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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17968 | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of lumazine synthase determined by cryoEM at 100 keV | |||||||||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | LUMAZINE SYNTHASE / TRANSFERASE | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase activity / riboflavin synthase complex / riboflavin biosynthetic process / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus (バクテリア) | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y ...McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y / Hutchings KA / Gittins O / Sobhy M / Wells T / El-Gomati MM / Dalby J / Meffert M / Schulze-Briese C / Henderson R / Russo CJ | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 英国, 6件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2023 タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV. 著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo / 要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17968.map.gz | 23 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17968-v30.xml emd-17968.xml | 17.5 KB 17.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17968_fsc.xml | 11.4 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17968.png | 123.6 KB | ||
マスクデータ | emd_17968_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-17968.cif.gz | 6 KB | ||
その他 | emd_17968_half_map_1.map.gz emd_17968_half_map_2.map.gz | 98.3 MB 98.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17968 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17968 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17968_validation.pdf.gz | 962.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17968_full_validation.pdf.gz | 962.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17968_validation.xml.gz | 18.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17968_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17968 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17968 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pvjMC 8pv9C 8pvaC 8pvbC 8pvcC 8pvdC 8pveC 8pvfC 8pvgC 8pvhC 8pviC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17968.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8285 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_17968_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17968_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17968_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : lumazine synthase
全体 | 名称: lumazine synthase |
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要素 |
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-超分子 #1: lumazine synthase
超分子 | 名称: lumazine synthase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
-分子 #1: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase
分子 | 名称: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
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由来(天然) | 生物種: Aquifex aeolicus (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.76935 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQIYEGKLTA EGLRFGIVAS RFNHALVDRL VEGAIDCIVR HGGREEDITL VRVPGSWEIP VAAGELARKE DIDAVIAIGV LIRGATPHF DYIASEVSKG LANLSLELRK PITFGVITAD TLEQAIERAG TKHGNKGWEA ALSAIEMANL FKSLRWSHPQ F EK UniProtKB: 6,7-dimethyl-8-ribityllumazine synthase |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1400/HR + YPS FEG |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k) 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |