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- EMDB-0270: Stringent response control by a bifunctional RelA enzyme in the p... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0270
タイトルStringent response control by a bifunctional RelA enzyme in the presence and absence of the ribosome
マップデータ
試料
  • 複合体: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
    • RNA: x 6種
    • タンパク質・ペプチド: x 47種
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / response to starvation / rRNA processing / large ribosomal subunit / kinase activity ...GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / response to starvation / rRNA processing / large ribosomal subunit / kinase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / phosphorylation / response to antibiotic / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain ...RelA/SpoT, AH and RIS domains / RelA/SpoT, AH and RIS domains / HD domain / RelA/SpoT family / RelA/SpoT, TGS domain / ACT domain / Region found in RelA / SpoT proteins / RelA/SpoT / Region found in RelA / SpoT proteins / TGS domain / ACT domain profile. / ACT domain / ACT-like domain / HD domain profile. / TGS domain profile. / TGS / TGS-like / HD domain / Ribosomal protein S14, type Z / Beta-grasp domain superfamily / Metal dependent phosphohydrolases with conserved 'HD' motif. / HD/PDEase domain / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Nucleotidyltransferase superfamily / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / L28p-like / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / GTP pyrophosphokinase / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 ...Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL32 / GTP pyrophosphokinase / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS14B / Small ribosomal subunit protein uS8 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL33A / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein bL31
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å
データ登録者Wilson DN / Abdelshahid M
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for Regulation of the Opposing (p)ppGpp Synthetase and Hydrolase within the Stringent Response Orchestrator Rel.
著者: Patrick Pausch / Maha Abdelshahid / Wieland Steinchen / Heinrich Schäfer / Fabio Lino Gratani / Sven-Andreas Freibert / Christiane Wolz / Kürşad Turgay / Daniel N Wilson / Gert Bange /
要旨: The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain ...The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain (NTD) harboring the second messenger nucleotide (p)ppGpp hydrolase and synthetase activity and a stress-perceiving and regulatory C-terminal domain (CTD). CTD-mediated binding of Rel to stalled ribosomes boosts (p)ppGpp synthesis. However, how the opposing activities of the NTD are controlled in the absence of stress was poorly understood. Here, we demonstrate on the RSH-type protein Rel that the critical regulative elements reside within the TGS (ThrRS, GTPase, and SpoT) subdomain of the CTD, which associates to and represses the synthetase to concomitantly allow for activation of the hydrolase. Furthermore, we show that Rel forms homodimers, which appear to control the interaction with deacylated-tRNA, but not the enzymatic activity of Rel. Collectively, our study provides a detailed molecular view into the mechanism of stringent response repression in the absence of stress.
履歴
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月22日-
登録2018年10月4日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2020年9月30日-
現状2020年9月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0270.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.084 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0471 / ムービー #1: 0.0471
最小 - 最大-0.3112882 - 0.46533
平均 (標準偏差)0.0002610036 (±0.01799019)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 390.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0841.0841.084
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z390.240390.240390.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.3110.4650.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

全体名称: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
要素
  • 複合体: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33 1
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31
    • RNA: 16S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • RNA: P-tRNA
    • タンパク質・ペプチド: GTP pyrophosphokinase
    • RNA: A/R-tRNA
    • RNA: E-tRNA

+
超分子 #1: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168

超分子名称: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#53
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

+
分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 948.665688 KDa
配列文字列: GUUAAGUUAG AAAGGGCGCA CGGUGGAUGC CUUGGCACUA GGAGCCGAUG AAGGACGGGA CGAACACCGA UAUGCUUCGG GGAGCUGUA AGCAAGCUUU GAUCCGGAGA UUUCCGAAUG GGGAAACCCA CCACUCGUAA UGGAGUGGUA UCCAUAUCUG A AUUCAUAG ...文字列:
GUUAAGUUAG AAAGGGCGCA CGGUGGAUGC CUUGGCACUA GGAGCCGAUG AAGGACGGGA CGAACACCGA UAUGCUUCGG GGAGCUGUA AGCAAGCUUU GAUCCGGAGA UUUCCGAAUG GGGAAACCCA CCACUCGUAA UGGAGUGGUA UCCAUAUCUG A AUUCAUAG GAUAUGAGAA GGCAGACCCG GGGAACUGAA ACAUCUAAGU ACCCGGAGGA AGAGAAAGCA AAUGCGAUUC CC UGAGUAG CGGCGAGCGA AACGGGAUCA GCCCAAACCA AGAGGCUUGC CUCUUGGGGU UGUAGGACAC UCUGUACGGA GUU ACAAAG GAACGAGGUA GAUGAAGAGG UCUGGAAAGG CCCGCCAUAG GAGGUAACAG CCCUGUAGUC AAAACUUCGU UCUC UCCUG AGUGGAUCCU GAGUACGGCG GAACACGUGA AAUUCCGUCG GAAUCCGGGA GGACCAUCUC CCAAGGCUAA AUACU CCCU AGUGACCGAU AGUGAACCAG UACCGUGAGG GAAAGGUGAA AAGCACCCCG GAAGGGGAGU GAAAGAGAUC CUGAAA CCG UGUGCCUACA AGUAGUCAGA GCCCGUUAAC GGGUGAUGGC GUGCCUUUUG UAGAAUGAAC CGGCGAGUUA CGAUCUC GU GCAAGGUUAA GCAGAAGAUG CGGAGCCGCA GCGAAAGCGA GUCUGAAUAG GGCGCAUGAG UACGUGGUCG UAGACCCG A AACCAGGUGA UCUACCCAUG UCCAGGGUGA AGUUCAGGUA ACACUGAAUG GAGGCCCGAA CCCACGCACG UUGAAAAGU GCGGGGAUGA GGUGUGGGUA GGGGUGAAAU GCCAAUCGAA CCUGGAGAUA GCUGGUUCUC UCCGAAAUAG CUUUAGGGCU AGCCUCAAG GUAAGAGUCU UGGAGGUAGA GCACUGAUUG GACUAGGGGC CCCUACCGGG UUACCGAAUU CAGUCAAACU C CGAAUGCC AAUGACUUAU CCUUGGGAGU CAGACUGCGA GUGAUAAGAU CCGUAGUCGA AAGGGAAACA GCCCAGACCG CC AGCUAAG GUCCCAAAGU AUACGUUAAG UGGAAAAGGA UGUGGAGUUG CUUAGACAAC CAGGAUGUUG GCUUAGAAGC AGC CACCAU UUAAAGAGUG CGUAAUAGCU CACUGGUCGA GUGACUCUGC GCCGAAAAUG UACCGGGGCU AAACGUAUCA CCGA AGCUG CGGACUGUUC UUCGAACAGU GGUAGGAGAG CGUUCUAAGG GCUGUGAAGC CAGACCGGAA GGACUGGUGG AGCGC UUAG AAGUGAGAAU GCCGGUAUGA GUAGCGAAAG AGGGGUGAGA AUCCCCUCCA CCGAAUGCCU