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- EMDB-4658: Structure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-4658
タイトルStructure of the human U5.U4/U6 tri-snRNP at 2.9A resolution.
マップデータHuman U4.U5/U6 tri-snRNP, overall map.
試料
  • 複合体: Human U4/U6.U5 tri-snRNP
    • 複合体: U5.U4/U6 tri-snRNP
      • タンパク質・ペプチド: x 28種
      • RNA: x 3種
    • 複合体: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / snRNP binding / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / R-loop processing ...Lsm2-8 complex / U6 snRNA 3'-end binding / spliceosomal snRNP complex / ribonucleoprotein complex localization / snRNP binding / U4atac snRNP / positive regulation of cytotoxic T cell differentiation / maturation of 5S rRNA / RNA localization / R-loop processing / U4atac snRNA binding / mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / box C/D sno(s)RNA binding / positive regulation of primary miRNA processing / PH domain binding / U2 snRNP binding / U7 snRNA binding / histone pre-mRNA DCP binding / U7 snRNP / dense fibrillar component / histone pre-mRNA 3'end processing complex / cis assembly of pre-catalytic spliceosome / SLBP independent Processing of Histone Pre-mRNAs / SLBP Dependent Processing of Replication-Dependent Histone Pre-mRNAs / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / protein methylation / U12-type spliceosomal complex / methylosome / P-body assembly / U4/U6 snRNP / 7-methylguanosine cap hypermethylation / U1 snRNP binding / pICln-Sm protein complex / U2-type catalytic step 1 spliceosome / RNA splicing, via transesterification reactions / small nuclear ribonucleoprotein complex / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / SMN-Sm protein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / P granule / U4 snRNA binding / telomerase holoenzyme complex / box C/D methylation guide snoRNP complex / U2-type spliceosomal complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U2-type precatalytic spliceosome / commitment complex / telomerase RNA binding / U2-type prespliceosome assembly / U2-type catalytic step 2 spliceosome / U4 snRNP / box C/D snoRNP assembly / U2 snRNP / rRNA modification in the nucleus and cytosol / RNA Polymerase II Transcription Termination / tRNA processing / U1 snRNP / U3 snoRNA binding / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / U2-type prespliceosome / K63-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / positive regulation of miRNA metabolic process / precatalytic spliceosome / spliceosomal complex assembly / mRNA Splicing - Minor Pathway / mRNA catabolic process / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / MLL1 complex / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / single fertilization / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / U5 snRNA binding / U5 snRNP / RNA processing / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / spliceosomal snRNP assembly / Cajal body / ribonucleoprotein complex binding / pre-mRNA intronic binding / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / catalytic step 2 spliceosome / mRNA Splicing - Major Pathway / RNA splicing / helicase activity / response to cocaine / maturation of LSU-rRNA / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / response to bacterium / spliceosomal complex / P-body / mRNA processing / small GTPase binding / mRNA splicing, via spliceosome / osteoblast differentiation / cellular response to xenobiotic stimulus
類似検索 - 分子機能
U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / USP39 / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif ...U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27kDa protein / RBM42, RNA recognition motif / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoproteins / USP39 / PRP4-like superfamily / pre-mRNA processing factor 4 (PRP4) like / SNU66/SART1 family / HIND motif / SART-1 family / HIND motif / PWI domain superfamily / PWI domain / PWI domain profile. / Sm-like protein Lsm8 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm1/8 / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Sm-like protein Lsm4 / Splicing Factor Motif, present in Prp18 and Pr04 / Sm-like protein Lsm7 / Sm-like protein LSm5 / Sm-like protein Lsm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Pre-mRNA-splicing factor 3 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / pre-mRNA processing factor 3 domain / Prp31 C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Prp31 C terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / Small nuclear ribonucleoprotein Prp3, C-terminal domain / PWI domain / PWI, domain in splicing factors / Dim1 family / Mitosis protein DIM1 / Mitosis protein DIM1 / PRP1 splicing factor, N-terminal / PRP1 splicing factor, N-terminal / Small ribonucleoprotein associated, SmB/SmN / Small nuclear ribonucleoprotein D1 / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / : / N-terminal helicase PWI domain / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 plug domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2-like / Ubiquitin Carboxyl-terminal Hydrolase-like zinc finger / Zinc finger, UBP-type / NOSIC / Pre-mRNA-splicing factor Syf1-like / Zn-finger in ubiquitin-hydrolases and other protein / Zinc finger UBP-type profile. / NOSIC (NUC001) domain / Nop domain / Nop domain superfamily / Nop, C-terminal domain / snoRNA binding domain, fibrillarin / Nop domain profile. / Sec63 Brl domain / Snu114, GTP-binding domain / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component N-terminus / Tetratricopeptide repeat / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein G / Small nuclear ribonucleoprotein F / Sec63 domain / Sec63 Brl domain / Sm-like protein Lsm7/SmG / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / LSM domain / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / snRNP Sm proteins / HAT (Half-A-TPR) repeat / HAT (Half-A-TPR) repeats / Tetratricopeptide repeat / Peptidase C19, ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase / : / Ubiquitin specific protease domain / Ubiquitin specific protease (USP) domain profile. / Sm domain profile. / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / Elongation Factor G, domain II / Elongation Factor G, domain III / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / LSM domain superfamily / JAB1/Mov34/MPN/PAD-1 ubiquitin protease / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G, domain IV / Elongation factor G C-terminus / Elongation factor EFG, domain V-like / Elongation factor G C-terminus / EF-G domain III/V-like
類似検索 - ドメイン・相同性
U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F ...U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / Pre-mRNA-processing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B' / NHP2-like protein 1 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Thioredoxin-like protein 4A / 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component / Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 39 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / RNA-binding protein 42 / Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.92 Å
データ登録者Charenton C / Wilkinson ME / Nagai K
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
European Research CouncilAdG-693087-SPLICE3D 英国
Medical Research Council (United Kingdom)MC_U105184330 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Mechanism of 5' splice site transfer for human spliceosome activation.
著者: Clément Charenton / Max E Wilkinson / Kiyoshi Nagai /
要旨: The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 ...The prespliceosome, comprising U1 and U2 small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) bound to the precursor messenger RNA 5' splice site (5'SS) and branch point sequence, associates with the U4/U6.U5 tri-snRNP to form the fully assembled precatalytic pre-B spliceosome. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the human pre-B complex captured before U1 snRNP dissociation at 3.3-angstrom core resolution and the human tri-snRNP at 2.9-angstrom resolution. U1 snRNP inserts the 5'SS-U1 snRNA helix between the two RecA domains of the Prp28 DEAD-box helicase. Adenosine 5'-triphosphate-dependent closure of the Prp28 RecA domains releases the 5'SS to pair with the nearby U6 ACAGAGA-box sequence presented as a mobile loop. The structures suggest that formation of the 5'SS-ACAGAGA helix triggers remodeling of an intricate protein-RNA network to induce Brr2 helicase relocation to its loading sequence in U4 snRNA, enabling Brr2 to unwind the U4/U6 snRNA duplex to allow U6 snRNA to form the catalytic center of the spliceosome.
履歴
登録2019年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年4月17日-
マップ公開2019年4月17日-
更新2020年12月2日-
現状2020年12月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6qw6
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_4658.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_4658.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human U4.U5/U6 tri-snRNP, overall map.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.022 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.079001464 - 0.15376186
平均 (標準偏差)-0.0000055106 (±0.0032483034)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ420420420
Spacing420420420
セルA=B=C: 429.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0221.0221.022
M x/y/z420420420
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z429.240429.240429.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS420420420
D min/max/mean-0.0790.154-0.000

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添付データ

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追加マップ: Composite map from the multi body refinement. For...

ファイルemd_4658_additional.map
注釈Composite map from the multi body refinement. For each map voxel, the map value was taken from the body with the highest local resolution as calculated with RELION.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human U4/U6.U5 tri-snRNP

全体名称: Human U4/U6.U5 tri-snRNP
要素
  • 複合体: Human U4/U6.U5 tri-snRNP
    • 複合体: U5.U4/U6 tri-snRNP
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
      • RNA: U4 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31
      • タンパク質・ペプチド: NHP2-like protein 1
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein E
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein F
      • タンパク質・ペプチド: Small nuclear ribonucleoprotein G
      • RNA: U5 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase
      • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8
      • タンパク質・ペプチド: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
      • タンパク質・ペプチド: Thioredoxin-like protein 4A
      • タンパク質・ペプチド: Pre-mRNA-processing factor 6
      • タンパク質・ペプチド: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein
      • RNA: U6 snRNA
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7
      • タンパク質・ペプチド: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8
      • タンパク質・ペプチド: RNA-binding protein 42
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1
      • タンパク質・ペプチド: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2
    • 複合体: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
      • タンパク質・ペプチド: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23
  • リガンド: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Human U4/U6.U5 tri-snRNP

超分子名称: Human U4/U6.U5 tri-snRNP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#15, #17, #16, #18-#31
分子量理論値: 1.7 MDa

+
超分子 #2: U5.U4/U6 tri-snRNP

超分子名称: U5.U4/U6 tri-snRNP / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#14, #16, #15, #17-#20, #22-#32
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #3: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23

超分子名称: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #21
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein

分子名称: U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein 27 kDa protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 18.915414 KDa
配列文字列:
MGRSRSRSPR RERRRSRSTS RERERRRRER SRSRERDRRR SRSRSPHRRR SRSPRRHRST SPSPSRLKER RDEEKKETKE TKSKERQIT EEDLEGKTEE EIEMMKLMGF ASFDSTKGKK VDGSVNAYAI NVSQKRKYRQ YMNRKGGFNR PLDFIA

+
分子 #3: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.310653 KDa
配列文字列:
MKLVRFLMKL SHETVTIELK NGTQVHGTIT GVDVSMNTHL KAVKMTLKNR EPVQLETLSI RGNNIRYFIL PDSLPLDTLL VDVEPKVKS KKREAVAGRG RGRGRGRGRG RGRGRGGPRR

+
分子 #4: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.551928 KDa
配列文字列:
MSLLNKPKSE MTPEELQKRE EEEFNTGPLS VLTQSVKNNT QVLINCRNNK KLLGRVKAFD RHCNMVLENV KEMWTEVPKS GKGKKKSKP VNKDRYISKM FLRGDSVIVV LRNPLIAGK

+
分子 #5: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 13.940308 KDa
配列文字列:
MSIGVPIKVL HEAEGHIVTC ETNTGEVYRG KLIEAEDNMN CQMSNITVTY RDGRVAQLEQ VYIRGSKIRF LILPDMLKNA PMLKSMKNK NQGSGAGRGK AAILKAQVAA RGRGRGMGRG NIFQKRR

+
分子 #6: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 77.669188 KDa
配列文字列: MALSKRELDE LKPWIEKTVK RVLGFSEPTV VTAALNCVGK GMDKKKAADH LKPFLDDSTL RFVDKLFEAV EEGRSSRHSK SSSDRSRKR ELKEVFGDDS EISKESSGVK KRRIPRFEEV EEEPEVIPGP PSESPGMLTK LQIKQMMEAA TRQIEERKKQ L SFISPPTP ...文字列:
MALSKRELDE LKPWIEKTVK RVLGFSEPTV VTAALNCVGK GMDKKKAADH LKPFLDDSTL RFVDKLFEAV EEGRSSRHSK SSSDRSRKR ELKEVFGDDS EISKESSGVK KRRIPRFEEV EEEPEVIPGP PSESPGMLTK LQIKQMMEAA TRQIEERKKQ L SFISPPTP QPKTPSSSQP ERLPIGNTIQ PSQAATFMND AIEKARKAAE LQARIQAQLA LKPGLIGNAN MVGLANLHAM GI APPKVEL KDQTKPTPLI LDEQGRTVDA TGKEIELTHR MPTLKANIRA VKREQFKQQL KEKPSEDMES NTFFDPRVSI APS QRQRRT FKFHDKGKFE KIAQRLRTKA QLEKLQAEIS QAARKTGIHT STRLALIAPK KELKEGDIPE IEWWDSYIIP NGFD LTEEN PKREDYFGIT NLVEHPAQLN PPVDNDTPVT LGVYLTKKEQ KKLRRQTRRE AQKELQEKVR LGLMPPPEPK VRISN LMRV LGTEAVQDPT KVEAHVRAQM AKRQKAHEEA NAARKLTAEQ RKVKKIKKLK EDISQGVHIS VYRVRNLSNP AKKFKI EAN AGQLYLTGVV VLHKDVNVVV VEGGPKAQKK FKRLMLHRIK WDEQTSNTKG DDDEESDEEA VKKTNKCVLV WEGTAKD RS FGEMKFKQCP TENMAREHFK KHGAEHYWDL ALSESVLEST D

