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万見- EMDB-0154: Retromer-Vps5: low-resolution overview map centred on the Vps26 dimer. -
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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0154 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Retromer-Vps5: low-resolution overview map centred on the Vps26 dimer. | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | Low-resolution overview map of retromer-Vps5 centered on the Vps26 dimer. | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | retromer / endosome / sorting nexin / BAR / membrane trafficking / PROTEIN TRANSPORT | ||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ascospore-type prospore membrane formation / prospore membrane / retromer, cargo-selective complex / retromer complex / retrograde transport, endosome to Golgi / phosphatidylinositol binding / intracellular protein transport / late endosome / endosome / identical protein binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) / Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 11.4 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Kovtun O / Leneva N / Ariotti N / Rohan TS / Owen DJ / Briggs JAG / Collins BM | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, オーストラリア, 7件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2018 タイトル: Structure of the membrane-assembled retromer coat determined by cryo-electron tomography. 著者: Oleksiy Kovtun / Natalya Leneva / Yury S Bykov / Nicholas Ariotti / Rohan D Teasdale / Miroslava Schaffer / Benjamin D Engel / David J Owen / John A G Briggs / Brett M Collins / 要旨: Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular ...Eukaryotic cells traffic proteins and lipids between different compartments using protein-coated vesicles and tubules. The retromer complex is required to generate cargo-selective tubulovesicular carriers from endosomal membranes. Conserved in eukaryotes, retromer controls the cellular localization and homeostasis of hundreds of transmembrane proteins, and its disruption is associated with major neurodegenerative disorders. How retromer is assembled and how it is recruited to form coated tubules is not known. Here we describe the structure of the retromer complex (Vps26-Vps29-Vps35) assembled on membrane tubules with the bin/amphiphysin/rvs-domain-containing sorting nexin protein Vps5, using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This reveals a membrane-associated Vps5 array, from which arches of retromer extend away from the membrane surface. Vps35 forms the 'legs' of these arches, and Vps29 resides at the apex where it is free to interact with regulatory factors. The bases of the arches connect to each other and to Vps5 through Vps26, and the presence of the same arches on coated tubules within cells confirms their functional importance. Vps5 binds to Vps26 at a position analogous to the previously described cargo- and Snx3-binding site, which suggests the existence of distinct retromer-sorting nexin assemblies. The structure provides insight into the architecture of the coat and its mechanism of assembly, and suggests that retromer promotes tubule formation by directing the distribution of sorting nexin proteins on the membrane surface while providing a scaffold for regulatory-protein interactions. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0154.map.gz | 10.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0154-v30.xml emd-0154.xml | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0154.png | 114.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0154.cif.gz | 7.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0154 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0154_validation.pdf.gz | 246.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0154_full_validation.pdf.gz | 246 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0154_validation.xml.gz | 5.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0154 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0154 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6h7wMC 0155C 0156C 0157C 0158C 0159C 0160C 0161C 0162C 0163C 5w8mC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0154.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Low-resolution overview map of retromer-Vps5 centered on the Vps26 dimer. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.7 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
全体 | 名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. |
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要素 |
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-超分子 #1: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane.
超分子 | 名称: Retromer-Vps5 complex assembled on the membrane. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Vps26/Vps35/Vps29 trimer recruited to the membrane via Vps5 PX-BAR protein. |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum var. thermophilum DSM 1495 (菌類) |
-分子 #1: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 34.308449 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI ...文字列: FSTPVDIDIV LADADKRAMV DVKLDKNRRE KVPLYMDGES VKGCVTVRPK DGKRLEHTGI KVQFIGTIEM FFDRGNHYEF LSLVQELAA PGELQHPQTF DFNFKNVEKQ YESYNGINVK LRYFVRVTVS RRMADVIREK DIWVYSYRIP PELNSSIKMD V GIEDCLHI EFEYSKSKYH LKDVIVGRIY FLLVRLKIKH MELSIIRRET TGVAPNQYNE SETLVRFEIM DGSPSRGETI PI RLFLGGF DLTPTFRDVN KKFSTRYYLS LVLIDEDARR YFKQSEIILY RQPPE UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 26-like protein |
-分子 #2: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子 | 名称: Putative vacuolar protein sorting-associated protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 42.060762 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ARPTFHITVG DPHKVGDLAT SHIVYSVRTK TTSKAYKQPE FEVKRRYRDF LWLYNTLHSN NPGVVVPPPP EKQAVGRFES NFVESRRAA LEKMLNKIAA HPTLQLDADL KLFLESESFN IDVKHKERKE PPLGESKGVF GSLGFGGGGN KFVEQDDWFH D RRVYLDAL ...文字列: ARPTFHITVG DPHKVGDLAT SHIVYSVRTK TTSKAYKQPE FEVKRRYRDF LWLYNTLHSN NPGVVVPPPP EKQAVGRFES NFVESRRAA LEKMLNKIAA HPTLQLDADL KLFLESESFN IDVKHKERKE PPLGESKGVF GSLGFGGGGN KFVEQDDWFH D RRVYLDAL ENQLKALLKA MDNMVAQRKA MAEAAADFSA SLHALSTVEL SPTLSGPLDA LSELQLAIRD VYERQAQQDV LT FGIIIEE YIRLIGSVKQ AFSQRQKAFH SWHSAESELM KKKAAQDKLL RQGKTQQDRL NQVNAEVIDA ERKVHQARLL FED MGRLLR SELDRFEREK VEDFKSGVET FLESAVEAQK ELIEKWETFL MQ UniProtKB: Putative vacuolar protein sorting-associated protein |
-分子 #3: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子 | 名称: Putative vacuolar protein sorting-associated protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 14.897982 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: ARPTFHITVG DPHKVGDLAT SHIVYSVRTK TTSKAYKQPE FEVKRRYRDF LWLYNTLHSN NPGVVVPPPP EKQAVGRFES NFVESRRAA LEKMLNKIAA HPTLQLDADL KLFLESESFN IDVKHKERKE UniProtKB: Putative vacuolar protein sorting-associated protein |
-分子 #4: Putative vacuolar protein sorting-associated protein
分子 | 名称: Putative vacuolar protein sorting-associated protein タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 25.477904 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: NKFVEQDDWF HDRRVYLDAL ENQLKALLKA MDNMVAQRKA MAEAAADFSA SLHALSTVEL SPTLSGPLDA LSELQLAIRD VYERQAQQD VLTFGIIIEE YIRLIGSVKQ AFSQRQKAFH SWHSAESELM KKKAAQDKLL RQGKTQQDRL NQVNAEVIDA E RKVHQARL ...文字列: NKFVEQDDWF HDRRVYLDAL ENQLKALLKA MDNMVAQRKA MAEAAADFSA SLHALSTVEL SPTLSGPLDA LSELQLAIRD VYERQAQQD VLTFGIIIEE YIRLIGSVKQ AFSQRQKAFH SWHSAESELM KKKAAQDKLL RQGKTQQDRL NQVNAEVIDA E RKVHQARL LFEDMGRLLR SELDRFEREK VEDFKSGVET FLESAVEAQK ELIEKWETFL MQ UniProtKB: Putative vacuolar protein sorting-associated protein |
-分子 #5: Vacuolar protein sorting-associated protein 29
