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万見
- PDB-1im9: Crystal structure of the human natural killer cell inhibitory rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1im9
タイトルCrystal structure of the human natural killer cell inhibitory receptor KIR2DL1 bound to its MHC ligand HLA-Cw4
要素
  • Beta-2 microglobulin
  • HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, CW-4 CW*0401 ALPHA CHAIN
  • HLA-Cw4-specific peptide
  • KILLER CELL IMMUNOGLOBULIN-LIKE RECEPTOR 2DL1
キーワードIMMUNE SYSTEM / protein-protein complex / immunoglobulin domain / antiparallel beta sheet / alpha helix
機能・相同性
機能・相同性情報


natural killer cell inhibitory signaling pathway / immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions ...natural killer cell inhibitory signaling pathway / immune response-regulating signaling pathway / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / signaling receptor activity / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin ...: / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fan, Q.R. / Long, E.O. / Wiley, D.C.
引用ジャーナル: Nat.Immunol. / 年: 2001
タイトル: Crystal structure of the human natural killer cell inhibitory receptor KIR2DL1-HLA-Cw4 complex.
著者: Fan, Q.R. / Long, E.O. / Wiley, D.C.
履歴
登録2001年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年5月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, CW-4 CW*0401 ALPHA CHAIN
B: Beta-2 microglobulin
C: HLA-Cw4-specific peptide
D: KILLER CELL IMMUNOGLOBULIN-LIKE RECEPTOR 2DL1
E: HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, CW-4 CW*0401 ALPHA CHAIN
F: Beta-2 microglobulin
G: HLA-Cw4-specific peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,0587
ポリマ－115,0587
非ポリマー00
水4,288238
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.631, 75.867, 125.746
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.96, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 HLA CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN, CW-4 CW*0401 ALPHA CHAIN


分子量: 32148.375 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PlysS / 参照: UniProt: P30504, UniProt: P10321*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2 microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PlysS / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド HLA-Cw4-specific peptide


分子量: 1115.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence has been obtained by pool sequencing of the peptides bound to HLA-Cw4 naturally.
#4: タンパク質 KILLER CELL IMMUNOGLOBULIN-LIKE RECEPTOR 2DL1


分子量: 24771.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pLM-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 PlysS / 参照: UniProt: P43626
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG6000, magnesium chloride, ethylene glycol, N-(2-acetamindo)iminodiacetic acid , pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 %PEG60001reservoir
280 mM1reservoirMgCl2
36 %glycerol1reservoir
450 mMADA1reservoir
512 mg/mlprotein1drop

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年1月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. all: 41881 / Num. obs: 41881 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 48.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.191 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3503 / Rsym value: 0.191 / % possible all: 82.3
反射
*PLUS
冗長度: 4 %
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 82.3 % / 冗長度: 2 % / Num. unique obs: 3503

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1QQD PDB entry 1NKR

1qqd

1nkr


解像度: 2.8→29.21 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 1559783.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.256 4229 10.1 %RANDOM
Rwork0.213 ---
all0.2185 41881 --
obs0.213 41881 97.8 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 12.53 Å2 / ksol: 0.295 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 45.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.06 Å20 Å215.6 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----1.62 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.53 Å0.45 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7858 0 0 238 8096
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.85
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.407 612 9.9 %
Rwork0.367 5579 -
obs-3503 87.5 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 10.1 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 45.9 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.85
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.407 / % reflection Rfree: 9.9 % / Rfactor Rwork: 0.367

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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