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万見
- PDB-1l2m: Minimized Average Structure of the N-terminal, DNA-binding domain... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l2m
タイトルMinimized Average Structure of the N-terminal, DNA-binding domain of the replication initiation protein from a geminivirus (Tomato yellow leaf curl virus-Sardinia)
要素Rep protein
キーワードVIRAL PROTEIN / a+b fold / RBD-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA endonuclease activity, producing 5'-phosphomonoesters / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / nucleotidyltransferase activity / helicase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA replication / host cell nucleus / structural molecule activity / DNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Geminivirus AL1, replication-associated protein / Geminivirus AL1 replication-associated protein, CLV type / Geminivirus AL1 replication-associated protein, central domain / Geminivirus Rep catalytic domain / Geminivirus rep protein central domain / : / CRESS-DNA virus replication initiator protein (Rep) endonuclease domain profile. / Replication Protein E1; Chain: A, - #20 / Replication Protein E1; Chain: A, / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Replication-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Tomato yellow leaf curl Sardinia virus (ウイルス)
手法溶液NMR / torsion angle simulated anhealing
Model type detailsminimized average
データ登録者Campos-Olivas, R. / Louis, J.M. / Clerot, D. / Gronenborn, B. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2002
タイトル: The structure of a replication initiator unites diverse aspects of nucleic acid metabolism
著者: Campos-Olivas, R. / Louis, J.M. / Clerot, D. / Gronenborn, B. / Gronenborn, A.M.
履歴
登録2002年2月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年9月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rep protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5831
ポリマ－13,5831
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデルminimized average structure

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要素

#1: タンパク質 Rep protein


分子量: 13583.302 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal domain (residues 4-121), DNA-binding domain
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Tomato yellow leaf curl Sardinia virus (ウイルス)
属: Begomovirus / 遺伝子: rep / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P27260

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1232D NOESY
1313D 15N-separated NOESY
141HNHA
151HNHB
1624D 13C/15N-separated NOESY
1712D HN(CO)CG arom
1812D HNCO arom
1914D 13C,13C NOESY
NMR実験の詳細Text: This entry contains the minimized average structure of the 30-conformer ensemble deposited under code 1L5I. The single model included in this entry is a good representation of the 30-conformer ensemble.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8-1.0mM [10%-13C;U-99% 15N] rep4-121, sodium phosphate 20mM, NaCl 100mM, DTT 1mM8%D2O,92%H2O
20.8-1.0mM [U-13C;U-99% 15N] rep4-121, sodium phosphate 20mM, NaCl 100mM, DTT 1mM8%D2O,92%H2O
30.8-1.0mM [10%-13C;U-99% 15N] rep4-121, sodium phosphate 20mM, NaCl 100mM, DTT 1mM100% D2O
40.8-1.0mM [U-13C;U-99% 15N] rep4-121, sodium phosphate 20mM, NaCl 100mM, DTT 1mM100% D2O
試料状態イオン強度: 0.3M / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX5001
Bruker DMXBrukerDMX6002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker DMXBrukerDMX7504
Bruker DRXBrukerDRX8005

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解析

NMR software
名称バージョン分類
NMRPipe解析
NMRView4.1.1データ解析
TALOSデータ解析
DYANA構造決定
DYANA精密化
精密化手法: torsion angle simulated anhealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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