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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-7551 | |||||||||
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タイトル | Rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204k particles) | |||||||||
![]() | rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204k particles) | |||||||||
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生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Kim LK / Rice WJ / Eng ET / Kopylov M / Cheng A / Raczkowski AM / Jordan KD / Bobe D / Potter CS / Carragher B | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Benchmarking cryo-EM Single Particle Analysis Workflow. 著者: Laura Y Kim / William J Rice / Edward T Eng / Mykhailo Kopylov / Anchi Cheng / Ashleigh M Raczkowski / Kelsey D Jordan / Daija Bobe / Clinton S Potter / Bridget Carragher / ![]() 要旨: Cryo electron microscopy facilities running multiple instruments and serving users with varying skill levels need a robust and reliable method for benchmarking both the hardware and software ...Cryo electron microscopy facilities running multiple instruments and serving users with varying skill levels need a robust and reliable method for benchmarking both the hardware and software components of their single particle analysis workflow. The workflow is complex, with many bottlenecks existing at the specimen preparation, data collection and image analysis steps; the samples and grid preparation can be of unpredictable quality, there are many different protocols for microscope and camera settings, and there is a myriad of software programs for analysis that can depend on dozens of settings chosen by the user. For this reason, we believe it is important to benchmark the entire workflow, using a standard sample and standard operating procedures, on a regular basis. This provides confidence that all aspects of the pipeline are capable of producing maps to high resolution. Here we describe benchmarking procedures using a test sample, rabbit muscle aldolase. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 5.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 14.2 KB 14.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 53.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 48.3 MB 48.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7528C ![]() 7541C ![]() 7550C ![]() 7562C ![]() 7614C ![]() 7615C ![]() 7616C ![]() 7617C C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 345.0 Data #1: aligned micrographs of rabbit muscle aldolase 17nov02c [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
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注釈 | rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204k particles) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.855 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-ハーフマップ: rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all...
ファイル | emd_7551_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204k particles); half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all...
ファイル | emd_7551_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204k particles); half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204K...
全体 | 名称: Rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204K particles) |
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要素 |
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-超分子 #1: Rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204K...
超分子 | 名称: Rabbit muscle aldolase at 3.0A resolution (17nov02c all img, 204K particles) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 実験値: 150 KDa |
-分子 #1: Rabbit muscle aldolase
分子 | 名称: Rabbit muscle aldolase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: DEXTRO / EC番号: fructose-bisphosphate aldolase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAAWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN ...文字列: PHSHPALTPE QKKELSDIAH RIVAPGKGIL AADESTGSIA KRLQSIGTEN TEENRRFYRQ LLLTADDRVN PCIGGVILFH ETLYQKADD GRPFPQVIKS KGGVVGIKVD KGVVPLAGTN GETTTQGLDG LSERCAQYKK DGADFAAWRC VLKIGEHTPS A LAIMENAN VLARYASICQ QNGIVPIVEP EILPDGDHDL KRCQYVTEKV LAAVYKALSD HHIYLEGTLL KPNMVTPGHA CT QKYSHEE IAMATVTALR RTVPPAVTGV TFLSGGQSEE EASINLNAIN KCPLLKPWAL TFSYGRALQA SALKAWGGKK ENL KAAQEE YVKRALANSL ACQGKYTPSG QAGAAASESL FISNHAY |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 平均電子線量: 65.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |