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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0594 | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of full length TRPV5 in nanodisc | |||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | sharpened map of TRPV5 in nanodisc | |||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ion channel / TRP channel / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding ...regulation of urine volume / calcium ion import across plasma membrane / calcium ion homeostasis / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / calcium ion transport / protein homotetramerization / calmodulin binding / apical plasma membrane / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Oryctolagus cuniculus (ウサギ) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Dang S / van Goor MK | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, オランダ, European Union, フランス, 8件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: Structural insight into TRPV5 channel function and modulation. 著者: Shangyu Dang / Mark K van Goor / Daniel Asarnow / YongQiang Wang / David Julius / Yifan Cheng / Jenny van der Wijst / 要旨: TRPV5 (transient receptor potential vanilloid 5) is a unique calcium-selective TRP channel essential for calcium homeostasis. Unlike other TRPV channels, TRPV5 and its close homolog, TRPV6, do not ...TRPV5 (transient receptor potential vanilloid 5) is a unique calcium-selective TRP channel essential for calcium homeostasis. Unlike other TRPV channels, TRPV5 and its close homolog, TRPV6, do not exhibit thermosensitivity or ligand-dependent activation but are constitutively open at physiological membrane potentials and modulated by calmodulin (CaM) in a calcium-dependent manner. Here we report high-resolution electron cryomicroscopy structures of truncated and full-length TRPV5 in lipid nanodiscs, as well as of a TRPV5 W583A mutant and TRPV5 in complex with CaM. These structures highlight the mechanism of calcium regulation and reveal a flexible stoichiometry of CaM binding to TRPV5. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0594.map.gz | 4.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0594-v30.xml emd-0594.xml | 18 KB 18 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0594.png | 88.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0594.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_0594_additional.map.gz | 31.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0594 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0594_validation.pdf.gz | 389.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0594_full_validation.pdf.gz | 389.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0594_validation.xml.gz | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0594_validation.cif.gz | 7.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0594 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0594 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6o1pMC 0593C 0605C 0607C 6o1nC 6o1uC 6o20C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10254 (タイトル: Cryo-EM structure of TRPV5 full length in nanodisc Data size: 100.1 Data #1: Automated picked particle stack of TRPV5 full length in nanodisc [picked particles - single frame - unprocessed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0594.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map of TRPV5 in nanodisc | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.059 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map of TRPV5 in nanodisc
ファイル | emd_0594_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map of TRPV5 in nanodisc | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRPV5 ion channel
全体 | 名称: TRPV5 ion channel |
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要素 |
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-超分子 #1: TRPV5 ion channel
超分子 | 名称: TRPV5 ion channel / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
-分子 #1: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5
分子 | 名称: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ) |
分子量 | 理論値: 82.899656 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS ...文字列: MGACPPKAKG PWAQLQKLLI SWPVGEQDWE QYRDRVNMLQ QERIRDSPLL QAAKENDLRL LKILLLNQSC DFQQRGAVGE TALHVAALY DNLEAATLLM EAAPELAKEP ALCEPFVGQT ALHIAVMNQN LNLVRALLAR GASVSARATG AAFRRSPHNL I YYGEHPLS FAACVGSEEI VRLLIEHGAD IRAQDSLGNT VLHILILQPN KTFACQMYNL LLSYDEHSDH LQSLELVPNH QG LTPFKLA GVEGNTVMFQ HLMQKRKHVQ WTCGPLTSTL YDLTEIDSWG EELSFLELVV SSKKREARQI LEQTPVKELV SFK WKKYGR PYFCVLASLY ILYMICFTTC CIYRPLKLRD DNRTDPRDIT ILQQKLLQEA YVTHQDNIRL VGELVTVTGA VIIL LLEIP DIFRVGASRY FGQTILGGPF HVIIITYASL VLLTMVMRLT NMNGEVVPLS FALVLGWCSV MYFARGFQML GPFTI MIQK MIFGDLMRFC WLMAVVILGF ASAFHITFQT EDPNNLGEFS DYPTALFSTF ELFLTIIDGP ANYSVDLPFM YCITYA AFA IIATLLMLNL FIAMMGDTHW RVAQERDELW RAQVVATTVM LERKMPRFLW PRSGICGYEY GLGDRWFLRV ENHHDQN PL RVLRYVEAFK CSDKEDGQEQ LSEKRPSTVE SGMLSRASVA FQTPSLSRTT SQSSNSHRGW EILRRNTLGH LNLGLDLG E GDGEEVYHF UniProtKB: Transient receptor potential cation channel subfamily V member 5 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 101.325 kPa | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 930 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 64.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |