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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6581 | |||||||||
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タイトル | 3D structure determination of the human *U4/U6.U5* tri-snRNP complex | |||||||||
マップデータ | Reconstruction of human tri-snRNP | |||||||||
試料 |
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キーワード | snRNP / splicing / spliceosome / human | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / snRNP binding / U4atac snRNP / RNA localization / R-loop processing / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease ...Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / snRNP binding / U4atac snRNP / RNA localization / R-loop processing / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA binding / positive regulation of primary miRNA processing / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / dense fibrillar component / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / U4 snRNA binding / telomerase holoenzyme complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / U2-type spliceosomal complex / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / box C/D snoRNP assembly / U2 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / RNA Polymerase II Transcription Termination / tRNA processing / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA catabolic process / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / single fertilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / RNA processing / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / ribonucleoprotein complex binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / response to cocaine / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / response to bacterium / spliceosomal complex / P-body / mRNA processing / small GTPase binding / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to xenobiotic stimulus / protein-macromolecule adaptor activity / cellular response to tumor necrosis factor / ribosomal small subunit biogenesis / snRNP Assembly 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Agafonov DE / Kastner B / Dybkov O / Hofele RV / Liu WT / Urlaub H / Luhrmann R / Stark H | |||||||||
引用 | ジャーナル: Science / 年: 2016 タイトル: Molecular architecture of the human U4/U6.U5 tri-snRNP. 著者: Dmitry E Agafonov / Berthold Kastner / Olexandr Dybkov / Romina V Hofele / Wen-Ti Liu / Henning Urlaub / Reinhard Lührmann / Holger Stark / 要旨: The U4/U6.U5 triple small nuclear ribonucleoprotein (tri-snRNP) is a major spliceosome building block. We obtained a three-dimensional structure of the 1.8-megadalton human tri-snRNP at a resolution ...The U4/U6.U5 triple small nuclear ribonucleoprotein (tri-snRNP) is a major spliceosome building block. We obtained a three-dimensional structure of the 1.8-megadalton human tri-snRNP at a resolution of 7 angstroms using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM). We fit all known high-resolution structures of tri-snRNP components into the EM density map and validated them by protein cross-linking. Our model reveals how the spatial organization of Brr2 RNA helicase prevents premature U4/U6 RNA unwinding in isolated human tri-snRNPs and how the ubiquitin C-terminal hydrolase-like protein Sad1 likely tethers the helicase Brr2 to its preactivation position. Comparison of our model with cryo-EM three-dimensional structures of the Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP and Schizosaccharomyces pombe spliceosome indicates that Brr2 undergoes a marked conformational change during spliceosome activation, and that the scaffolding protein Prp8 is also rearranged to accommodate the spliceosome's catalytic RNA network. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6581.map.gz | 37.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6581-v30.xml emd-6581.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_6581.jpg | 41.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6581 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_6581_validation.pdf.gz | 357.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_6581_full_validation.pdf.gz | 357.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_6581_validation.xml.gz | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6581 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-6581 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3jcrMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10056 (タイトル: Structure of the human U4/U6.U5 tri-snRNP / Data size: 300.9 / Data #1: TBD [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6581.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 39.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Reconstruction of human tri-snRNP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : human U4/U6.U5 tri-snRNP
全体 | 名称: human U4/U6.U5 tri-snRNP |
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要素 |
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-超分子 #1000: human U4/U6.U5 tri-snRNP
超分子 | 名称: human U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: monomer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 1.8 MDa |
-分子 #1: U4/U6.U5 tri-snRNP
分子 | 名称: U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞: Hela / 細胞中の位置: Nucleus |
分子量 | 実験値: 1.8 MDa |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.9 詳細: 20 mM HEPES, pH 7.9, 100 mM KCl, 5 mM MgCl2, 0.1 mM EDTA |
グリッド | 詳細: 200 mesh copper grid with carbon support film |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2015年9月10日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 実像数: 4688 / 平均電子線量: 45 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 74000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 0.0001 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 5.35 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 141109 |
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