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万見
- EMDB-22895: Low resolution map of the nucleosome remodelling and deacetylase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22895
タイトルLow resolution map of the nucleosome remodelling and deacetylase complex from MEL cells.
マップデータMap of the nucleosome remodelling and deacetylase complex (NuRD) produced using negative-stained electron microscopy images analyzed in Cryosparc.
試料
  • 複合体: Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purified from MEL cells
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 14.0 Å
データ登録者Jackman MJ / Landsberg MJ / Mackay JP
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)1126357 オーストラリア
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020
タイトル: The Nucleosome Remodeling and Deacetylase Complex Has an Asymmetric, Dynamic, and Modular Architecture.
著者: Jason K K Low / Ana P G Silva / Mehdi Sharifi Tabar / Mario Torrado / Sarah R Webb / Benjamin L Parker / Maryam Sana / Callum Smits / Jason W Schmidberger / Lou Brillault / Matthew J Jackman ...著者: Jason K K Low / Ana P G Silva / Mehdi Sharifi Tabar / Mario Torrado / Sarah R Webb / Benjamin L Parker / Maryam Sana / Callum Smits / Jason W Schmidberger / Lou Brillault / Matthew J Jackman / David C Williams / Gerd A Blobel / Sandra B Hake / Nicholas E Shepherd / Michael J Landsberg / Joel P Mackay /
要旨: The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is essential for metazoan development but has been refractory to biochemical analysis. We present an integrated analysis of the native ...The nucleosome remodeling and deacetylase (NuRD) complex is essential for metazoan development but has been refractory to biochemical analysis. We present an integrated analysis of the native mammalian NuRD complex, combining quantitative mass spectrometry, cross-linking, protein biochemistry, and electron microscopy to define the architecture of the complex. NuRD is built from a 2:2:4 (MTA, HDAC, and RBBP) deacetylase module and a 1:1:1 (MBD, GATAD2, and Chromodomain-Helicase-DNA-binding [CHD]) remodeling module, and the complex displays considerable structural dynamics. The enigmatic GATAD2 controls the asymmetry of the complex and directly recruits the CHD remodeler. The MTA-MBD interaction acts as a point of functional switching, with the transcriptional regulator PWWP2A competing with MBD for binding to the MTA-HDAC-RBBP subcomplex. Overall, our data address the long-running controversy over NuRD stoichiometry, provide imaging of the mammalian NuRD complex, and establish the biochemical mechanism by which PWWP2A can regulate NuRD composition.
履歴
登録2020年10月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月9日-
マップ公開2020年12月9日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22895.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22895.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the nucleosome remodelling and deacetylase complex (NuRD) produced using negative-stained electron microscopy images analyzed in Cryosparc.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 651. Å		2.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 651. Å		2.17 Å/pix.
x 300 pix.
= 651. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.17 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.655235 - 4.7355237
平均 (標準偏差)-0.009246632 (±0.17418209)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 651.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.172.172.17
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z651.000651.000651.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ937643
NX/NY/NZ114126230
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.6554.736-0.009

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purifie...

全体名称: Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purified from MEL cells
要素
  • 複合体: Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purified from MEL cells

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超分子 #1: Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purifie...

超分子名称: Endogenous nucleosome remodelling and deacetylase complex purified from MEL cells
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Purified using a GST-tagged column bound by a recombinant GST-FOG1 protein; crosslinked using GraFix
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 器官: Spleen / Organelle: Nucleus
分子量実験値: 955 KDa

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
染色タイプ: NEGATIVE / 材質: Uranyl acetate

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 12
撮影フィルム・検出器のモデル: OTHER / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 100.0 e/Å2
詳細: Images recorded on a DE LC1100 lens coupled CCD detector. Estimated dose.
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 111503
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 42000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.14.2)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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