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- PDB-1cfz: HYDROGENASE MATURATING ENDOPEPTIDASE HYBD FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cfz
タイトルHYDROGENASE MATURATING ENDOPEPTIDASE HYBD FROM E. COLI
要素HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
キーワードHYDROGENASE / MATURATION / METZINCINS / NICKEL / PROTEASE
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / enzyme activator activity / protein processing / endopeptidase activity / aspartic-type endopeptidase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase A31, hydrogenase expression/formation protein / Hydrogenase maturation protease / HybD-like / Peptidase A31 family / Peptidase HybD-like domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Hydrogenase 2 maturation protease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Fritsche, E. / Paschos, A. / Beisel, H.-G. / Boeck, A. / Huber, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: Crystal structure of the hydrogenase maturating endopeptidase HYBD from Escherichia coli.
著者: Fritsche, E. / Paschos, A. / Beisel, H.G. / Bock, A. / Huber, R.
履歴
登録1999年3月23日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
B: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
C: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
D: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
E: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
F: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,61612
ポリマ－104,9426
非ポリマー6746
水4,936274
1
A: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6032
ポリマ－17,4901
非ポリマー1121
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)128.000, 128.000, 139.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.992258, -0.060072, -0.108697), (-0.065483, 0.99675, 0.046907), (0.105525, 0.053662, -0.992968)61.14209, -37.3908, 90.79066
3given(-0.491752, 0.870714, -0.006029), (-0.870386, -0.49174, -0.024903), (-0.024648, -0.006999, 0.999672)62.87239, 40.21555, 23.75972
4given(0.475165, 0.868937, -0.138441), (0.866365, -0.489517, -0.098913), (-0.153719, -0.07294, -0.985419)3.66341, 78.60965, 70.21279
5given(0.445933, 0.894177, -0.039894), (0.893091, -0.447466, -0.046499), (-0.059429, -0.014894, -0.998121)1.82044, 1.83188, 69.17489
6given(-0.993203, -0.078888, 0.085585), (-0.079894, 0.996768, -0.008391), (-0.084647, -0.015171, -0.996295)67.97655, 40.30783, 87.49628

-
要素

#1: タンパク質
HYDROGENASE 2 MATURATION PROTEASE


分子量: 17490.318 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P37182, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
非ポリマーの詳細METAL ION WAS MODELED AS A CADMIUM ION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.91 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 61 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
125 mg/mlprotein1drop
210 mMMES-NaOH1drop
3100 mMMES-NaOH1reservoir
40.9 Mammonium sulfate1reservoir
51 mM1reservoirCdSO4

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MPG/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW6 / 波長: 1.099
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.099 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→20 Å / Num. obs: 62671 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 10.3
反射
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 20 Å / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2 % / Num. measured all: 125012 / Rmerge(I) obs: 0.103
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.27 Å / % possible obs: 90.3 % / Rmerge(I) obs: 0.267

-
解析

ソフトウェア名称: REFMAC / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.2→15 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.259 -10 %
Rwork0.224 --
obs-62539 95 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7350 0 6 274 7630
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 15 Å / Num. reflection Rfree: 6246 / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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