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分子 #7: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 58.536105 KDa
配列文字列: MASSRASSTQ ATKTKAPDDL VAPVVKKPHI YYGSLEEKER ERLAKGESGI LGKDGLKAGI EAGNINITSG EVFEIEEHIS ERQAEVLAE FERRKRARQI NVSTDDSEVK ACLRALGEPI TLFGEGPAER RERLRNILSV VGTDALKKTK KDDEKSKKSK E EYQQTWYH ...文字列:
MASSRASSTQ ATKTKAPDDL VAPVVKKPHI YYGSLEEKER ERLAKGESGI LGKDGLKAGI EAGNINITSG EVFEIEEHIS ERQAEVLAE FERRKRARQI NVSTDDSEVK ACLRALGEPI TLFGEGPAER RERLRNILSV VGTDALKKTK KDDEKSKKSK E EYQQTWYH EGPNSLKVAR LWIANYSLPR AMKRLEEARL HKEIPETTRT SQMQELHKSL RSLNNFCSQI GDDRPISYCH FS PNSKMLA TACWSGLCKL WSVPDCNLLH TLRGHNTNVG AIVFHPKSTV SLDPKDVNLA SCAADGSVKL WSLDSDEPVA DIE GHTVRV ARVMWHPSGR FLGTTCYDRS WRLWDLEAQE EILHQEGHSM GVYDIAFHQD GSLAGTGGLD AFGRVWDLRT GRCI MFLEG HLKEIYGINF SPNGYHIATG SGDNTCKVWD LRQRRCVYTI PAHQNLVTGV KFEPIHGNFL LTGAYDNTAK IWTHP GWSP LKTLAGHEGK VMGLDISSDG QLIATCSYDR TFKLWMAE

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分子 #8: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31

分子名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 55.528969 KDa
配列文字列: MSLADELLAD LEEAAEEEEG GSYGEEEEEP AIEDVQEETQ LDLSGDSVKT IAKLWDSKMF AEIMMKIEEY ISKQAKASEV MGPVEAAPE YRVIVDANNL TVEIENELNI IHKFIRDKYS KRFPELESLV PNALDYIRTV KELGNSLDKC KNNENLQQIL T NATIMVVS ...文字列:
MSLADELLAD LEEAAEEEEG GSYGEEEEEP AIEDVQEETQ LDLSGDSVKT IAKLWDSKMF AEIMMKIEEY ISKQAKASEV MGPVEAAPE YRVIVDANNL TVEIENELNI IHKFIRDKYS KRFPELESLV PNALDYIRTV KELGNSLDKC KNNENLQQIL T NATIMVVS VTASTTQGQQ LSEEELERLE EACDMALELN ASKHRIYEYV ESRMSFIAPN LSIIIGASTA AKIMGVAGGL TN LSKMPAC NIMLLGAQRK TLSGFSSTSV LPHTGYIYHS DIVQSLPPDL RRKAARLVAA KCTLAARVDS FHESTEGKVG YEL KDEIER KFDKWQEPPP VKQVKPLPAP LDGQRKKRGG RRYRKMKERL GLTEIRKQAN RMSFGEIEED AYQEDLGFSL GHLG KSGSG RVRQTQVNEA TKARISKTLQ RTLQKQSVVY GGKSTIRDRS SGTASSVAFT PLQGLEIVNP QAAEKKVAEA NQKYF SSMA EFLKVKGEKS GLMST

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分子 #9: NHP2-like protein 1

分子名称: NHP2-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 14.191524 KDa
配列文字列:
MTEADVNPKA YPLADAHLTK KLLDLVQQSC NYKQLRKGAN EATKTLNRGI SEFIVMAADA EPLEIILHLP LLCEDKNVPY VFVRSKQAL GRACGVSRPV IACSVTIKEG SQLKQQIQSI QQSIERLLV

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分子 #10: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated proteins B and B'
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 24.642131 KDa
配列文字列: MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY ...文字列:
MTVGKSSKML QHIDYRMRCI LQDGRIFIGT FKAFDKHMNL ILCDCDEFRK IKPKNSKQAE REEKRVLGLV LLRGENLVSM TVEGPPPKD TGIARVPLAG AAGGPGIGRA AGRGIPAGVP MPQAPAGLAG PVRGVGGPSQ QVMTPQGRGT VAAAAAAATA S IAGAPTQY PPGRGGPPPP MGRGAPPPGM MGPPPGMRPP MGPPMGIPPG RGTPMGMPPP GMRPPPPGMR GPPPPGMRPP RP

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分子 #11: Small nuclear ribonucleoprotein E

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 10.817601 KDa
配列文字列:
MAYRGQGQKV QKVMVQPINL IFRYLQNRSR IQVWLYEQVN MRIEGCIIGF DEYMNLVLDD AEEIHSKTKS RKQLGRIMLK GDNITLLQS VSN

+
分子 #12: Small nuclear ribonucleoprotein F

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.734171 KDa
配列文字列:
MSLPLNPKPF LNGLTGKPVM VKLKWGMEYK GYLVSVDGYM NMQLANTEEY IDGALSGHLG EVLIRCNNVL YIRGVEEEEE DGEMRE

+
分子 #13: Small nuclear ribonucleoprotein G

分子名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 8.508084 KDa
配列文字列:
MSKAHPPELK KFMDKKLSLK LNGGRHVQGI LRGFDPFMNL VIDECVEMAT SGQQNNIGMV VIRGNSIIML EALERV

+
分子 #15: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8

分子名称: Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 271.508281 KDa
配列文字列: MSEEKLQEKA RKWQQLQAKR YAEKRKFGFV DAQKEDMPPE HVRKIIRDHG DMTNRKFRHD KRVYLGALKY MPHAVLKLLE NMPMPWEQI RDVPVLYHIT GAISFVNEIP WVIEPVYISQ WGSMWIMMRR EKRDRRHFKR MRFPPFDDEE PPLDYADNIL D VEPLEAIQ ...文字列:
MSEEKLQEKA RKWQQLQAKR YAEKRKFGFV DAQKEDMPPE HVRKIIRDHG DMTNRKFRHD KRVYLGALKY MPHAVLKLLE NMPMPWEQI RDVPVLYHIT GAISFVNEIP WVIEPVYISQ WGSMWIMMRR EKRDRRHFKR MRFPPFDDEE PPLDYADNIL D VEPLEAIQ LELDPEEDAP VLDWFYDHQP LRDSRKYVNG STYQRWQFTL PMMSTLYRLA NQLLTDLVDD NYFYLFDLKA FF TSKALNM AIPGGPKFEP LVRDINLQDE DWNEFNDINK IIIRQPIRTE YKIAFPYLYN NLPHHVHLTW YHTPNVVFIK TED PDLPAF YFDPLINPIS HRHSVKSQEP LPDDDEEFEL PEFVEPFLKD TPLYTDNTAN GIALLWAPRP FNLRSGRTRR ALDI PLVKN WYREHCPAGQ PVKVRVSYQK LLKYYVLNAL KHRPPKAQKK RYLFRSFKAT KFFQSTKLDW VEVGLQVCRQ GYNML NLLI HRKNLNYLHL DYNFNLKPVK TLTTKERKKS RFGNAFHLCR EVLRLTKLVV DSHVQYRLGN VDAFQLADGL QYIFAH VGQ LTGMYRYKYK LMRQIRMCKD LKHLIYYRFN TGPVGKGPGC GFWAAGWRVW LFFMRGITPL LERWLGNLLA RQFEGRH SK GVAKTVTKQR VESHFDLELR AAVMHDILDM MPEGIKQNKA RTILQHLSEA WRCWKANIPW KVPGLPTPIE NMILRYVK A KADWWTNTAH YNRERIRRGA TVDKTVCKKN LGRLTRLYLK AEQERQHNYL KDGPYITAEE AVAVYTTTVH WLESRRFSP IPFPPLSYKH DTKLLILALE RLKEAYSVKS RLNQSQREEL GLIEQAYDNP HEALSRIKRH LLTQRAFKEV GIEFMDLYSH LVPVYDVEP LEKITDAYLD QYLWYEADKR RLFPPWIKPA DTEPPPLLVY KWCQGINNLQ DVWETSEGEC NVMLESRFEK M YEKIDLTL LNRLLRLIVD HNIADYMTAK NNVVINYKDM NHTNSYGIIR GLQFASFIVQ YYGLVMDLLV LGLHRASEMA GP PQMPNDF LSFQDIATEA AHPIRLFCRY IDRIHIFFRF TADEARDLIQ RYLTEHPDPN NENIVGYNNK KCWPRDARMR LMK HDVNLG RAVFWDIKNR LPRSVTTVQW ENSFVSVYSK DNPNLLFNMC GFECRILPKC RTSYEEFTHK DGVWNLQNEV TKER TAQCF LRVDDESMQR FHNRVRQILM ASGSTTFTKI VNKWNTALIG LMTYFREAVV NTQELLDLLV KCENKIQTRI KIGLN SKMP SRFPPVVFYT PKELGGLGML SMGHVLIPQS DLRWSKQTDV GITHFRSGMS HEEDQLIPNL YRYIQPWESE FIDSQR VWA EYALKRQEAI AQNRRLTLED LEDSWDRGIP RINTLFQKDR HTLAYDKGWR VRTDFKQYQV LKQNPFWWTH QRHDGKL WN LNNYRTDMIQ ALGGVEGILE HTLFKGTYFP TWEGLFWEKA SGFEESMKWK KLTNAQRSGL NQIPNRRFTL WWSPTINR A NVYVGFQVQL DLTGIFMHGK IPTLKISLIQ IFRAHLWQKI HESIVMDLCQ VFDQELDALE IETVQKETIH PRKSYKMNS SCADILLFAS YKWNVSRPSL LADSKDVMDS TTTQKYWIDI QLRWGDYDSH DIERYARAKF LDYTTDNMSI YPSPTGVLIA IDLAYNLHS AYGNWFPGSK PLIQQAMAKI MKANPALYVL RERIRKGLQL YSSEPTEPYL SSQNYGELFS NQIIWFVDDT N VYRVTIHK TFEGNLTTKP INGAIFIFNP RTGQLFLKII HTSVWAGQKR LGQLAKWKTA EEVAALIRSL PVEEQPKQII VT RKGMLDP LEVHLLDFPN IVIKGSELQL PFQACLKVEK FGDLILKATE PQMVLFNLYD DWLKTISSYT AFSRLILILR ALH VNNDRA KVILKPDKTT ITEPHHIWPT LTDEEWIKVE VQLKDLILAD YGKKNNVNVA SLTQSEIRDI ILGMEISAPS QQRQ QIAEI EKQTKEQSQL TATQTRTVNK HGDEIITSTT SNYETQTFSS KTEWRVRAIS AANLHLRTNH IYVSSDDIKE TGYTY ILPK NVLKKFICIS DLRAQIAGYL YGVSPPDNPQ VKEIRCIVMV PQWGTHQTVH LPGQLPQHEY LKEMEPLGWI HTQPNE SPQ LSPQDVTTHA KIMADNPSWD GEKTIIITCS FTPGSCTLTA YKLTPSGYEW GRQNTDKGNN PKGYLPSHYE RVQMLLS DR FLGFFMVPAQ SSWNYNFMGV RHDPNMKYEL QLANPKEFYH EVHRPSHFLN FALLQEGEVY SADREDLYA

+
分子 #16: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 200 kDa helicase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 244.823422 KDa
配列文字列: MADVTARSLQ YEYKANSNLV LQADRSLIDR TRRDEPTGEV LSLVGKLEGT RMGDKAQRTK PQMQEERRAK RRKRDEDRHD INKMKGYTL LSEGIDEMVG IIYKPKTKET RETYEVLLSF IQAALGDQPR DILCGAADEV LAVLKNEKLR DKERRKEIDL L LGQTDDTR ...文字列:
MADVTARSLQ YEYKANSNLV LQADRSLIDR TRRDEPTGEV LSLVGKLEGT RMGDKAQRTK PQMQEERRAK RRKRDEDRHD INKMKGYTL LSEGIDEMVG IIYKPKTKET RETYEVLLSF IQAALGDQPR DILCGAADEV LAVLKNEKLR DKERRKEIDL L LGQTDDTR YHVLVNLGKK ITDYGGDKEI QNMDDNIDET YGVNVQFESD EEEGDEDVYG EVREEASDDD MEGDEAVVRC TL SANLVAS GELMSSKKKD LHPRDIDAFW LQRQLSRFYD DAIVSQKKAD EVLEILKTAS DDRECENQLV LLLGFNTFDF IKV LRQHRM MILYCTLLAS AQSEAEKERI MGKMEADPEL SKFLYQLHET EKEDLIREER SRRERVRQSR MDTDLETMDL DQGG EALAP RQVLDLEDLV FTQGSHFMAN KRCQLPDGSF RRQRKGYEEV HVPALKPKPF GSEEQLLPVE KLPKYAQAGF EGFKT LNRI QSKLYRAALE TDENLLLCAP TGAGKTNVAL MCMLREIGKH INMDGTINVD DFKIIYIAPM RSLVQEMVGS FGKRLA TYG ITVAELTGDH QLCKEEISAT QIIVCTPEKW DIITRKGGER TYTQLVRLII LDEIHLLHDD RGPVLEALVA RAIRNIE MT QEDVRLIGLS ATLPNYEDVA TFLRVDPAKG LFYFDNSFRP VPLEQTYVGI TEKKAIKRFQ IMNEIVYEKI MEHAGKNQ V LVFVHSRKET GKTARAIRDM CLEKDTLGLF LREGSASTEV LRTEAEQCKN LELKDLLPYG FAIHHAGMTR VDRTLVEDL FADKHIQVLV STATLAWGVN LPAHTVIIKG TQVYSPEKGR WTELGALDIL QMLGRAGRPQ YDTKGEGILI TSHGELQYYL SLLNQQLPI ESQMVSKLPD MLNAEIVLGN VQNAKDAVNW LGYAYLYIRM LRSPTLYGIS HDDLKGDPLL DQRRLDLVHT A ALMLDKNN LVKYDKKTGN FQVTELGRIA SHYYITNDTV QTYNQLLKPT LSEIELFRVF SLSSEFKNIT VREEEKLELQ KL LERVPIP VKESIEEPSA KINVLLQAFI SQLKLEGFAL MADMVYVTQS AGRLMRAIFE IVLNRGWAQL TDKTLNLCKM IDK RMWQSM CPLRQFRKLP EEVVKKIEKK NFPFERLYDL NHNEIGELIR MPKMGKTIHK YVHLFPKLEL SVHLQPITRS TLKV ELTIT PDFQWDEKVH GSSEAFWILV EDVDSEVILH HEYFLLKAKY AQDEHLITFF VPVFEPLPPQ YFIRVVSDRW LSCET QLPV SFRHLILPEK YPPPTELLDL QPLPVSALRN SAFESLYQDK FPFFNPIQTQ VFNTVYNSDD NVFVGAPTGS GKTICA EFA ILRMLLQSSE GRCVYITPME ALAEQVYMDW YEKFQDRLNK KVVLLTGETS TDLKLLGKGN IIISTPEKWD ILSRRWK QR KNVQNINLFV VDEVHLIGGE NGPVLEVICS RMRYISSQIE RPIRIVALSS SLSNAKDVAH WLGCSATSTF NFHPNVRP V PLELHIQGFN ISHTQTRLLS MAKPVYHAIT KHSPKKPVIV FVPSRKQTRL TAIDILTTCA ADIQRQRFLH CTEKDLIPY LEKLSDSTLK ETLLNGVGYL HEGLSPMERR LVEQLFSSGA IQVVVASRSL CWGMNVAAHL VIIMDTQYYN GKIHAYVDYP IYDVLQMVG HANRPLQDDE GRCVIMCQGS KKDFFKKFLY EPLPVESHLD HCMHDHFNAE IVTKTIENKQ DAVDYLTWTF L YRRMTQNP NYYNLQGISH RHLSDHLSEL VEQTLSDLEQ SKCISIEDEM DVAPLNLGMI AAYYYINYTT IELFSMSLNA KT KVRGLIE IISNAAEYEN IPIRHHEDNL LRQLAQKVPH KLNNPKFNDP HVKTNLLLQA HLSRMQLSAE LQSDTEEILS KAI RLIQAC VDVLSSNGWL SPALAAMELA QMVTQAMWSK DSYLKQLPHF TSEHIKRCTD KGVESVFDIM EMEDEERNAL LQLT DSQIA DVARFCNRYP NIELSYEVVD KDSIRSGGPV VVLVQLEREE EVTGPVIAPL FPQKREEGWW VVIGDAKSNS LISIK RLTL QQKAKVKLDF VAPATGAHNY TLYFMSDAYM GCDQEYKFSV DVKEAETDSD SD

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分子 #17: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component

分子名称: 116 kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component
タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 95.836836 KDa
配列文字列: LMEQTLPVTV YEMDFLADLM DNSELIRNVT LCGHLHHGKT CFVDCLIEQT HPEIRKRYDQ DLCYTDILFT EQERGVGIKS TPVTVVLPD TKGKSYLFNI MDTPGHVNFS DEVTAGLRIS DGVVLFIDAA EGVMLNTERL IKHAVQERLA VTVCINKIDR L ILELKLPP ...文字列:
LMEQTLPVTV YEMDFLADLM DNSELIRNVT LCGHLHHGKT CFVDCLIEQT HPEIRKRYDQ DLCYTDILFT EQERGVGIKS TPVTVVLPD TKGKSYLFNI MDTPGHVNFS DEVTAGLRIS DGVVLFIDAA EGVMLNTERL IKHAVQERLA VTVCINKIDR L ILELKLPP TDAYYKLRHI VDEVNGLISM YSTDENLILS PLLGNVCFSS SQYSICFTLG SFAKIYADTF GDINYQEFAK RL WGDIYFN PKTRKFTKKA PTSSSQRSFV EFILEPLYKI LAQVVGDVDT SLPRTLDELG IHLTKEELKL NIRPLLRLVC KKF FGEFTG FVDMCVQHIP SPKVGAKPKI EHTYTGGVDS DLGEAMSDCD PDGPLMCHTT KMYSTDDGVQ FHAFGRVLSG TIHA GQPVK VLGENYTLED EEDSQICTVG RLWISVARYH IEVNRVPAGN WVLIEGVDQP IVKTATITEP RGNEEAQIFR PLKFN TTSV IKIAVEPVNP SELPKMLDGL RKVNKSYPSL TTKVEESGEH VILGTGELYL DCVMHDLRKM YSEIDIKVAD PVVTFC ETV VETSSLKCFA ETPNKKNKIT MIAEPLEKGL AEDIENEVVQ ITWNRKKLGE FFQTKYDWDL LAARSIWAFG PDATGPN IL VDDTLPSEVD KALLGSVKDS IVQGFQWGTR EGPLCDELIR NVKFKILDAV VAQEPLHRGG GQIIPTARRV VYSAFLMA T PRLMEPYYFV EVQAPADCVS AVYTVLARRR GHVTQDAPIP GSPLYTIKAF IPAIDSFGFE TDLRTHTQGQ AFSLSVFHH WQIVPGDPLD KSIVIRPLEP QPAPHLAREF MIKTRRRKGL SEDVSISKFF DDP

+
分子 #18: Thioredoxin-like protein 4A

分子名称: Thioredoxin-like protein 4A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 16.807346 KDa
配列文字列:
MSYMLPHLHN GWQVDQAILS EEDRVVVIRF GHDWDPTCMK MDEVLYSIAE KVKNFAVIYL VDITEVPDFN KMYELYDPCT VMFFFRNKH IMIDLGTGNN NKINWAMEDK QEMVDIIETV YRGARKGRGL VVSPKDYSTK YRY

+
分子 #19: Pre-mRNA-processing factor 6

分子名称: Pre-mRNA-processing factor 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 107.092242 KDa
配列文字列: MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN ...文字列:
MNKKKKPFLG MPAPLGYVPG LGRGATGFTT RSDIGPARDA NDPVDDRHAP PGKRTVGDQM KKNQAADDDD EDLNDTNYDE FNGYAGSLF SSGPYEKDDE EADAIYAALD KRMDERRKER REQREKEEIE KYRMERPKIQ QQFSDLKRKL AEVTEEEWLS I PEVGDARN KRQRNPRYEK LTPVPDSFFA KHLQTGENHT SVDPRQTQFG GLNTPYPGGL NTPYPGGMTP GLMTPGTGEL DM RKIGQAR NTLMDMRLSQ VSDSVSGQTV VDPKGYLTDL NSMIPTHGGD INDIKKARLL LKSVRETNPH HPPAWIASAR LEE VTGKLQ VARNLIMKGT EMCPKSEDVW LEAARLQPGD TAKAVVAQAV RHLPQSVRIY IRAAELETDI RAKKRVLRKA LEHV PNSVR LWKAAVELEE PEDARIMLSR AVECCPTSVE LWLALARLET YENARKVLNK ARENIPTDRH IWITAAKLEE ANGNT QMVE KIIDRAITSL RANGVEINRE QWIQDAEECD RAGSVATCQA VMRAVIGIGI EEEDRKHTWM EDADSCVAHN ALECAR AIY AYALQVFPSK KSVWLRAAYF EKNHGTRESL EALLQRAVAH CPKAEVLWLM GAKSKWLAGD VPAARSILAL AFQANPN SE EIWLAAVKLE SENDEYERAR RLLAKARSSA PTARVFMKSV KLEWVQDNIR AAQDLCEEAL RHYEDFPKLW MMKGQIEE Q KEMMEKAREA YNQGLKKCPH STPLWLLLSR LEEKIGQLTR ARAILEKSRL KNPKNPGLWL ESVRLEYRAG LKNIANTLM AKALQECPNS GILWSEAIFL EARPQRRTKS VDALKKCEHD PHVLLAVAKL FWSQRKITKA REWFHRTVKI DSDLGDAWAF FYKFELQHG TEEQQEEVRK RCESAEPRHG ELWCAVSKDI ANWQKKIGDI LRLVAGRIKN TF

+
分子 #20: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein

分子名称: U5 small nuclear ribonucleoprotein 40 kDa protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 39.359492 KDa
配列文字列: MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC ...文字列:
MIEQQKRKGP ELPLVPVKRQ RHELLLGAGS GPGAGQQQAT PGALLQAGPP RCSSLQAPIM LLSGHEGEVY CCKFHPNGST LASAGFDRL ILLWNVYGDC DNYATLKGHS GAVMELHYNT DGSMLFSAST DKTVAVWDSE TGERVKRLKG HTSFVNSCYP A RRGPQLVC TGSDDGTVKL WDIRKKAAIQ TFQNTYQVLA VTFNDTSDQI ISGGIDNDIK VWDLRQNKLT YTMRGHADSV TG LSLSSEG SYLLSNAMDN TVRVWDVRPF APKERCVKIF QGNVHNFEKN LLRCSWSPDG SKIAAGSADR FVYVWDTTSR RIL YKLPGH AGSINEVAFH PDEPIIISAS SDKRLYMGEI Q