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 21.470654 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: AFLILVIGNL HIPDRALDIP PKFKKLLSPG KISQTLCLGN LTDRATYDYL RSISPDLKIV RGRMDVEATS LPLMQVVTHG SLRIGFLEG FTLVSEEPDV LLAEANKLDV DVLCWAGGSH RFECFEYMDK FFVNPGSATG AFTTDWLAEG EEVVPSFCLM D VQGISLTL ...文字列: AFLILVIGNL HIPDRALDIP PKFKKLLSPG KISQTLCLGN LTDRATYDYL RSISPDLKIV RGRMDVEATS LPLMQVVTHG SLRIGFLEG FTLVSEEPDV LLAEANKLDV DVLCWAGGSH RFECFEYMDK FFVNPGSATG AFTTDWLAEG EEVVPSFCLM D VQGISLTL YVYQLRKDEN GTENVAVEKV TYTKP UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 29 |
-分子 #6: Vacuolar protein sorting-associated protein 35
分子 | 名称: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 96.140016 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL ...文字列: RLLEDALIAV RQQTAMMRKF LDTPGKLMDA LKCCSTLVSE LRTSSLSPKQ YYELYMAVFD ALRYLSAHLR ENHPVNHLAD LYELVQYAG NIIPRLYLMI TVGTAYMSID GAPVKELMKD MMDMSRGVQH PVRGLFLRYY LSGQARDYLP TGDSDGPEGN L QDSINFIL TNFVEMNKLW VRLQHQGHSR ERDLRTQERR ELQLLVGSNI VRLSQLVDLP TYRDSILGPL LEQIVQCRDI LA QEYLLEV ITQVFPDEYH LHTLDQFLGA VSRLNPHVNV KAIVIGMMNR LSDYAERESQ NEPEEDRAKL EEEALAKLLE KTK LGQNSE LEPQNGDHPD TEVSSTTDSA QAPSTADSDT TAVNGEEEPV RKRRGIPVNV PLYDIFFDQV QHLVQAQHLP IQDT IALCC SLANLSLNIY PERLDYVDGI LAYALAKVKE HANSADLHSQ PAQQSLLSLL QSPLRRYVSI FTALSLPTYV SLFQA QTYP TRRAIAGEIV RTLLKNQTLI STPAHLENVL EILKVLIKEG SQPPAGYPGV VQPRARPLET DETMEEQGWL ARLVHL IHS DDNDTQFRLL QMTRKAYAEG NERIRTTTPP LITAGLKLAR RFKAREHYDD NWSSQSSSLF KFLHSAISTL YTRVNGP GV ADLCLRLFCS CGQVADMTEF EEVAYEFFAQ AFTVYEESIS DSKAQFQAVC VIASALHRTR NFGRENYDTL ITKCAQHA S KLLRKPDQCR AVYLASHLWW ATPIAARGET EDTELYRDGK RVLECLQRAL RVADSCMETA TSIELFVEIL DRYVYYFDQ RNESVTTKYL NGLIELIHSN LAGNQQDSAS VEASRKHFIQ TLEMIQ UniProtKB: Vacuolar protein sorting-associated protein 35 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | 3D array |
-試料調製
濃度 | 1.1 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 292 K / 装置: LEICA EM GP | |||||||||
詳細 | The solution-assembled complex was incubated with Folch liposomes at room temperature. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 2 / 平均電子線量: 3.17 e/Å2 詳細: Tomographic tilt series were acquired with the dose-symmetric tilt-scheme (Hagen et al., J Struct Biol. 2017) |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 6.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | After motion correction in "alignframes" (IMOD), each of the images in the tilt series was low-pass filtered according to the electron-dose acquired by the sample (Grant and Grigorieff, 2015). |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 11.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 16037 |
抽出 | トモグラム数: 71 / 使用した粒子像数: 194885 / 参照モデル: reference-free 手法: geometrical seeding alogn the surface of manually traced tubules |
最終 角度割当 | タイプ: OTHER / ソフトウェア: (名称: AV3, TOM) 詳細: Image processing was performed in TOM Toolbox, AV3 and Dynamo toolboxes. |
-原子モデル構築 1
詳細 | Note that the associated PDB model was not generated by fitting into this map! It was generated by fitting into the associated local high-resolution maps and then combined. Initial global ridgid body fitting was done using Chimera, followed by MDFF within NAMD for flexible fitting. Note that side chain positions are not reliable in model generated by refinement into a map at this resolution. |
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精密化 | プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-6h7w: |