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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1l0d | ||||||
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タイトル | X-ray Crystal Structure of AmpC S64D Mutant beta-Lactamase | ||||||
要素 | beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / amide hydrolase / beta-lactamase / mutant enzyme | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å | ||||||
データ登録者 | Beadle, B.M. / Shoichet, B.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002 タイトル: Structural bases of stability-function tradeoffs in enzymes. 著者: Beadle, B.M. / Shoichet, B.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1l0d.cif.gz | 159.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1l0d.ent.gz | 124.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1l0d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1l0d_validation.pdf.gz | 444.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1l0d_full_validation.pdf.gz | 451.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1l0d_validation.xml.gz | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1l0d_validation.cif.gz | 48.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/1l0d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/1l0d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39615.934 Da / 分子数: 2 / 変異: S64D / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: K12 / プラスミド: pOGO295 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 % | ||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7 M potassium phosphate, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K | ||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 詳細: used to seeding, Usher, K.C., (1998) Biochemistry, 37, 16082. | ||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年5月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.53→20 Å / Num. obs: 118322 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 25.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.53→1.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 427291 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 100 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1C3B 解像度: 1.53→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ |
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.53→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.53→1.58 Å /
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Xplor file |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % | ||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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