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万見
- EMDB-15872: Subtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosom... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15872
タイトルSubtomogram Average of Soluble and ER Membrane-Associated Ribosomes in the Classical Pre+ State
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Ribosome in the Decoding-Sampling state
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.6 Å
データ登録者Gemmer M / Fedry JMM / Forster FG
資金援助European Union, オランダ, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)724425European Union
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)724.016.001 オランダ
引用ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Visualization of translation and protein biogenesis at the ER membrane.
著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C ...著者: Max Gemmer / Marten L Chaillet / Joyce van Loenhout / Rodrigo Cuevas Arenas / Dimitrios Vismpas / Mariska Gröllers-Mulderij / Fujiet A Koh / Pascal Albanese / Richard A Scheltema / Stuart C Howes / Abhay Kotecha / Juliette Fedry / Friedrich Förster /
要旨: The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane ...The dynamic ribosome-translocon complex, which resides at the endoplasmic reticulum (ER) membrane, produces a major fraction of the human proteome. It governs the synthesis, translocation, membrane insertion, N-glycosylation, folding and disulfide-bond formation of nascent proteins. Although individual components of this machinery have been studied at high resolution in isolation, insights into their interplay in the native membrane remain limited. Here we use cryo-electron tomography, extensive classification and molecular modelling to capture snapshots of mRNA translation and protein maturation at the ER membrane at molecular resolution. We identify a highly abundant classical pre-translocation intermediate with eukaryotic elongation factor 1a (eEF1a) in an extended conformation, suggesting that eEF1a may remain associated with the ribosome after GTP hydrolysis during proofreading. At the ER membrane, distinct polysomes bind to different ER translocons specialized in the synthesis of proteins with signal peptides or multipass transmembrane proteins with the translocon-associated protein complex (TRAP) present in both. The near-complete atomic model of the most abundant ER translocon variant comprising the protein-conducting channel SEC61, TRAP and the oligosaccharyltransferase complex A (OSTA) reveals specific interactions of TRAP with other translocon components. We observe stoichiometric and sub-stoichiometric cofactors associated with OSTA, which are likely to include protein isomerases. In sum, we visualize ER-bound polysomes with their coordinated downstream machinery.
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2023年2月8日-
現状2023年2月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15872.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15872.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 160.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å		1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å		1.72 Å/pix.
x 348 pix.
= 599.952 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.724 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0016
最小 - 最大-0.0040931 - 0.0081614675
平均 (標準偏差)4.0541763e-05 (±0.00037499293)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ348348348
Spacing348348348
セルA=B=C: 599.95197 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15872_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15872_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ribosome in the Decoding-Sampling state

全体名称: Ribosome in the Decoding-Sampling state
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Ribosome in the Decoding-Sampling state

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超分子 #1: Ribosome in the Decoding-Sampling state

超分子名称: Ribosome in the Decoding-Sampling state / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
詳細: Soluble and ER membrane-bound ribosomes in the Decoding-Sampling state
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 詳細: Manual plunger.
詳細ER-derived vesicles decorated with cytosolic ribosomes.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 7-7 / 撮影したグリッド数: 8 / 平均露光時間: 0.7 sec. / 平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 79000
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 40035
抽出トモグラム数: 869 / 使用した粒子像数: 134350
参照モデル: Subtomogram average of ER membrane-associated ribosome
手法: Template matching / ソフトウェア - 名称: PyTom (ver. 0.994)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.1)
最終 角度割当タイプ: OTHER

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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