+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1idx | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structural Basis for Poor Excision from Hairpin DNA: NMR Study | ||||||||||||||||||
要素 | 5'-D(*キーワード | DNA / Uracil / Hairpin DNA / Hairpin loop / Double helix / UDG-Uracil interaction | 機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) | 機能・相同性情報 手法 | 溶液NMR / Restrained molecular dynamics, Energy minimization | データ登録者 | Ghosh, M. / Rumpal, N. / Varshney, U. / Chary, K.V. | 引用 | ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002 | タイトル: Structural basis for poor uracil excision from hairpin DNA. An NMR study. 著者: Ghosh, M. / Rumpal, N. / Varshney, U. / Chary, K.V. 履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1idx.cif.gz | 75.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1idx.ent.gz | 58.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1idx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1idx_validation.pdf.gz | 306.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 1idx_full_validation.pdf.gz | 329 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1idx_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1idx_validation.cif.gz | 6.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/id/1idx | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1ii1C C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
|
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||
NMR アンサンブル |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 5483.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 詳細: Custom made by Ransom Hill Biosciences, Inc., Ramona CA (USA) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
NMR実験 |
| ||||||||||||||||
NMR実験の詳細 | Text: This structure was determined using 2D homonuclear techniques |
-試料調製
詳細 |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
試料状態 |
| ||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: NMR |
-NMR測定
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射波長 | 相対比: 1 | |||||||||||||||
NMRスペクトロメーター |
|
-解析
NMR software |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 手法: Restrained molecular dynamics, Energy minimization / ソフトェア番号: 1 詳細: The structures are based on a total of 196 restraints, 122 are NOE-derived distance constraints, 64 dihedral angle restraints, 10 distance restraints from hydrogen bonds. | ||||||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations,lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with acceptable covalent geometry,structures with favorable non-bond energy,structures with the least restraint violations,structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 6 |