+
分子 #21: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23

分子名称: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA helicase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 95.785148 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAGELADKKD RDASPSKEER KRSRTPDRER DRDRDRKSSP SKDRKRHRSR DRRRGGSRSR SRSRSKSAER ERRHKERERD KERDRNKKD RDRDKDGHRR DKDRKRSSLS PGRGKDFKSR KDRDSKKDEE DEHGDKKPKA QPLSLEELLA KKKAEEEAEA K PKFLSKAE ...文字列:
MAGELADKKD RDASPSKEER KRSRTPDRER DRDRDRKSSP SKDRKRHRSR DRRRGGSRSR SRSRSKSAER ERRHKERERD KERDRNKKD RDRDKDGHRR DKDRKRSSLS PGRGKDFKSR KDRDSKKDEE DEHGDKKPKA QPLSLEELLA KKKAEEEAEA K PKFLSKAE REAEALKRRQ QEVEERQRML EEERKKRKQF QDLGRKMLED PQERERRERR ERMERETNGN EDEEGRQKIR EE KDKSKEL HAIKERYLGG IKKRRRTRHL NDRKFVFEWD ASEDTSIDYN PLYKERHQVQ LLGRGFIAGI DLKQQKREQS RFY GDLMEK RRTLEEKEQE EARLRKLRKK EAKQRWDDRH WSQKKLDEMT DRDWRIFRED YSITTKGGKI PNPIRSWKDS SLPP HILEV IDKCGYKEPT PIQRQAIPIG LQNRDIIGVA ETGSGKTAAF LIPLLVWITT LPKIDRIEES DQGPYAIILA PTREL AQQI EEETIKFGKP LGIRTVAVIG GISREDQGFR LRMGCEIVIA TPGRLIDVLE NRYLVLSRCT YVVLDEADRM IDMGFE PDV QKILEHMPVS NQKPDTDEAE DPEKMLANFE SGKHKYRQTV MFTATMPPAV ERLARSYLRR PAVVYIGSAG KPHERVE QK VFLMSESEKR KKLLAILEQG FDPPIIIFVN QKKGCDVLAK SLEKMGYNAC TLHGGKGQEQ REFALSNLKA GAKDILVA T DVAGRGIDIQ DVSMVVNYDM AKNIEDYIHR IGRTGRAGKS GVAITFLTKE DSAVFYELKQ AILESPVSSC PPELANHPD AQHKPGTILT KKRREETIFA

+
分子 #23: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 10.847495 KDa
配列文字列:
MLFYSFFKSL VGKDVVVELK NDLSICGTLH SVDQYLNIKL TDISVTDPEK YPHMLSVKNC FIRGSVVRYV QLPADEVDTQ LLQDAARKE ALQQKQ

+
分子 #24: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 11.85939 KDa
配列文字列:
MADDVDQQQT TNTVEEPLDL IRLSLDERIY VKMRNDRELR GRLHAYDQHL NMILGDVEET VTTIEIDEET YEEIYKSTKR NIPMLFVRG DGVVLVAPPL RVG

+
分子 #25: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 15.375775 KDa
配列文字列:
MLPLSLLKTA QNHPMLVELK NGETYNGHLV SCDNWMNINL REVICTSRDG DKFWRMPECY IRGSTIKYLR IPDEIIDMVK EEVVAKGRG RGGLQQQKQQ KGRGMGGAGR GVFGGRGRGG IPGTGRGQPE KKPGRQAGKQ

+
分子 #26: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.945448 KDa
配列文字列:
MAANATTNPS QLLPLELVDK CIGSRIHIVM KSDKEIVGTL LGFDDFVNMV LEDVTEFEIT PEGRRITKLD QILLNGNNIT MLVPGGEGP EV

+
分子 #27: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 9.139571 KDa
配列文字列:
MSLRKQTPSD FLKQIIGRPV VVKLNSGVDY RGVLACLDGY MNIALEQTEE YVNGQLKNKY GDAFIRGNNV LYISTQKRRM

+
分子 #28: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 11.617363 KDa
配列文字列:
MADKEKKKKE SILDLSKYID KTIRVKFQGG REASGILKGF DPLLNLVLDG TIEYMRDPDD QYKLTEDTRQ LGLVVCRGTS VVLICPQDG MEAIPNPFIQ QQDA

+
分子 #29: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

分子名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 10.410589 KDa
配列文字列:
MTSALENYIN RTVAVITSDG RMIVGTLKGF DQTINLILDE SHERVFSSSQ GVEQVVLGLY IVRGDNVAVI GEIDEETDSA LDLGNIRAE PLNSVAH

+
分子 #30: RNA-binding protein 42

分子名称: RNA-binding protein 42 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 50.477922 KDa
配列文字列: MAGAGPAPGL PGAGGPVVPG PGAGIPGKSG EERLKEMEAE MALFEQEVLG APVPGIPTAV PAVPTVPTVP TVEAMQVPAA PVIRPIIAT NTYQQVQQTL EARAAAAATV VPPMVGGPPF VGPVGFGPGD RSHLDSPEAR EAMFLRRAAV APQRAPILRP A FVPHVLQR ...文字列:
MAGAGPAPGL PGAGGPVVPG PGAGIPGKSG EERLKEMEAE MALFEQEVLG APVPGIPTAV PAVPTVPTVP TVEAMQVPAA PVIRPIIAT NTYQQVQQTL EARAAAAATV VPPMVGGPPF VGPVGFGPGD RSHLDSPEAR EAMFLRRAAV APQRAPILRP A FVPHVLQR ADSALSSAAA GPRPMALRPP HQALVGPPLP GPPGPPMMLP PMARAPGPPL GSMAALRPPL EEPAAPRELG LG LGLGLKE KEEAVVAAAA GLEEASAAVA VGAGGAPAGP AVIGPSLPLA LAMPLPEPEP LPLPLEVVRG LLPPLRIPEL LSL RPRPRP PRPEPPPGLM ALEVPEPLGE DKKKGKPEKL KRCIRTAAGS SWEDPSLLEW DADDFRIFCG DLGNEVNDDI LARA FSRFP SFLKAKVIRD KRTGKTKGYG FVSFKDPSDY VRAMREMNGK YVGSRPIKLR KSMWKDRNLD VVRKKQKEKK KLGLR

+
分子 #31: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1

分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 90.414117 KDa
配列文字列: MGSSKKHRGE KEAAGTTAAA GTGGATEQPP RHREHKKHKH RSGGSGGSGG ERRKRSRERG GERGSGRRGA EAEARSSTHG RERSQAEPS ERRVKREKRD DGYEAAASSK TSSGDASSLS IEETNKLRAK LGLKPLEVNA IKKEAGTKEE PVTADVINPM A LRQREELR ...文字列:
MGSSKKHRGE KEAAGTTAAA GTGGATEQPP RHREHKKHKH RSGGSGGSGG ERRKRSRERG GERGSGRRGA EAEARSSTHG RERSQAEPS ERRVKREKRD DGYEAAASSK TSSGDASSLS IEETNKLRAK LGLKPLEVNA IKKEAGTKEE PVTADVINPM A LRQREELR EKLAAAKEKR LLNQKLGKIK TLGEDDPWLD DTAAWIERSR QLQKEKDLAE KRAKLLEEMD QEFGVSTLVE EE FGQRRQD LYSARDLQGL TVEHAIDSFR EGETMILTLK DKGVLQEEED VLVNVNLVDK ERAEKNVELR KKKPDYLPYA EDE SVDDLA QQKPRSILSK YDEELEGERP HSFRLEQGGT ADGLRERELE EIRAKLRLQA QSLSTVGPRL ASEYLTPEEM VTFK KTKRR VKKIRKKEKE VVVRADDLLP LGDQTQDGDF GSRLRGRGRR RVSEVEEEKE PVPQPLPSDD TRVENMDISD EEEGG APPP GSPQVLEEDE AELELQKQLE KGRRLRQLQQ LQQLRDSGEK VVEIVKKLES RQRGWEEDED PERKGAIVFN ATSEFC RTL GEIPTYGLAG NREEQEELMD FERDEERSAN GGSESDGEEN IGWSTVNLDE EKQQQDFSAS STTILDEEPI VNRGLAA AL LLCQNKGLLE TTVQKVARVK APNKSLPSAV YCIEDKMAID DKYSRREEYR GFTQDFKEKD GYKPDVKIEY VDETGRKL T PKEAFRQLSH RFHGKGSGKM KTERRMKKLD EEALLKKMSS SDTPLGTVAL LQEKQKAQKT PYIVLSGSGK SMNANTITK

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分子 #32: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2

分子名称: U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 64.408445 KDa
配列文字列: MSGRSKRESR GSTRGKRESE SRGSSGRVKR ERDREREPEA ASSRGSPVRV KREFEPASAR EAPASVVPFV RVKREREVDE DSEPEREVR AKNGRVDSED RRSRHCPYLD TINRSVLDFD FEKLCSISLS HINAYACLVC GKYFQGRGLK SHAYIHSVQF S HHVFLNLH ...文字列:
MSGRSKRESR GSTRGKRESE SRGSSGRVKR ERDREREPEA ASSRGSPVRV KREFEPASAR EAPASVVPFV RVKREREVDE DSEPEREVR AKNGRVDSED RRSRHCPYLD TINRSVLDFD FEKLCSISLS HINAYACLVC GKYFQGRGLK SHAYIHSVQF S HHVFLNLH TLKFYCLPDN YEIIDSSLED ITYVLKPTFT KQQIANLDKQ AKLSRAYDGT TYLPGIVGLN NIKANDYANA VL QALSNVP PLRNYFLEED NYKNIKRPPG DIMFLLVQRF GELMRKLWNP RNFKAHVSPH EMLQAVVLCS KKTFQITKQG DGV DFLSWF LNALHSALGG TKKKKKTIVT DVFQGSMRIF TKKLPHPDLP AEEKEQLLHN DEYQETMVES TFMYLTLDLP TAPL YKDEK EQLIIPQVPL FNILAKFNGI TEKEYKTYKE NFLKRFQLTK LPPYLIFCIK RFTKNNFFVE KNPTIVNFPI TNVDL REYL SEEVQAVHKN TTYDLIANIV HDGKPSEGSY RIHVLHHGTG KWYELQDLQV TDILPQMITL SEAYIQIWKR R

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分子 #2: U4 snRNA

分子名称: U4 snRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 46.997742 KDa
配列文字列:
(M7M)AGCUUUGCG CAGUGGCAGU AUCGUAGCCA AUGAGGUUUA UCCGAGGCGC GAUUAUUGCU AAUUGAAAAC UUUUCC CAA UACCCCGCCG UGACGACUUG CAAUAUAGUC GGCAUUGGCA AUUUUUGACA GUCUCUACGG AGACUGG

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分子 #14: U5 snRNA

分子名称: U5 snRNA / タイプ: rna / ID: 14 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 37.254855 KDa
配列文字列:
AUACUCUGGU UUCUCUUCAG AUCGCAUAAA UCUUUCGCCU UUUACUAAAG AUUUCCGUGG AGAGGAACAA CUCUGAGUCU UAACCCAAU UUUUUGAGGC CUUGCUUUGG CAAGGCUA

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分子 #22: U6 snRNA

分子名称: U6 snRNA / タイプ: rna / ID: 22 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Human (ヒト)
分子量理論値: 28.34291 KDa
配列文字列:
GUGCUCGCUU CGGCAGCACA UAUACUAAAA UUGGAACGAU ACAGAGAAGA UUAGCAUGGC CCCUGCGCAA GGAUGACACG CAAAUUUU

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分子 #33: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE

分子名称: INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: IHP
分子量理論値: 660.035 Da
Chemical component information

ChemComp-IHP:
INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE / フィチン酸

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分子 #34: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #35: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #36: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.9
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHepes KOH
50.0 mMKCL
1.0 mMDTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 6.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 詳細: Wait 30s, blot for 2s to 3s..

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1147653
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

6581

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.92 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 585488
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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