AAGGUUUCCU GAGGAA GGC UCGUCCGCUC AGGGUUAGUC GGGACCUAAG CCGAGGCCGA AAGGCGUAGG CGAUGGACAA CAGGUUGAUA UUCCUGU AC CACCUCCUCA CCAUUUGAGC AAUGGGGGGA CGCAGGAGGA UAGGGUAAGC GCGGUAUUGG AUAUCCGCGU CCAAGCAG U UAGGCUGGGA AAUAGGCAAA UCCGUUUCCC AUAAGGCUGA GCUGUGAUGG CGAGCGAAAU AUAGUAGCGA AGUUCCUGA UUCCACACUG CCAAGAAAAG CCUCUAGCGA GGUGAGAGGU GCCCGUACCG CAAACCGACA CAGGUAGGCG AGGAGAGAAU CCUAAGGUG AUCGAGAGAA CUCUCGUUAA GGAACUCGGC AAAAUGACCC CGUAACUUCG GGAGAAGGGG UGCUCUGUUA G GGUGCAAG CCCGAGAGAG CCGCAGUGAA UAGGCCCAGG CGACUGUUUA GCAAAAACAC AGGUCUCUGC GAAGCCGUAA GG CGAAGUA UAGGGGCUGA CGCCUGCCCG GUGCUGGAAG GUUAAGAGGA GCGCUUAGCG UAAGCGAAGG UGCGAAUUGA AGC CCCAGU AAACGGCGGC CGUAACUAUA ACGGUCCUAA GGUAGCGAAA UUCCUUGUCG GGUAAGUUCC GACCCGCACG AAAG GCGCA ACGAUCUGGG CACUGUCUCA ACGAGAGACU CGGUGAAAUU AUAGUACCUG UGAAGAUGCA GGUUACCCGC GACAG GACG GAAAGACCCC GUGGAGCUUU ACUGCAGCCU GAUAUUGAAU GUUGGUACAG CUUGUACAGG AUAGGUAGGA GCCUUG GAA ACCGGAGCGC CAGCUUCGGU GGAGGCAUCG GUGGGAUACU ACCCUGGCUG UAUUGACCUU CUAACCCGCC GCCCUUA UC GGGCGGGGAG ACAGUGUCAG GUGGGCAGUU UGACUGGGGC GGUCGCCUCC UAAAAGGUAA CGGAGGCGCC CAAAGGUU C CCUCAGAAUG GUUGGAAAUC AUUCGCAGAG UGUAAAGGCA CAAGGGAGCU UGACUGCGAG ACCUACAAGU CGAGCAGGG ACGAAAGUCG GGCUUAGUGA UCCGGUGGUU CCGCAUGGAA GGGCCAUCGC UCAACGGAUA AAAGCUACCC CGGGGAUAAC AGGCUUAUC UCCCCCAAGA GUCCACAUCG ACGGGGAGGU UUGGCACCUC GAUGUCGGCU CAUCGCAUCC UGGGGCUGUA G UCGGUCCC AAGGGUUGGG CUGUUCGCCC AUUAAAGCGG UACGCGAGCU GGGUUCAGAA CGUCGUGAGA CAGUUCGGUC CC UAUCCGU CGCGGGCGCA GGAAAUUUGA GAGGAGCUGU CCUUAGUACG AGAGGACCGG GAUGGACGCA CCGCUGGUGU ACC AGUUGU UCUGCCAAGG GCAUCGCUGG GUAGCUAUGU GCGGACGGGA UAAGUGCUGA AAGCAUCUAA GCAUGAAGCC CCCC UCAAG AUGAGAUUUC CCAUUCCGCA AGGAAGUAAG AUCCCUGAAA GAUGAUCAGG UUGAUAGGUC UGAGGUGGAA GUGUG GCGA CACAUGGAGC UGACAGAUAC UAAUCGAUCG AGGACUUAAC C

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 36.15752 KDa
配列文字列:
UGGUGGCGAU AGCGAAGAGG UCACACCCGU UCCCAUACCG AACACGGAAG UUAAGCUCUU CAGCGCCGAU GGUAGUCGGG GGUUUCCCC CUGUGAGAGU AGGACGCCGC CAA

+
分子 #30: 16S rRNA

分子名称: 16S rRNA / タイプ: rna / ID: 30 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 496.854188 KDa
配列文字列: GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC ...文字列:
GGAGAGUUUG AUCCUGGCUC AGGACGAACG CUGGCGGCGU GCCUAAUACA UGCAAGUCGA GCGGACAGAU GGGAGCUUGC UCCCUGAUG UUAGCGGCGG ACGGGUGAGU AACACGUGGG UAACCUGCCU GUAAGACUGG GAUAACUCCG GGAAACCGGG G CUAAUACC GGAUGGUUGU UUGAACCGCA UGGUUCAAAC AUAAAAGGUG GCUUCGGCUA CCACUUACAG AUGGACCCGC GG CGCAUUA GCUAGUUGGU GAGGUAACGG CUCACCAAGG CGACGAUGCG UAGCCGACCU GAGAGGGUGA UCGGCCACAC UGG GACUGA GACACGGCCC AGACUCCUAC GGGAGGCAGC AGUAGGGAAU CUUCCGCAAU GGACGAAAGU CUGACGGAGC AACG CCGCG UGAGUGAUGA AGGUUUUCGG AUCGUAAAGC UCUGUUGUUA GGGAAGAACA AGUGCCGUUC GAAUAGGGCG GUACC UUGA CGGUACCUAA CCAGAAAGCC ACGGCUAACU ACGUGCCAGC AGCCGCGGUA AUACGUAGGU GGCAAGCGUU GUCCGG AAU UAUUGGGCGU AAAGGGCUCG CAGGCGGUUU CUUAAGUCUG AUGUGAAAGC CCCCGGCUCA ACCGGGGAGG GUCAUUG GA AACUGGGGAA CUUGAGUGCA GAAGAGGAGA GUGGAAUUCC ACGUGUAGCG GUGAAAUGCG UAGAGAUGUG GAGGAACA C CAGUGGCGAA GGCGACUCUC UGGUCUGUAA CUGACGCUGA GGAGCGAAAG CGUGGGGAGC GAACAGGAUU AGAUACCCU GGUAGUCCAC GCCGUAAACG AUGAGUGCUA AGUGUUAGGG GGUUUCCGCC CCUUAGUGCU GCAGCUAACG CAUUAAGCAC UCCGCCUGG GGAGUACGGU CGCAAGACUG AAACUCAAAG GAAUUGACGG GGGCCCGCAC AAGCGGUGGA GCAUGUGGUU U AAUUCGAA GCAACGCGAA GAACCUUACC AGGUCUUGAC AUCCUCUGAC AAUCCUAGAG AUAGGACGUC CCCUUCGGGG GC AGAGUGA CAGGUGGUGC AUGGUUGUCG UCAGCUCGUG UCGUGAGAUG UUGGGUUAAG UCCCGCAACG AGCGCAACCC UUG AUCUUA GUUGCCAGCA UUCAGUUGGG CACUCUAAGG UGACUGCCGG UGACAAACCG GAGGAAGGUG GGGAUGACGU CAAA UCAUC AUGCCCCUUA UGACCUGGGC UACACACGUG CUACAAUGGA CAGAACAAAG GGCAGCGAAA CCGCGAGGUU AAGCC AAUC CCACAAAUCU GUUCUCAGUU CGGAUCGCAG UCUGCAACUC GACUGCGUGA AGCUGGAAUC GCUAGUAAUC GCGGAU CAG CAUGCCGCGG UGAAUACGUU CCCGGGCCUU GUACACACCG CCCGUCACAC CACGAGAGUU UGUAACACCC GAAGUCG GU GAGGUAACCU UUUAGGAGCC AGCCGCCGAA GGUGGGACAG AUGAUUGGGG UGAAGUCGUA ACAAGGUAGC CGUAUCGG A AGGUGCGGCU GG

+
分子 #50: P-tRNA

分子名称: P-tRNA / タイプ: rna / ID: 50 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 28.094645 KDa
配列文字列:
GCCGAGGUGG UGGAAUUGGU AGACACGCUA CCUUGAGGUG GUAGUGCCCA AUAGGGCUUA CGGGUUCAAG UCCCGUCCUC GGUACCA

+
分子 #52: A/R-tRNA

分子名称: A/R-tRNA / タイプ: rna / ID: 52 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 24.486523 KDa
配列文字列:
GCCCGGAUAG CUCAGUUGGU AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUGUCCU UGGUUCGAUU CCGAGUCCGG GCACCA

+
分子 #53: E-tRNA

分子名称: E-tRNA / タイプ: rna / ID: 53 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
分子量理論値: 24.140334 KDa
配列文字列:
CCCGGAUAGC UCAGUCGGUA GAGCAGGGGA UUGAAAAUCC CCGUGUCCUU GGUUCGAUUC CGAGUCCGGG CACCA

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 29.674271 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPTSN GRRGMTTSDF AEITTDKPEK SLLAPLHKKG GRNNQGKLTV RHQGGGHKRQ YRVIDFKRDK DGIPGRVATV EYDPNRSAN IALINYADGE KRYILAPKGI QVGTEIMSGP EADIKVGNAL PLINIPVGTV VHNIELKPGK GGQLVRSAGT S AQVLGKEG KYVLVRLNSG EVRMILSACR ASIGQVGNEQ HELINIGKAG RSRWKGIRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGRA PI GRKSPMS PWGKPTLGFK TRKKKNKSDK FIVRR

