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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-41100 | |||||||||
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タイトル | CCW Flagellar Switch Complex - FliF, FliG, FliM, and FliN forming 34-mer C-ring from Salmonella | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Domain Swap / Symmetry mismatch / Flagellar component / Switch complex / MOTOR PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, MS ring / bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / chemotaxis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Singh PK / Iverson TM | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis for directional rotation of the Salmonella flagellum 著者: Singh PK / Iverson TM | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_41100.map.gz | 860.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-41100-v30.xml emd-41100.xml | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_41100_fsc.xml | 28.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_41100.png | 69 KB | ||
マスクデータ | emd_41100_msk_1.map | 1.7 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-41100.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_41100_half_map_1.map.gz emd_41100_half_map_2.map.gz | 1.6 GB 1.6 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41100 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-41100 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_41100_validation.pdf.gz | 873.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_41100_full_validation.pdf.gz | 872.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_41100_validation.xml.gz | 34.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_41100_validation.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41100 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-41100 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8t8oMC 8t8pC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_41100.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.363 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_41100_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_41100_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_41100_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM,...
全体 | 名称: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM, and FliN |
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要素 |
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-超分子 #1: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM,...
超分子 | 名称: Flagellar MS-ring and C-ring complex containing FliF, FliG, FliM, and FliN タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 3.5 MDa |
-分子 #1: Flagellar M-ring protein
分子 | 名称: Flagellar M-ring protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 5.644328 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: KDEQLQQRRA NQRLGAEVMS QRIREMSDND PRVVALVIRQ WMSNDHE UniProtKB: Flagellar M-ring protein |
-分子 #2: Flagellar motor switch protein FliG
分子 | 名称: Flagellar motor switch protein FliG / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 36.890957 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSNLSGTDKS VILLMTIGED RAAEVFKHLS TREVQALSTA MANVRQISNK QLTDVLSEFE QEAEQFAALN INANEYLRSV LVKALGEER ASSLLEDILE TRDTTSGIET LNFMEPQSAA DLIRDEHPQI IATILVHLKR SQAADILALF DERLRHDVML R IATFGGVQ ...文字列: MSNLSGTDKS VILLMTIGED RAAEVFKHLS TREVQALSTA MANVRQISNK QLTDVLSEFE QEAEQFAALN INANEYLRSV LVKALGEER ASSLLEDILE TRDTTSGIET LNFMEPQSAA DLIRDEHPQI IATILVHLKR SQAADILALF DERLRHDVML R IATFGGVQ PAALAELTEV LNGLLDGQNL KRSKMGGVRT AAEIINLMKT QQEEAVITAV REFDGELAQK IIDEMFLFEN LV DVDDRSI QRLLQEVDSE SLLIALKGAE PPLREKFLRN MSQRAADILR DDLANRGPVR LSQVENEQKA ILLIVRRLAE TGE MVIGSG EDTYV UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliG |
-分子 #3: FliM,Flagellar motor switch protein FliM
分子 | 名称: FliM,Flagellar motor switch protein FliM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 34 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 33.758836 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) LQA LEIINERFAR QFRMGLFNLL RRSPDITVGA IRIQPYHEFA RNLPVPTNLN LIHLKPLRGT GLVVFSPSLV FIAVDNL FG GDGRFPTKVE ...文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) LQA LEIINERFAR QFRMGLFNLL RRSPDITVGA IRIQPYHEFA RNLPVPTNLN LIHLKPLRGT GLVVFSPSLV FIAVDNL FG GDGRFPTKVE GREFTHTEQR VINRMLKLAL EGYSDAWKAI NPLEVEYVRS EMQVKFTNIT TSPNDIVVNT PFHVEIGN L TGEFNICLPF SMIEPLRELL VNPPLENSRH EDQNWRDNLV RQVQHSELEL VANFADIPLR LSQILKLKPG DVLPIEKPD RIIAHVDGVP VLTSQYGTVN GQYALRVEHL INPILNSLNE EQPK UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliM |
-分子 #4: Flagellar motor switch protein FliN
分子 | 名称: Flagellar motor switch protein FliN / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 102 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
分子量 | 理論値: 14.801823 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MSDMNNPSDE NTGALDDLWA DALNEQKATT TKSAADAVFQ QLGGGDVSGA MQDIDLIMDI PVKLTVELGR TRMTIKELLR LTQGSVVAL DGLAGEPLDI LINGYLIAQG EVVVVADKYG VRITDIITPS ERMRRLSR UniProtKB: Flagellar motor switch protein FliN |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 51.557 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |