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- EMDB-0922: Cryo-EM structure of the CALHM chimeric construct (8-mer) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0922
タイトルCryo-EM structure of the CALHM chimeric construct (8-mer)
マップデータ
試料
  • 複合体: CALHM
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator 1,Calcium homeostasis modulator protein 2
キーワードchannel / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of microglial cell activation / ATP export / calcium ion import / monoatomic cation channel activity / regulation of synaptic plasticity / calcium channel activity / basolateral plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium homeostasis modulator 1 / Calcium homeostasis modulator protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Oryzias latipes (ヒメダカ) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Demura K / Kusakizako T
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies.
著者: Kanae Demura / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Masahiro Hiraizumi / Kengo Nomura / Hiroto Shimada / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Akiyuki Taruno / Osamu Nureki /
要旨: Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we ...Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we present the cryo-electron microscopy (EM) structures of killifish CALHM1, human CALHM2, and CLHM-1 at resolutions of 2.66, 3.4, and 3.6 Å, respectively. The CALHM1 octamer structure reveals that the N-terminal helix forms the constriction site at the channel pore in the open state and modulates the ATP conductance. The CALHM2 undecamer and CLHM-1 nonamer structures show the different oligomeric stoichiometries among CALHM homologs. We further report the cryo-EM structures of the chimeric construct, revealing that the intersubunit interactions at the transmembrane domain (TMD) and the TMD-intracellular domain linker define the oligomeric stoichiometry. These findings advance our understanding of the ATP conduction and oligomerization mechanisms of CALHM channels.
履歴
登録2019年12月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2025年7月2日-
現状2025年7月2日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6lmw
  • 表面レベル: 0.038
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0922.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0922.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 23 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.41 Å/pix.
x 182 pix.
= 257.301 Å		1.41 Å/pix.
x 182 pix.
= 257.301 Å		1.41 Å/pix.
x 182 pix.
= 257.301 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.41374 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.038 / ムービー #1: 0.038
最小 - 最大-0.18748961 - 0.34122273
平均 (標準偏差)0.00039289743 (±0.008254713)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ182182182
Spacing182182182
セルA=B=C: 257.3007 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41374175824181.41374175824181.4137417582418
M x/y/z182182182
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z257.301257.301257.301
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS182182182
D min/max/mean-0.1870.3410.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0922_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_0922_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_0922_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : CALHM

全体名称: CALHM
要素
  • 複合体: CALHM
    • タンパク質・ペプチド: Calcium homeostasis modulator 1,Calcium homeostasis modulator protein 2

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超分子 #1: CALHM

超分子名称: CALHM / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Oryzias latipes (ヒメダカ)

-
分子 #1: Calcium homeostasis modulator 1,Calcium homeostasis modulator pro...

分子名称: Calcium homeostasis modulator 1,Calcium homeostasis modulator protein 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 37.417203 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MDKFRMMFQF LQSNQESFMN GICGIMALAS AQMYSSFEFS CPCMPEYNYT YGIGLLIIPP IWFFLLGFVL NNNVSVLAEE WKRPTGRRT KDPSVLRYML CSITQRSLIA PAVWVSVTLM DGKSFLCAFS INLDIEKFGN ASLVIGMTET EKLKFLARIP C KDLFEDNE ...文字列:
MDKFRMMFQF LQSNQESFMN GICGIMALAS AQMYSSFEFS CPCMPEYNYT YGIGLLIIPP IWFFLLGFVL NNNVSVLAEE WKRPTGRRT KDPSVLRYML CSITQRSLIA PAVWVSVTLM DGKSFLCAFS INLDIEKFGN ASLVIGMTET EKLKFLARIP C KDLFEDNE VRVAATRYIK CISQACGWMF LLMMTFTAFL IRAIRPCFTQ ASYRQEAYWA QYRANEDQLF QRTAEVHSRV LA ANNVRRF FGFVALNKDD EELIANFPVE GTQPRPQWNA ITGVYLYREN QGLPLYSRLH KWAQGLAGNG AAPDNVEMAL LPS ENLYFQ

UniProtKB: Calcium homeostasis modulator 1, Calcium homeostasis modulator protein 2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 233566
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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