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- EMDB-26759: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26759
タイトルLocally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1 complex (ATP-bound) with MoFeP during catalytic N2 reduction
マップデータdeepEMhancer sharpened map
試料
  • 複合体: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1 complex (ATP-bound) with MoFeP during catalytic N2 reduction
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase iron protein gamma chain
キーワードnitrogenase / FeP / nitrogen fixation / nitrogenase complex / OXIDOREDUCTASE
生物種Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Rutledge HL / Cook B / Tezcan FA / Herzik MA
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM099813 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM138206 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32 GM008326 米国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)80NSSC18M0093 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structures of the nitrogenase complex prepared under catalytic turnover conditions.
著者: Hannah L Rutledge / Brian D Cook / Hoang P M Nguyen / Mark A Herzik / F Akif Tezcan /
要旨: The enzyme nitrogenase couples adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to the multielectron reduction of atmospheric dinitrogen into ammonia. Despite extensive research, the mechanistic details of ...The enzyme nitrogenase couples adenosine triphosphate (ATP) hydrolysis to the multielectron reduction of atmospheric dinitrogen into ammonia. Despite extensive research, the mechanistic details of ATP-dependent energy transduction and dinitrogen reduction by nitrogenase are not well understood, requiring new strategies to monitor its structural dynamics during catalytic action. Here, we report cryo-electron microscopy structures of the nitrogenase complex prepared under enzymatic turnover conditions. We observe that asymmetry governs all aspects of the nitrogenase mechanism, including ATP hydrolysis, protein-protein interactions, and catalysis. Conformational changes near the catalytic iron-molybdenum cofactor are correlated with the nucleotide-hydrolysis state of the enzyme.
履歴
登録2022年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年8月17日-
マップ公開2022年8月17日-
更新2024年1月17日-
現状2024年1月17日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26759.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26759.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈deepEMhancer sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å		0.84 Å/pix.
x 384 pix.
= 320.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.835 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.09
最小 - 最大-0.054129638 - 1.7228051
平均 (標準偏差)0.0005479099 (±0.012617971)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 320.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26759_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_26759_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gold-standard half map A

ファイルemd_26759_half_map_1.map
注釈gold-standard half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: gold-standard half map B

ファイルemd_26759_half_map_2.map
注釈gold-standard half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1...

全体名称: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1 complex (ATP-bound) with MoFeP during catalytic N2 reduction
要素
  • 複合体: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1 complex (ATP-bound) with MoFeP during catalytic N2 reduction
    • タンパク質・ペプチド: Nitrogenase iron protein gamma chain

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超分子 #1: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1...

超分子名称: Locally refined cryoEM map of Azotobacter vinelandii FeP in a 1:1 complex (ATP-bound) with MoFeP during catalytic N2 reduction
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Wild-type MoFeP and FeP were purified from the native organism, Azotobacter vinelandii. This map is the locally refined map for the FeP portion of the 1:1 complex.
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
分子量理論値: 63 KDa

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分子 #1: Nitrogenase iron protein gamma chain

分子名称: Nitrogenase iron protein gamma chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Azotobacter vinelandii DJ (窒素固定)
配列文字列: MAMRQCAIYG KGGIGKSTTT QNLVAALAEM GKKVMIVGCD PKADSTRLIL HSKAQNTIME MAAEAGTVE DLELEDVLKA GYGGVKCVES GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYEDD L DFVFYDVL GDVVCGGFAM PIRENKAQEI YIVCSGEMMA MYAANNISKG ...文字列:
MAMRQCAIYG KGGIGKSTTT QNLVAALAEM GKKVMIVGCD PKADSTRLIL HSKAQNTIME MAAEAGTVE DLELEDVLKA GYGGVKCVES GGPEPGVGCA GRGVITAINF LEEEGAYEDD L DFVFYDVL GDVVCGGFAM PIRENKAQEI YIVCSGEMMA MYAANNISKG IVKYANSGSV RL GGLICNS RNTDREDELI IALANKLGTQ MIHFVPRDNV VQRAEIRRMT VIEYDPKAKQ ADE YRALAR KVVDNKLLVI PNPITMDELE ELLMEFGIME VEDESIVGKT AEEV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.6 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
20.0 mM(HOCH2)3CNH2TRIS
25.0 mMNaClsodium chloride

詳細: Solutions were prepared and filtered immediately prior to the experiment.
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Custom manual plunger. Greater than 95% humidity..
詳細3.6 mg/mL FeP Sample also contained 1.44 mg/mL MoFeP

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
温度最低: 93.0 K / 最高: 123.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14903 / 平均電子線量: 65.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 135000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 19711170
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4wza


詳細: Used chains E,F for FeP
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2) / 使用した粒子像数: 38099
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0/beta2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0/beta2)
最終 3次元分類クラス数: 4 / 平均メンバー数/クラス: 42412 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4wza


Chain - Chain ID: EF / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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