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- PDB-1lwb: Crystal structure of prokaryotic phospholipase A2 at atomic resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lwb
タイトルCrystal structure of prokaryotic phospholipase A2 at atomic resolution
要素putative secreted protein
キーワードHYDROLASE / Phospholipase A2 / atomic resolution / internal motion
機能・相同性
機能・相同性情報


A2-type glycerophospholipase activity / arachidonate secretion / phospholipid metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, prokaryotic/fungal / Prokaryotic phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Phospholipase A2 / Secreted protein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces violaceoruber (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.05 Å
データ登録者Matoba, Y. / Sugiyama, M.
引用
ジャーナル: PROTEINS: STRUCT.,FUNCT.,GENET. / 年: 2003
タイトル: Atomic resolution structure of prokaryotic phospholipase A2: Analysis of internal motion and implication for a catalytic mechanism.
著者: Matoba, Y. / Sugiyama, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: The crystal structure of prokaryotic phospholipase A2
著者: Matoba, Y. / Katsube, Y. / Sugiyama, M.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: A novel prokaryotic phospholipase A2. Characterizaton, gene cloning and solution structure
著者: Sugiyama, M. / Ohtani, K. / Izuhara, M. / Koike, T. / Suzuki, K. / Imamura, S. / Misaki, H.
履歴
登録2002年5月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02003年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: putative secreted protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5711
ポリマ－13,5711
非ポリマー00
水3,189177
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)29.340, 57.495, 31.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細This enzyme is a monomeric protein in solution.

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要素

#1: タンパク質 putative secreted protein / Phospholipase A2


分子量: 13570.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces violaceoruber (バクテリア)
プラスミド: pIJ680 / 生物種 (発現宿主): Streptomyces lividans / 発現宿主: Streptomyces lividans TK24 (バクテリア) / 株 (発現宿主): TK24
参照: UniProt: Q9Z4W2, UniProt: Q6UV28*PLUS, phospholipase A2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 177 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 17.1 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: PEG 6000, lithium sulfate, sodium cacodylate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
結晶化
*PLUS
温度: 297 K / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Matoba, Y., (2002) J.Biol.Chem., 277, 20059.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mMTris-HCl1drop
220 mM1dropCaCl2
320 mg/mlprotein1drop
414 %(w/v)PEG60001reservoir
50.2 M1reservoirLi2SO4
60.1 Msodium cacodylate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 297 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 0.71073 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.71073 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.923→100 Å / Num. obs: 45532 / % possible obs: 67.48 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.65 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 8.21
反射 シェル解像度: 0.923→0.954 Å / Rmerge(I) obs: 0.228 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique all: 1418 / % possible all: 22.75
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 22.75 % / Num. unique obs: 1418 / Mean I/σ(I) obs: 5.82

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
SHELXL-97精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FAZ

1faz


解像度: 1.05→10 Å / Num. parameters: 10812 / Num. restraintsaints: 13414 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: ANISOTROPIC TEMPERATURE FACTOR WAS INTRODUCED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.1034 ---
all0.1034 37649 --
obs0.1034 37649 82.2 %-
Rfree-3423 9.1 %RANDOM
Refine analyzeNum. disordered residues: 34 / Occupancy sum hydrogen: 844 / Occupancy sum non hydrogen: 1120.7
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.05→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1852 0 0 202 2054
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.022
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.0225
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.104
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.128
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.035
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.044
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.132
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 97 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.1037 / Rfactor obs: 0.103 / Rfactor Rwork: 0.097
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg2.5
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_deg20.9
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_deg2.03

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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