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万見
- PDB-1d5y: CRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1d5y
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE E. COLI ROB TRANSCRIPTION FACTOR IN COMPLEX WITH DNA
要素
  • DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')
  • ROB TRANSCRIPTION FACTOR
キーワードtranscription/DNA / Protein-DNA complex / Rob Transcription factor / DNA / transcription-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site ...: / Bacterial transcription activator, effector binding / Bacterial transcription activator, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A / Regulatory factor, effector binding domain / GyrI-like small molecule binding domain / Transcription regulator HTH, AraC- type / Regulatory factor, effector binding domain superfamily / HTH domain AraC-type, conserved site / Bacterial regulatory proteins, araC family signature. / Helix-turn-helix domain / DNA binding HTH domain, AraC-type / Bacterial regulatory proteins, araC family DNA-binding domain profile. / helix_turn_helix, arabinose operon control protein / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Alpha-Beta Barrel / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Right origin-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Kwon, H.J. / Bennik, M.H.J. / Demple, B. / Ellenberger, T.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of the Escherichia coli Rob transcription factor in complex with DNA.
著者: Kwon, H.J. / Bennik, M.H. / Demple, B. / Ellenberger, T.
履歴
登録1999年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')
O: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')
A: ROB TRANSCRIPTION FACTOR
D: ROB TRANSCRIPTION FACTOR
C: ROB TRANSCRIPTION FACTOR
B: ROB TRANSCRIPTION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,3458
ポリマ－159,3458
非ポリマー00
水00
1
M: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')
N: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')
A: ROB TRANSCRIPTION FACTOR
B: ROB TRANSCRIPTION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6734
ポリマ－79,6734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
O: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')
P: DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')
D: ROB TRANSCRIPTION FACTOR
C: ROB TRANSCRIPTION FACTOR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,6734
ポリマ－79,6734
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)75.384, 208.012, 67.731
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number4
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*CP*AP*GP*CP*AP*CP*TP*GP*AP*AP*TP*GP*TP*CP*AP*AP*AP*G)-3')


分子量: 6480.225 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*CP*TP*TP*TP*GP*AP*CP*AP*TP*TP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*TP*GP*TP*C)-3')


分子量: 6404.144 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: タンパク質
ROB TRANSCRIPTION FACTOR / RIGHT ORIGIN-BINDING PROTEIN


分子量: 33394.137 Da / 分子数: 4 / Fragment: RESIDUES 3-289, KLAAA EXTENSION AFTER RESIDUE 289 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACI0

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.85 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Peg 8000, MES, MgCl2, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2MGCL211
3GLYCEROL11
4PEG 800011
5GLYCEROL12
6PEG 800012
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
2100 mMMES1reservoir
3125 mM1reservoirMgCl2
410 %(v/v)glycerol1reservoir
51 mMdithiothreitol1reservoir
61 mMspermine-HCl1reservoir
715 %(w/v)PEG80001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9161
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1999年1月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9161 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→30 Å / Num. all: 54476 / Num. obs: 54476 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 70 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 8.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique all: 4992 / % possible all: 87.2
反射
*PLUS
Num. measured all: 306889

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解析

ソフトウェア
名称分類
MLPHARE位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.7→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.302 3812 7 %random
Rwork0.254 ---
all0.254 54222 --
obs0.254 54222 95.1 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.171 Å20 Å20 Å2
2---0.324 Å20 Å2
3---6.494 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9280 1710 0 0 10990
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0075
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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