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万見
- EMDB-7615: Rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-7615
タイトルRabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, 75k particles)
マップデータrabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, 75K particles)
試料
  • 複合体: Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, 75k particles)
    • タンパク質・ペプチド: rabbit muscle aldolase
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Kim LK / Rice WJ / Eng ET / Kopylov M / Cheng A / Raczkowski AM / Jordan KD / Bobe D / Potter CS / Carragher B
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2018
タイトル: Benchmarking cryo-EM Single Particle Analysis Workflow.
著者: Laura Y Kim / William J Rice / Edward T Eng / Mykhailo Kopylov / Anchi Cheng / Ashleigh M Raczkowski / Kelsey D Jordan / Daija Bobe / Clinton S Potter / Bridget Carragher /
要旨: Cryo electron microscopy facilities running multiple instruments and serving users with varying skill levels need a robust and reliable method for benchmarking both the hardware and software ...Cryo electron microscopy facilities running multiple instruments and serving users with varying skill levels need a robust and reliable method for benchmarking both the hardware and software components of their single particle analysis workflow. The workflow is complex, with many bottlenecks existing at the specimen preparation, data collection and image analysis steps; the samples and grid preparation can be of unpredictable quality, there are many different protocols for microscope and camera settings, and there is a myriad of software programs for analysis that can depend on dozens of settings chosen by the user. For this reason, we believe it is important to benchmark the entire workflow, using a standard sample and standard operating procedures, on a regular basis. This provides confidence that all aspects of the pipeline are capable of producing maps to high resolution. Here we describe benchmarking procedures using a test sample, rabbit muscle aldolase.
履歴
登録2018年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年4月18日-
マップ公開2019年1月23日-
更新2019年1月23日-
現状2019年1月23日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0343
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0343
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_7615.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_7615.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, 75K particles)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 128 pix.
= 109.44 Å		0.86 Å/pix.
x 128 pix.
= 109.44 Å		0.86 Å/pix.
x 128 pix.
= 109.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.855 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0343 / ムービー #1: 0.0343
最小 - 最大-0.07227663 - 0.15934083
平均 (標準偏差)-0.00012560391 (±0.008139573)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 109.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8550.8550.855
M x/y/z128128128
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z109.440109.440109.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS128128128
D min/max/mean-0.0720.159-0.000

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添付データ

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ハーフマップ: rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c...

ファイルemd_7615_half_map_1.map
注釈rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, 75K particles); half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c...

ファイルemd_7615_half_map_2.map
注釈rabbit muscle aldolase at 4.6 A resolution (17nov02c 1st700 img, 75K particles); half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, ...

全体名称: Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, 75k particles)
要素
  • 複合体: Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, 75k particles)
    • タンパク質・ペプチド: rabbit muscle aldolase

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超分子 #1: Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, ...

超分子名称: Rabbit muscle aldolase at 4.6A resolution (17nov02c 1st 700 img, 75k particles)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量実験値: 150 KDa

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分子 #1: rabbit muscle aldolase

分子名称: rabbit muscle aldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: ec: 4.1.12.13
由来(天然)生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAAWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN ...文字列:
PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAAWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN VLARYASICQ QNGIVPIVEP EILPDGDHDL KRCQYVTEKV LAAVYKALSD HHIYLEGTLL KPNMVTPGHA CT QKYSHEE IAMATVTALR RTVPPAVTGV TFLSGGQSEE EASINLNAIN KCPLLKPWAL TFSYGRALQA SALKAWGGKK ENL KAAQEE YVKRALANSL ACQGKYTPSG QAGAAASESL FISNHAY

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: common lines
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D2 (2回x2回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 75000
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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