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 22.375895 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI ...文字列:
TKGILGRKIG MTQVFAENGD LIPVTVIEAA PNVVLQKKTA ENDGYEAIQL GFDDKREKLS NKPEKGHVAK AETAPKRFVK ELRGVEMDA YEVGQEVKVE IFSAGEIVDV TGVSKGKGFQ GAIKRHGQSR GPMSHGSRYH RRPGSMGPVD PNRVFKGKLL P GRMGGEQI TVQNLEIVKV DAERNLLLIK GNVPGAKKSL ITVKSAVK

+
分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 22.222676 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: PKVALYNQNG STAGDIELNA SVFGIEPNES VVFDAILMQR ASLRQGTHKV KNRSEVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAI KSVLSSKVID NNIIVLEDLT LDTAKTKEMA AILKGLSVEK KALIVTADAN E AVALSARN ...文字列:
PKVALYNQNG STAGDIELNA SVFGIEPNES VVFDAILMQR ASLRQGTHKV KNRSEVRGGG RKPWRQKGTG RARQGSIRSP QWRGGGVVF GPTPRSYSYK LPKKVRRLAI KSVLSSKVID NNIIVLEDLT LDTAKTKEMA AILKGLSVEK KALIVTADAN E AVALSARN IPGVTVVEAN GINVLDVVNH EKLLITKAAV EKVEEVL

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 19.789061 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
NRLKEKYNKE IAPALMTKFN YDSVMQVPKI EKIVINMGVG DAVQNAKAID SAVEELTFIA GQKPVVTRAK KSIAGFRLRE GMPIGAKVT LRGERMYDFL DKLISVSLPR VRDFRGVSKK SFDGRGNYTL GIKEQLIFPE IDYDKVTKVR GMDIVIVTTA N TDEEAREL LTQVGMPF

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 19.124855 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
SRVGKKLLEI PSDVTVTLND NNTVAVKGPK GELTRTFHPD MEIKVEDNVL TVARPSDQKE HRALHGTTRS LLGNMVEGVS KGFERGLEL VGVGYRASKS GNKLVLNVGY SHPVEIVPEE GIEIEVPSQT KVVVKGTDKE RVGAIAANIR AVRSPEPYKG K GIRYEGEV VRRKEGK

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 16.01761 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
TPMANASTIE RKWLVVDAAG KTLGRLSSEV AAILRGKHKP TYTPHVDTGD HVIIINAEKI ELTGKKLTDK IYYRHTQHPG GLKSRTALE MRTNYPEKML ELAIKGMLPK GSLGRQMFKK LNVYRGSEHP HEAQKPEVYE LRG

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.175288 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKQATPGG VVKKGEVVKA VIVRTKSGAR RSDGSYISFD ENACVIIRD DKSPRGTRIF GPVARELREN NFMKIVSLAP EVI

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 15.410694 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MKLHELKPSE GSRKTRNRVG RGIGSGNGKT AGKGHKGQNA RSGGGVRPGF EGGQMPLFQR LPKRGFTNIN RKEYAVVNLD KLNGFAEGT EVTPELLLET GVISKLNAGV KILGNGKLEK KLTVKANKFS ASAKEAVEAA GGTAEVI

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 15.320188 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MLLPKRVKYR REHRGKMRGR AKGGTEVHFG EFGIQALEAS WITNRQIEAA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP SKPYTAKPLE VRMGSGKGA PEGWVAVVKP GKVLFEISGV SEEVAREALR LASHKLPIKT KFVKRE

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.643609 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
SYRKLGRTSA QRKAMLRDLT TDLIINERIE TTETRAKELR SVVEKMITLG KRGDLHARRQ AAAYIRNEVA NEENNQDALQ KLFSDIATR YEERQGGYTR IMKLGPRRGD GAPMAIIELV

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 12.993829 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MITKTSKNAA RLKRHARVRA KLSGTAERPR LNVFRSNKHI YAQIIDDVNG VTLASASTLD KDLNVESTGD TSAATKVGEL VAKRAAEKG ISDVVFDRGG YLYHGRVKAL ADAAREAGLK F

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.416853 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MQKLIEDITK EQLRTDLPAF RPGDTLRVHV KVVEGNRERI QIFEGVVIKR RGGGISETFT VRKISYGVGV ERTFPVHTPK IAKIEVVRY GKVRRAKLYY LRELRGKAAR IKEIRR

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.408813 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
PRVKGGTVTR KRRKKVLKLA KGYFGSKHTL YKVANQQVMK SGNYAFRDRR QKKRDFRKLW ITRINAAARM NGLSYSRLMH GLKLSGIEV NRKMLADLAV NDLTAFNQLA DAAKAQLN

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 11.164886 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
YAIIKTGGKQ IKVEEGQTVY IEKLAAEAGE TVTFEDVLFV GGDNVKVGNP TVEGATVTAK VEKQGRAKKI TVFRYKPKKN VHKKQGHRQ PYTKVTIEKI NA

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 12.035066 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
QAKAVARTVR IAPRKARLVM DLIRGKQVGE AVSILNLTPR AASPIIEKVL KSAIANAEHN YEMDANNLVI SQAFVDEGPT LKRFRPRAM GRASQINKRT SHITIVVSEK

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.387095 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
KDPRDVLKRP VITERSADLM TEKKYTFEVD VRANKTEVKD AVESIFGVKV DKVNIMNYKG KSKRVGRYTG MTSRRRKAIV KLTADSKEI E

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.921854 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MHVKKGDKVM VISGKDKGKQ GTILAAFPKK DRVLVEGVNM VKKHSKPTQA NPQGGISNQE APIHVSNVMP LDPKTGEVTR VGYKVEDGK KVRVAKKSGQ VL

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 8.956143 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
SKKGVGSTKN GRDSEAKRLG AKRADGQFVT GGSILYRQRG TKIYPGENVG RGGDDTLFAK IDGTVKFERF GRDRKKVSVY PV

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.367546 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
RKCVITGKKT TAGNNRSHAM NASKRTWGAN LQKVRILVNG KPKKVYVSAR ALKSGKVE

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.598849 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MKANEIRDLT TAEIEQKVKS LKEELFNLRF QLATGQLENT ARIREVRKAI ARMKTVIRER EIAAN

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.519599 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
AKLEITLKRS VIGRPEDQRV TVRTLGLKKT NQTVVHEDNA AIRGMINKVS HLVSVKEQ

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 6.184386 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
AVPFRRTSKM KKRLRRTHFK LNVPGMTECP SCGEMKLSHR VCKACGSYNG KDIN

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L33 1

分子名称: 50S ribosomal protein L33 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 5.786696 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MRVNITLACT ECGERNYISK KNKRNNPDRV EFKKYCPRDK KSTLHRET

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 5.271332 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MKRTFQPNNR KRSKVHGFRS RMSSKNGRLV LARRRRKGRK VLSA

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.320752 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
PKMKTHRGSA KRFKKTGSGK LKRSHAYTSH LFANKSQKQK RKLRKSAVVS AGDFKRIKQM LANI

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 4.318422 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIRRK GKVMVICENP KHKQKQG

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L31

分子名称: 50S ribosomal protein L31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.159191 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
MKAGIHPNFK KATVKCACGN EFETGSVKEE VRVEICSECH PFYTGRQKFA SADGRVDRFN KKY

+
分子 #31: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 25.027107 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: LLEAGVHFGH QTRRWNPKMK RYIFTERNGI YIIDLQKTVK KVEEAYNFTK NLAAEGGKIL FVGTKKQAQD SVKEEAQRSG MYYVNQRWL GGTLTNFETI QKRIKRLKDI EKMQENGTFD VLPKKEVVQL KKELERLEKF LGGIKDMKDL PDALFIIDPR K ERIAVAEA ...文字列:
LLEAGVHFGH QTRRWNPKMK RYIFTERNGI YIIDLQKTVK KVEEAYNFTK NLAAEGGKIL FVGTKKQAQD SVKEEAQRSG MYYVNQRWL GGTLTNFETI QKRIKRLKDI EKMQENGTFD VLPKKEVVQL KKELERLEKF LGGIKDMKDL PDALFIIDPR K ERIAVAEA RKLNIPIIGI VDTNCDPDEI DVVIPANDDA IRAVKLLTSK MADAILEAKQ

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 23.032318 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: GQKVNPVGLR IGVIRDWESK WYAGKDYADF LHEDLKIREY ISKRLSDASV SKVEIERAAN RVNITIHTAK PGMVIGKGGS EVEALRKAL NSLTGKRVHI NILEIKRADL DAQLVADNIA RQLENRVSFR RAQKQQIQRT MRAGAQGVKT MVSGRLGGAD I ARSEYYSE ...文字列:
GQKVNPVGLR IGVIRDWESK WYAGKDYADF LHEDLKIREY ISKRLSDASV SKVEIERAAN RVNITIHTAK PGMVIGKGGS EVEALRKAL NSLTGKRVHI NILEIKRADL DAQLVADNIA RQLENRVSFR RAQKQQIQRT MRAGAQGVKT MVSGRLGGAD I ARSEYYSE GTVPLHTLRA DIDYATSEAD TTYGKLGVKV WIYRGEVL

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 22.250523 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: GPSWKLSRRL GISLSGTGKE LEKRPYAPGP HGPGQRKKLS EYGLQLQEKQ KLRHMYGVNE RQFRTLFDKA GKLAGKHGEN FMILLDSRL DNVVYKLGLA RTRRQARQLV NHGHILVDGS RVDIPSYLVK PGQTIGVREK SRNLSIIKES VEVNNFVPEY L TFDAEKLE ...文字列:
GPSWKLSRRL GISLSGTGKE LEKRPYAPGP HGPGQRKKLS EYGLQLQEKQ KLRHMYGVNE RQFRTLFDKA GKLAGKHGEN FMILLDSRL DNVVYKLGLA RTRRQARQLV NHGHILVDGS RVDIPSYLVK PGQTIGVREK SRNLSIIKES VEVNNFVPEY L TFDAEKLE GTFTRLPERS ELAPEINEAL IVEFYSR

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 17.362236 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
RIDPSKLELE ERLVTVNRVA KVVKGGRRFR FAALVVVGDK NGHVGFGTGK AQEVPEAIRK AVEDAKKNLI EVPMVGTTIP HEIIGRFGA GNILLKPASE GTGVIAGGPV RAVLELAGVA DILSKSLGSN TPINMIRATL QGLSELKRAE DVAKLRGKSV E ELLG

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.723045 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
KYEVMYIIRP NIDEESKKAV IERFNNVLTS NGAEITGTKD WGKRRLAYEI NDFRDGFYQI VNVQSDAAAV QEFDRLAKIS DDIIRHIVV KEE

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 16.885645 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
KGPVAKRDVL PDPIYNSKLV SRLINKMMID GKKGKSQTIL YKSFDIIKER TGNDAMEVFE QALKNIMPVL EVKARRVGGA NYQVPVEVR PERRTTLGLR WLVNYARLRG EKTMEERLAN EILDAANNTG AAVKKREDTH KMAEANKAFA

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 14.770229 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
VMTDPIADML TRIRNANMVR HEKLEIPASK LKREIAEILK REGFIRDVEF VEDSKQGIIR VFLKYGQNNE RVITGLKRIS KPGLRVYAK SNEVPRVLNG LGIAIISTSQ GVLTDKEARA KQAGGEVLAY VW

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 13.748775 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
QYYGTGRRKS SVARVRLVPG EGRIVVNNRE ISEHIPSAAL IEDIKQPLTL TETAGTYDVL VNVHGGGLSG QAGAIRHGIA RALLEADPE YRTTLKRAGL LTRDARMKER KKYGLKGARR APQFSK

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.856562 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
IRIRLKAYDH RILDQSAEKI VETAKRSGAS VSGPIPLPTE KSVYTILRAV HKYKDSREQF EMRTHKRLID IVNPTPQTVD ALMRLDLPS GVDIEI

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 11.946558 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
IESGIAHIRS TFNNTIVTIT DTHGNAISWS SAGALGFRGS RKSTPFAAQM AAETAAKGSI EHGLKTLEVT VKGPGSGREA AIRALQAAG LEVTAIRDVT PVPHNGCRPP KRRRV

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 14.988358 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
PTINQLIRKG RVSKVENSKS PALNKGYNSF KKEHTNVSSP QKRGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLT NGIEVTAYIP GIGHNLQEH SVVLIRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTAGV ENRAQGRSKY GTKKPKA

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 12.3743 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
RIAGVDIPRD KRVVISLTYI FGIGRTTAQQ VLKEAGVSED TRVRDLTEEE LGKIRDIIDK LKVEGDLRRE VSLNIKRLIE IGSYRGIRH RRGLPVRGQN SKNNARTRK

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分子 #43: 30S ribosomal protein S14

分子名称: 30S ribosomal protein S14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.132607 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
AKKSMIAKQQ RTPKFKVQEY TRCERCGRPH SVIRKFKLCR ICFRELAYKG QIPGVKKASW

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分子 #44: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 10.124599 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
TQERKNQLIN EFKTHESDTG SPEVQIAILT DSINNLNEHL RTHKKDHHSR RGLLKMVGKR RNLLTYLRNK DVTRYRELIN KLGLR

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分子 #45: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 9.893457 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
AVKIRLKRMG AKKSPFYRIV VADSRSPRDG RFIETVGTYN PVAKPAEVKI DEELALKWLQ TGAKPSDTVR NLFSSQGIME KFHNAKQG

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分子 #46: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 9.863469 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
SERNQRKVYQ GRVVSDKMDK TITVVVETYK KHTLYGKRVK YSKKFKAHDE NNQAKIGDIV KIMETRPLSA TKRFRLVEVV EEAV

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分子 #47: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 7.387742 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
KVCYFTSNGI THIDYKDVDL LKKFVSERGK ILPRRVTGTN AKYQRKLTAA IKRARQMALL PYVS

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分子 #48: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 8.990461 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
SLKKGPFVDG HLMTKIEKLN ETDKKQVVKT WSRRSTIFPQ FIGHTIAVYD GRKHVPVFIS EDMVGHKLGE FAPTRTYK

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分子 #49: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 9.121647 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列:
IKSAIKRTKT NNERRVHNAT IKSAMRTAIK QVEASVANNE ADKAKTALTE AAKRIDKAVK TGLVHKNTAA RYKSRLAKKV NGL

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分子 #51: GTP pyrophosphokinase

分子名称: GTP pyrophosphokinase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: GTP diphosphokinase
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) / 株: 168
分子量理論値: 39.164523 KDa
組換発現生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
配列文字列: SDMVYVFTPK GDVIELPSGS VPIDFSYRIH SEIGNKTIGA KVNGKMVTLD HKLRTGDIVE ILTSKHSYGP SQDWVKLAQT SQAKHKIRQ FFKKQRREEN VEKGRELVEK EIKNLDFELK DVLTPENIQK VADKFNFSNE EDMYAAVGYN GITALQVANR L TEKERKQR ...文字列:
SDMVYVFTPK GDVIELPSGS VPIDFSYRIH SEIGNKTIGA KVNGKMVTLD HKLRTGDIVE ILTSKHSYGP SQDWVKLAQT SQAKHKIRQ FFKKQRREEN VEKGRELVEK EIKNLDFELK DVLTPENIQK VADKFNFSNE EDMYAAVGYN GITALQVANR L TEKERKQR DQEEQEKIVQ EVTGEPKPYP QGRKREAGVR VKGIDNLLVR LSKCCNPVPG DDIVGFITKG RGVSVHREDC PN VKTNEAQ ERLIPVEWEH ESQVQKRKEY NVEIEILGYD RRGLLNEVLQ AVNETKTNIS SVSGKSDRNK VATIHMAIFI QNI NHLHKV VERIKQIRDI YSVRR

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
平均電子線量: 2.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 650054
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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