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- EMDB-24546: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-24546
タイトルE. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38
マップデータE. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) sharpened map
試料
  • 複合体: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.5 Å
データ登録者Rabuck-Gibbons JN / Lyumkis D / Williamson JR
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)DP5-OD021396 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 AI150472 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35-GM136412 米国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Quantitative mining of compositional heterogeneity in cryo-EM datasets of ribosome assembly intermediates.
著者: Jessica N Rabuck-Gibbons / Dmitry Lyumkis / James R Williamson /
要旨: Single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) offers a unique opportunity to characterize macromolecular structural heterogeneity by virtue of its ability to place distinct particle populations ...Single-particle cryoelectron microscopy (cryo-EM) offers a unique opportunity to characterize macromolecular structural heterogeneity by virtue of its ability to place distinct particle populations into different groups through computational classification. However, there is a dearth of tools for surveying the heterogeneity landscape, quantitatively analyzing heterogeneous particle populations after classification, deciding how many unique classes are represented by the data, and accurately cross-comparing reconstructions. Here, we develop a workflow that contains discovery and analysis modules to quantitatively mine cryo-EM data for sets of structures with maximal diversity. This workflow was applied to a dataset of E. coli 50S ribosome assembly intermediates, which are characterized by significant structural heterogeneity. We identified more detailed branchpoints in the assembly process and characterized the interactions of an assembly factor with immature intermediates. While the tools described here were developed for ribosome assembly, they should be broadly applicable to the analysis of other heterogeneous cryo-EM datasets.
履歴
登録2021年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年12月29日-
マップ公開2021年12月29日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 4.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 4.9
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_24546.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_24546.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å		1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å		1.31 Å/pix.
x 320 pix.
= 419.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.31 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 4.9 / ムービー #1: 4.9
最小 - 最大-4.92211 - 16.553162
平均 (標準偏差)-0.48954862 (±1.1003437)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 419.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.311.311.31
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z419.200419.200419.200
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ448448448
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-4.92216.553-0.490

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添付データ

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追加マップ: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class)...

ファイルemd_24546_additional_1.map
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class)...

ファイルemd_24546_additional_2.map
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) binarized map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class)...

ファイルemd_24546_additional_3.map
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) binned, unmasked map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class)...

ファイルemd_24546_half_map_1.map
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) odd halfmap
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class)...

ファイルemd_24546_half_map_2.map
注釈E. coli bL17-limitation ribosome assembly intermediate #38 (C-class) even halfmap
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38

全体名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38
要素
  • 複合体: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38

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超分子 #1: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38

超分子名称: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: bL17-depleted large ribosomal subunit assembly intermediate #38
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: NCM3722
分子量理論値: 1.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式
20.0 mMTrisHCl
100.0 mMNH4Cl
10.0 mMMgCl2
0.5 mMEDTA
6.0 mMb-mercaptoethanol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: 3 ul of this sample was added to 3 plasma cleaned (Gatan, Solarus) 1.2mm hole, 1.3mm spacing holey gold grids (Russo and Passmore, 2014). Grids were manually frozen in liquid ethane..
詳細depleted ribosome assembly intermediate purified by sucrose gradient

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細In order to account for highly preferred orientation of the specimen, data was acquired using a tilt of -20 degrees.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-50 / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 833 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / 使用した粒子像数: 4818
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X) / 詳細: FrealignX
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: FREALIGN (ver. X)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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