD DETESDD ES DASDYTDIDT DTEAEDDESP E

UniProtKB: Protein translocation protein SEC63

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分子 #5: Translocation protein SEC66

分子名称: Translocation protein SEC66 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 24.263939 KDa
配列文字列: MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK ...文字列:
MSEFNETKFS NNGTFFETEE PIVETKSISV YTPLIYVFIL VVSLVMFASS YRKKQAKKIS EQPSIFDEND AHDLYFQIKE MSENEKIHE KVLKAALLNR GAESVRRSLK LKELAPQINL LYKNGSIGED YWKRFETEVK LIELEFKDTL QEAERLQPGW V QLFVMVCK EICFNQALSR RYQSILKRKE VCIKEWELKI NNDGRLVN

UniProtKB: Translocation protein SEC66

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分子 #6: Translocation protein SEC72

分子名称: Translocation protein SEC72 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 21.63109 KDa
配列文字列: MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA ...文字列:
MVTLEYNANS KLITASDAVV ALSTETNIDQ INVLTTSLIG ETNPNFTPQP NEALSKMIKG LFESGMKNLQ QKKLNEALKN VSLAIEMAQ RKRAPWEAFA IQLPELHFML RSKIDLCLIL GKHLEALQDL DFLLGTGLIQ PDVFVRKADC LLKLRQWEEA R ATCERGLA LAPEDMKLRA LLIETARNLA EYNGE

UniProtKB: Translocation protein SEC72

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 20 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 43103
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 358961
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction by cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.68 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.27) / 使用した粒子像数: 172531
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.27)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.27)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.0.27)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5l0w


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6n3q:
Cryo-EM structure of the yeast Sec complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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