PDB-1h4g: Oligosaccharide-binding to family 11 xylanases: both covalent int...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1h4g

タイトル

Oligosaccharide-binding to family 11 xylanases: both covalent intermediate and mutant-product complexes display 2,5B conformations at the active-centre

要素

XYLANASE

キーワード

GLYCOSIDE HYDROLASE / XYLANASE / OLIGOSACCHARIDE / TRANSITION-STATE / INTERMEDIATE / MUTANT / BOAT CONFORMATION

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / OTHER / 解像度: 1.1 Å

データ登録者

Sabini, E. / Wilson, K.S. / Danielsen, S. / Schulein, M. / Davies, G.J.

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 1999
タイトル: Catalysis and Specificity in Enzymatic Glycoside Hydrolysis: A 2,5B Conformation for the Glycosyl-Enzyme Intermediate Revealed by the Structure of the Bacillus Agaradhaerens Family 11 Xylanase.
著者: Sabini, E. / Sulzenbacher, G. / Dauter, M. / Dauter, Z. / Jorgensen, P.L. / Schulein, M. / Dupont, C. / Davies, G.J. / Wilson, K.S.

履歴

登録	2001年5月11日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2002年5月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / struct_conn Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年3月11日	Group: Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1h4g.cif.gz	198.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1h4g.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1h4g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1h4g_validation.pdf.gz	1003.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1h4g_full_validation.pdf.gz	1006.2 KB	表示
XML形式データ	1h4g_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	1h4g_validation.cif.gz	40.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h4/1h4g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h4hC 1qh6C 1qh7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2f6b-2 1qh6-1 2nqy-1 1h4h-1 1qh6-2 7dfn-1 1qh7-1 1igo-2 1c5f-1 2f6b-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (10)

登録構造単位

A: XYLANASE

B: XYLANASE

ヘテロ分子

47.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: XYLANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: XYLANASE

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.061, 75.098, 78.270
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

XYLANASE

分子量: 23155.547 Da / 分子数: 2 / 断片: FAMILY 11 XYLANASE CATALYTIC DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現
詳細: 2-FLUORO-2-DEOXY-XYLOBIOSIDE COVALENTLY BOUND TO NUCLEOPHILE GLU94 IN THE ACTIVE SITE
由来: (組換発現)

BACILLUS AGARADHAERENS (バクテリア)
発現宿主:

BACILLUS LICHENIFORMIS (バクテリア) / 参照: UniProt: Q7SIE3*PLUS, endo-1,4-beta-xylanase

#2: 多糖

beta-D-xylopyranose-(1-4)-2-deoxy-2-fluoro-alpha-D-xylopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 284.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 606 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %

結晶化

pH: 6
詳細: DROP: 2UL PROTEIN (10 MG ML-1 IN 100MM SODIUM ACETATE) PLUS 1UL RESERVOIR RESERVOIR: 100 MM MES PH 6.5, 30% AMMONIUM SULPHATE

結晶化

*PLUS

手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	10 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium acetate	1	drop	pH6.0
3	100 mM	MES	1	reservoir
4	30 %	ammonium sulfate	1	reservoir	pH6.5
5	100 mM		1	reservoir		NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7B / 波長: 0.8469
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8469 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.1→20 Å / Num. obs: 171783 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.1→1.12 Å / 冗長度: 3.8 % / R_merge(I) obs: 0.708 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99
反射	PLUS 最高解像度: 1.1 Å / % possible obs: 99.9 % / R_merge(I) obs*: 0.055
反射シェル	PLUS % possible obs: 99 % / R_merge(I) obs*: 0.71

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
SCALEPACK	データスケーリング

精密化

構造決定の手法: OTHER / 解像度: 1.1→20 Å / SU B: 0.38942 / SU ML: 0.01943 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.03143

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.181	-	5 %	RANDOM
R_work	0.158	-	-	-
obs	-	171783	99.8 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3263	0	51	606	3920

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.1 Å / R_factor obs: 0.158 / R_factor R_free: 0.18

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.039

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)