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万見
- PDB-1l1e: Crystal Structure of Mycolic Acid Cyclopropane Synthase PcaA Comp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1l1e
タイトルCrystal Structure of Mycolic Acid Cyclopropane Synthase PcaA Complexed with S-adenosyl-L-homocysteine
要素mycolic acid synthase
キーワードTRANSFERASE / METHYLTRANSFERASE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE COFACTOR / ALPHA/BETA / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase / cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / S-adenosylmethionine metabolic process / mycolic acid biosynthetic process / symbiont-mediated evasion of host immune response / lipid biosynthetic process / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Mycolic acid cyclopropane synthase / : / Mycolic acid cyclopropane synthetase / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Cyclopropane mycolic acid synthase 3 / Cyclopropane mycolic acid synthase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Glickman, M.S. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of mycolic acid cyclopropane synthases from Mycobacterium tuberculosis.
著者: Huang, C.-C. / Smith, C.V. / Glickman, M.S. / Jacobs Jr., W.R. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2002年2月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mycolic acid synthase
B: mycolic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,0306
ポリマ－66,1412
非ポリマー8894
水3,603200
1
A: mycolic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5153
ポリマ－33,0711
非ポリマー4442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: mycolic acid synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5153
ポリマ－33,0711
非ポリマー4442
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.340, 45.340, 446.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細Biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質 mycolic acid synthase / PcaA cyclopropane synthase


分子量: 33070.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pcaA / プラスミド: pET30b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q7D9R5, UniProt: P9WPB3*PLUS, cyclopropane-fatty-acyl-phospholipid synthase
#2: 化合物 ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#3: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: PEG 6000, sodium acetate, n-octanoylsucrose, S-adenosyl-L-homocysteine, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 14-BM-C11
シンクロトロンAPS 14-BM-D20.9793, 0.9795, 0.9641
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 41CCD2000年8月20日bent conical Si-mirror (Rh coating) bend cylindrical Ge(111) monochromator
ADSC QUANTUM 42CCD2000年3月10日bent cylindrical Si-mirror (Rh coating) Si(111) double-crystal monochromato
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1bend cylindrical Ge(111) monochromatorSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) double-crystal monochromatorMADMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
111
20.97931
30.97951
40.96411
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 33417 / Num. obs: 33305 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / Biso Wilson estimate: 19.3 Å2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2→28.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 450578.69 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The electron density in the region of A175 to A180 was weak. The main chain was built in; however, there is some difficulty in fitting the side chain of Glu176, leading to a close contact ...詳細: The electron density in the region of A175 to A180 was weak. The main chain was built in; however, there is some difficulty in fitting the side chain of Glu176, leading to a close contact with Lys180. The electron density corresponding to residues B176-B187 was not present. These residues were not built into the model.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27 1619 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.235 33417 --
obs0.222 32625 95.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 37.1262 Å2 / ksol: 0.288251 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 33.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2 Å21.83 Å20 Å2
2--2 Å20 Å2
3----4.01 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.31 Å0.24 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.24 Å0.14 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→28.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4331 0 60 200 4591
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.84
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.32
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.062
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.892.5
LS精密化 シェル解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 204 4.9 %
Rwork0.231 3932 -
obs--71.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3SAH.PARAMSAH.TOP
X-RAY DIFFRACTION4ION.PARAMION.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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