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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-3187 | |||||||||
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タイトル | Structure of the P2 polymerase inside in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex, with P1 included | |||||||||
マップデータ | Localized reconstruction of P2 polymerase from bacteriophage phi6 polymerase complexes assembled in vitro, together with P1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage phi6 / polymerase complex / P2 / polymerase / P1 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T=2 icosahedral viral capsid / viral procapsid / RNA uridylyltransferase activity / viral genome packaging / viral inner capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid ...T=2 icosahedral viral capsid / viral procapsid / RNA uridylyltransferase activity / viral genome packaging / viral inner capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage phi6 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.9 Å | |||||||||
データ登録者 | Ilca S / Kotecha A / Sun X / Poranen MP / Stuart DI / Huiskonen JT | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015 タイトル: Localized reconstruction of subunits from electron cryomicroscopy images of macromolecular complexes. 著者: Serban L Ilca / Abhay Kotecha / Xiaoyu Sun / Minna M Poranen / David I Stuart / Juha T Huiskonen / 要旨: Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the ...Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the rest of the complex, or are present in sub-stoichiometric amounts, limiting the attainable resolution. Here we report a general method for the localized three-dimensional reconstruction of such subunits. After determining the particle orientations, local areas corresponding to the subunits can be extracted and treated as single particles. We demonstrate the method using three examples including a flexible assembly and complexes harbouring subunits with either partial occupancy or mismatched symmetry. Most notably, the method allows accurate fitting of the monomeric RNA-dependent RNA polymerase bound at the threefold axis of symmetry inside a viral capsid, revealing for the first time its exact orientation and interactions with the capsid proteins. Localized reconstruction is expected to provide novel biological insights in a range of challenging biological systems. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_3187.map.gz | 3.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-3187-v30.xml emd-3187.xml | 13.5 KB 13.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-3187.jpg emd_3187.jpg | 173.4 KB 173.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3187 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-3187 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_3187_validation.pdf.gz | 262.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_3187_full_validation.pdf.gz | 261.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_3187_validation.xml.gz | 4.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3187 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-3187 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5fj7MC 3183C 3184C 3185C 3186C 5fj5C 5fj6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10044 (タイトル: In vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex Data size: 8.1 Data #1: Extracted particle stacks of bacteriophage phi6 polymerase complex [picked particles - multiframe - processed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_3187.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Localized reconstruction of P2 polymerase from bacteriophage phi6 polymerase complexes assembled in vitro, together with P1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.35 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from pur...
全体 | 名称: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from pur...
超分子 | 名称: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral assembly with 120 copies of P1 / Number unique components: 3 |
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-分子 #1: P1 protein from bacteriophage phi6
分子 | 名称: P1 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 120 集合状態: 60 asymmetric dimers from an icosahedral shell 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 別称: bacteriophage phi6 |
分子量 | 理論値: 85 KDa |
組換発現 | 生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) / 組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358 |
配列 | UniProtKB: Major inner protein P1 |
-分子 #2: P2 protein from bacteriophage phi6
分子 | 名称: P2 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 別称: bacteriophage phi6 |
分子量 | 理論値: 75 KDa |
組換発現 | 生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) / 組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358 |
配列 | UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase |
-分子 #3: P4 protein from bacteriophage phi6
分子 | 名称: P4 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 別称: bacteriophage phi6 |
分子量 | 理論値: 35 KDa |
組換発現 | 生物種: Pseudomonas syringae (バクテリア) / 組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358 |
配列 | UniProtKB: Packaging enzyme P4 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 20 mM Tris |
グリッド | 詳細: glow discharged Cflat grid (CF-2/1-2C-T) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 4 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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温度 | 最低: 81 K / 最高: 120 K / 平均: 81 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM LS エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
詳細 | dose rate 6-8 e-/pix/s |
日付 | 2014年6月12日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 834 / 平均電子線量: 16 e/Å2 詳細: Every image is the average of 22 frames recorded by the direct electron detector ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.1 µm / 倍率(公称値): 160000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
詳細 | After 3D classification, particles from the classes that contained P2 were selected |
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CTF補正 | 詳細: Each particle |
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.9 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion 詳細: Final map was postprocessed in Relion. Inverse B-factor of 515 was applied. 使用した粒子像数: 43216 |
最終 2次元分類 | クラス数: 5 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, COOT, Phenix |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT |
得られたモデル | PDB-5fj7: |