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- PDB-1ign: DNA-BINDING DOMAIN OF RAP1 IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA SITE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ign
タイトルDNA-BINDING DOMAIN OF RAP1 IN COMPLEX WITH TELOMERIC DNA SITE
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')
  • PROTEIN (RAP1)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / RAP1 / YEAST / TELOMERES / HOMOEODOMAIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / telomeric G-quadruplex DNA binding / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / establishment of protein localization to chromatin / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding ...positive regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / G-quadruplex DNA formation / telomeric G-quadruplex DNA binding / protection from non-homologous end joining at telomere / establishment of protein localization to telomere / telomere maintenance via telomere lengthening / establishment of protein localization to chromatin / shelterin complex / double-stranded telomeric DNA binding / G-quadruplex DNA binding / DNA binding, bending / silent mating-type cassette heterochromatin formation / regulation of glycolytic process / nucleosomal DNA binding / nuclear chromosome / telomeric DNA binding / TFIID-class transcription factor complex binding / subtelomeric heterochromatin formation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / telomere maintenance / TBP-class protein binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / histone binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromosome, telomeric region / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain ...Rap1, DNA-binding domain / Rap1, DNA-binding / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1, C-terminal domain superfamily / TRF2-interacting telomeric protein/Rap1 - C terminal domain / TE2IP/Rap1 / BRCT domain / Myb-type HTH DNA-binding domain profile. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / breast cancer carboxy-terminal domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / Homeodomain-like / SANT/Myb domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA-binding protein RAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Koenig, P. / Giraldo, R. / Chapman, L. / Rhodes, D.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1996
タイトル: The crystal structure of the DNA-binding domain of yeast RAP1 in complex with telomeric DNA.
著者: Konig, P. / Giraldo, R. / Chapman, L. / Rhodes, D.
#1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1994
タイトル: The Yeast Telomere-Binding Protein RAP1 Binds to and Promotes the Formation of DNA Quadruplexes in Telomeric DNA
著者: Giraldo, R. / Rhodes, D.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1987
タイトル: Purification and Cloning of a DNA Binding Protein from Yeast that Binds to Both Silencer and Activator Elements
著者: Shore, D. / Nasmyth, K.
履歴
登録1996年2月29日登録サイト: BNL / 処理サイト: NDB
改定 1.01997年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月22日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年6月28日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref / struct_ref_seq
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')
A: PROTEIN (RAP1)
B: PROTEIN (RAP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,6356
ポリマ－80,6356
非ポリマー00
水3,711206
1
C: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')
A: PROTEIN (RAP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3183
ポリマ－40,3183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
E: DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')
F: DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')
B: PROTEIN (RAP1)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,3183
ポリマ－40,3183
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)90.610, 90.610, 80.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.57, 0.8216, -0.0054), (0.8217, -0.57, 0.0067), (0.0024, -0.0082, -1)
ベクター: -42.46, 81.58, 80.71)
詳細MTRIX THE TRANSFORMATIONS PRESENTED ON MTRIX RECORDS BELOW DESCRIBE NON-CRYSTALLOGRAPHIC RELATIONSHIPS AMONG THE VARIOUS DOMAINS IN THIS ENTRY. APPLYING THE APPROPRIATE MTRIX TRANSFORMATION TO THE RESIDUES LISTED FIRST WILL YIELD APPROXIMATE COORDINATES FOR THE RESIDUES LISTED SECOND. APPLIED TO TRANSFORMED TO MTRIX RESIDUES RESIDUES RMSD M1 A 360 .. A 594 B 360 .. B 594 0.62

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*GP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*CP*C P*AP*G)-3')


分子量: 5673.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*TP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*TP*GP*TP*G P*CP*G)-3')


分子量: 5939.803 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質 PROTEIN (RAP1)


分子量: 28704.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
解説: T7 PROMOTER / 遺伝子: RAP1 DNA BINDING DOMAIN / プラスミド: PET3C
遺伝子 (発現宿主): RAP1 DNA BINDING DOMAIN 353 TO 598
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11938
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.1 %
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 49.1 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細化学式
10.08-0.1 mMprotein-DNA complex1drop
220 mMMES1droppH6.0
320 mM1dropKCl
42 mMspermine1drop
510-20 %MPD1drop
640 %MPD1reservoir

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データ収集

検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年2月22日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 2.25→16 Å / Num. obs: 33281 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 16 Å / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.047

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4データ削減
精密化解像度: 2.25→16 Å / σ(F): 2
詳細: ESTIMATED COORD. ERROR 0.426 ANGSTROMS FINAL RMS COORD. SHIFT 0.111 ANGSTROMS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.294 -5 %
Rwork0.219 --
obs0.219 33264 95.9 %
原子変位パラメータBiso mean: 30 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→16 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3178 1524 0 206 4908
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d25
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.25 Å / 最低解像度: 16 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.219 / Rfactor Rfree: 0.294 / Rfactor Rwork: 0.219
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 30 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.9
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg25
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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