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- PDB-1h6f: Human TBX3, a transcription factor responsible for ulnar-mammary ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1h6f
タイトルHuman TBX3, a transcription factor responsible for ulnar-mammary syndrome, bound to a palindromic DNA site
要素
  • 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP* AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
  • T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX3
キーワードTRANSCRIPTION FACTOR / TBX3 / T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR / ULNAR-MAMMARY SYNDROME / HOLT-ORAM-SYNDROME / IG-FOLD / DNA-BINDING / REPRESSOR / NUCLEAR PROTEIN / DEVELOPMENTAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiac chamber development / mammary placode formation / ureteric peristalsis / sinoatrial node cell development / atrioventricular bundle cell differentiation / specification of animal organ position / : / female genitalia development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 ...cardiac chamber development / mammary placode formation / ureteric peristalsis / sinoatrial node cell development / atrioventricular bundle cell differentiation / specification of animal organ position / : / female genitalia development / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding => GO:0061629 / limbic system development / luteinizing hormone secretion / follicle-stimulating hormone secretion / mesoderm morphogenesis / forelimb morphogenesis / anterior/posterior axis specification, embryo / cardiac muscle cell fate commitment / chromatin => GO:0000785 / smooth muscle cell differentiation / male genitalia development / mammary gland development / negative regulation of myoblast differentiation / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / cell fate specification / negative regulation of epithelial cell differentiation / embryonic digit morphogenesis / stem cell population maintenance / ventricular septum morphogenesis / roof of mouth development / blood vessel development / positive regulation of stem cell proliferation / heart looping / outflow tract morphogenesis / positive regulation of cell cycle / skeletal system development / central nervous system development / animal organ morphogenesis / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular senescence / sequence-specific double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
T-box transcription factor 2/3, transcription activation domain / T-box transcription factor 2/3, TAD domain / Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein ...T-box transcription factor 2/3, transcription activation domain / T-box transcription factor 2/3, TAD domain / Transcription factor, T-box / T-box transcription factor / Transcription factor, T-box, conserved site / T-box superfamily / T-box domain signature 2. / T-box domain signature 1. / T-box domain profile. / Domain first found in the mice T locus (Brachyury) protein / T-box / p53-like transcription factor, DNA-binding / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / T-box transcription factor TBX3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
SYNTHETIC (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Coll, M. / Muller, C.W.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2002
タイトル: Structure of the DNA-Bound T-Box Domain of Human Tbx3, a Transcription Factor Responsible for Ulnar- Mammary Syndrome
著者: Coll, M. / Seidman, J.G. / Muller, C.W.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1997
タイトル: Crystallographic Structure of the T Domain-DNA Complex of the Brachyury Transcription Factor
著者: Muller, C.W. / Hermann, B.
履歴
登録2001年6月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02002年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年3月28日Group: Advisory / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name ..._entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant / _struct.title
改定 1.42023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX3
B: T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX3
C: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP* AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
D: 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP* AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1575
ポリマ－60,1324
非ポリマー241
水11,007611
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)39.040, 104.910, 125.310
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.99996, 0.00365, 0.00778), (0.00359, 0.99996, -0.00813), (-0.00781, -0.0081, -0.99994)
ベクター: 14.478, 0.52063, 63.14726)

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要素

#1: タンパク質 T-BOX TRANSCRIPTION FACTOR TBX3 / TBX3 TRANSCRIPTION FACTOR / T-BOX PROTEIN 3


分子量: 22698.367 Da / 分子数: 2 / 断片: T-DOMAIN RESIDUES 101-291 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O15119
#2: DNA鎖 5'-D(*TP*AP*AP*TP*TP*TP*CP*AP*CP*AP*CP*CP*TP* AP*GP*GP*TP*GP*TP*GP*AP*AP*AP*T)-3'


分子量: 7367.791 Da / 分子数: 2 / 断片: PALINDROMIC BINDING SITE / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 611 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細TRANSCRIPTIONAL REPRESSOR INVOLVED IN DEVELOPMENTAL PROCESSES.
配列の詳細FIRST TWO RESIDUES, MET AND LYS, WERE ADDED AT THE N-TERMINUS FOR CLONING AND EXPRESSION THE ...FIRST TWO RESIDUES, MET AND LYS, WERE ADDED AT THE N-TERMINUS FOR CLONING AND EXPRESSION THE PROTEIN IS THE SPLICE ISOFORM I

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.35 %
結晶化pH: 6 / 詳細: pH 6.00
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
10.76 mMDNA duplex1drop
20.59 mMprotein1drop
340 mMmagnesium acetate1reservoir
450 mMsodium cacodylate1reservoirpH6.0
530 %MPD1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID13 / 波長: 0.956
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.956 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 55690 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 21.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.298 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
最低解像度: 20 Å / Num. measured all: 204582 / Rmerge(I) obs: 0.073
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 % / Rmerge(I) obs: 0.298

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1XBR

1xbr


解像度: 1.7→20 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2388 -9.7 %RANDOM
Rwork0.2007 ---
obs0.2007 55690 96.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 25.0945 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.25 Å0.21 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.16 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3065 978 1 611 4655
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.8581.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.9362
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.722.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 10 /
Rfactor反射数
Rfree0.2974 491
Rwork-4626
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER_REP.PARAMWATER.TOP
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.2007 / Rfactor Rfree: 0.2388 / Rfactor Rwork: 0.2007
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.2974

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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