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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0007 | |||||||||
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タイトル | MlaBDEF complex from A. baumannii | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 phospholipid transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / membrane => GO:0016020 / ATP hydrolysis activity / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Bergeron JRC / Kollman JM | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: The Mla system and glycerophospholipid transport to the outer membrane. 著者: Cassandra Kamischke / Junping Fan / Julien Bergeron / Hemantha D Kulasekara / Zachary D Dalebroux / Anika Burrell / Justin M Kollman / Samuel I Miller / 要旨: The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is ...The outer membrane (OM) of Gram-negative bacteria serves as a selective permeability barrier that allows entry of essential nutrients while excluding toxic compounds, including antibiotics. The OM is asymmetric and contains an outer leaflet of lipopolysaccharides (LPS) or lipooligosaccharides (LOS) and an inner leaflet of glycerophospholipids (GPL). We screened transposon mutants and identified a number of mutants with OM defects, including an ABC transporter system homologous to the Mla system in We further show that this opportunistic, antibiotic-resistant pathogen uses this multicomponent protein complex and ATP hydrolysis at the inner membrane to promote GPL export to the OM. The broad conservation of the Mla system in Gram-negative bacteria suggests the system may play a conserved role in OM biogenesis. The importance of the Mla system to OM integrity and antibiotic sensitivity suggests that its components may serve as new antimicrobial therapeutic targets. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0007.map.gz | 2.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0007-v30.xml emd-0007.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0007.png | 64.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0007 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0007 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0007_validation.pdf.gz | 213 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0007_full_validation.pdf.gz | 212.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0007_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0007 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0007 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0007.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.26 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MlaBDEF
全体 | 名称: MlaBDEF |
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要素 |
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-超分子 #1: MlaBDEF
超分子 | 名称: MlaBDEF / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: MlaB
分子 | 名称: MlaB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVQYLNQELV VSGKIDFENA EQQYQAGLAI IKKQTSFPLI VDLKQLEHGN TLALAVLVQW LRQTPQKSGL HFKNVPEKML KIIQACHLQ EDLHLV |
-分子 #2: MlaD
分子 | 名称: MlaD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN ...文字列: MKSRTSELAV GIFVIIFGIA LFFLAMKVSG LVGTNLSDGY TMKAQFDNVN GLKPRAKVTM SGVTIGRVDS ITLDPVTRLA TVTFDLDGK LTSFNAEQLK EVQKNALDEL RYSSDYTQAT PAQQKTMEQQ LISNMNSITS IDEDAYIMVA TNGLLGEKYL K IVPGGGLN YLKRGDTISN TQGTMDLEDL ISKFITGGGA GKVAAGSSSA EEKAPASTDS SAQPSFVE |
-分子 #3: MlaE
分子 | 名称: MlaE / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK ...文字列: MNTIAWLGRL VIERIRGIGV AALMLLQIIF SLPSAGGFGR FVYQMHRVGV MSLLIITVSG LFIGLVLGLQ GYSILVNVGS ESMLGTMVS LTLLRELAPV VAALLFAGRA GSALTAEIGS MKQSEQLASM EMIGVDPLKQ IVSPRLWAGI VSLPMLTVIF A AIGIVGGK LVGVDFLGVD EGSFWSGMQN NVQFGHDVVN GIIKSIVFAL LCTWIAVFQG YACDPTPEGI ATAMTRTVVY SS LCVLGFD FVLTAVMFGG I |
-分子 #4: MlaF
分子 | 名称: MlaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter baumannii (バクテリア) |
配列 | 文字列: MIAIMNNKTP LSTQSLIEVK NLSFNRGERV IYDNISLNIR RGQITAIMGP SGTGKTTLLR LIGGQLVPDQ GEVLLDGKDI AQMSRQELF AARARMGMLF QSGALFTDMS VYENVAFPIR AHTKLSENLI AELVALKLES VGLRGTEQLM PTELSGGMNR R VALARAIA ...文字列: MIAIMNNKTP LSTQSLIEVK NLSFNRGERV IYDNISLNIR RGQITAIMGP SGTGKTTLLR LIGGQLVPDQ GEVLLDGKDI AQMSRQELF AARARMGMLF QSGALFTDMS VYENVAFPIR AHTKLSENLI AELVALKLES VGLRGTEQLM PTELSGGMNR R VALARAIA LDPDLIMYDE PFAGQDPIVK GVLTRLIRSL REALDLTTII VSHDVPETLS IADYIYVVAE GKIQGEGTPE EL QAYASPF VKQFLTGSAE GPVEYQFSHQ AYLDNEVRP |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 14000 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |